macs2_bdgpeakcall - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

macs2_bdgpeakcall - ניתוח מבוסס מודל עבור ריצוף שבבים

תיאור

שימוש: macs2 bdgpeakcall [-h] -i IFILE [-c CUTOFF] [-l MINLEN] [-g MAXGAP]

[--ניתוח-סף] [--ללא-קו-מעקב]
[--outdir OUTDIR] (-o אופיל | קידומת --o קידומת)

אופציונלי טיעונים:
-h, - עזרה
הצג הודעת עזרה זו וצא

-i IFILE, --file IFILE
ציון MACS ב-bedGraph. נדרש

-c לחתוך, --לחתוך לחתוך
נקודת החיתוך תלויה בשיטה בה השתמשת עבור מסלול הניקוד. אם הקובץ מכיל
ציוני pvalue מ-MACS2, ציון 5 פירושו pvalue 1e-5. ברירת מחדל: 5

-l מינלן, -- אורך דקות MINLEN
אורך מינימלי של שיא, עדיף להגדיר אותו כערך d. ברירת מחדל: 200

-g מקסגאפ, --מקסימום-פער מקסגאפ
הפער המקסימלי בין נקודות משמעותיות בשיא, עדיף להגדיר אותו כגודל תג.
ברירת מחדל: 30

--ניתוח-חיתוך
כאשר הוא מוגדר, bdgpeakcall ינתח את מספר או האורך הכולל של שיאים שניתן
נקרא על ידי נקודת סגירה שונה ולאחר מכן מפיק טבלת סיכום כדי לעזור למשתמש להחליט טוב יותר
נקודת סף. שימו לב, מינימום ופער מקסימלי עשויים להשפיע על התוצאות. ברירת מחדל: שקר

--ללא-מסלול
מורה ל-MACS לא לכלול קו מסלול עם קבצי bedGraph. קו המסלול נדרש
על ידי UCSC.

--outdir OUTDIR
אם צוין, כל קבצי הפלט ייכתבו לאותה ספרייה. ברירת מחדל: ה
מדריך העבודה הנוכחי

-o OFILE, --file OFILE
שם קובץ הפלט. אינו בלעדי זה עם קידומת --o.

קידומת --o OPREFIX
קידומת קובץ פלט. מוציאה זה את זה עם -o/--קובץ.

השתמש ב-macs2_bdgpeakcall באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net