התכה - אונליין בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

התכה - חישוב השכן הקרוב ביותר של הכלאת חומצות גרעין

תַקצִיר

Meltdown [אפשרויות]

תיאור

התכה מחשב, עבור דופלקס חומצות גרעין, את האנתלפיה והאנטרופיה של הסליל-
מעבר סליל, ולאחר מכן טמפרטורת ההיתוך שלו. שלושה סוגים של הכלאה הם
אפשרי: DNA/DNA, DNA/RNA, ו-RNA/RNA. התוכנית משתמשת בשיטת הקרובה ביותר-
שכנים. ניתן לשנות בקלות את קבוצת הפרמטרים התרמודינמיים, למשל
בעקבות פריצת דרך ניסיונית. התכה היא תוכנה חופשית בשני המובנים של
מונח. זה מגיע ללא עלות וזה קוד פתוח. בנוסף, זה מקודד ב-ISO C ו-
ניתן לקמפל על כל מערכת הפעלה. מספר סקריפטים של פרל מסופקים כדי להראות כיצד
ניתן להשתמש בהיתוך כבלוק לבניית תוכניות שאפתניות יותר.

אפשרויות

האפשרויות מטופלות ברצף. אם יש סתירה בין הערך של שני
אפשרויות, האחרונה בדרך כלל מוחקת את הראשונה.

-Aקובץ.nn
מודיע לתוכנית להשתמש בה קובץ.nn כקבוצה חלופית של שכן קרוב
פרמטרים, ולא ברירת המחדל עבור סוג ההכלאה שצוין. ה-
הפצה סטנדרטית של melting מספקת כמה קבצים מוכנים לשימוש: all97a.nn
(אלאווי ואחרים 1997), bre86a.nn (ברסלאואר ואחרים 1986), san96a.nn (סנטה לוסיה ואחרים)
1996) sug96a.nn (סוגימוטו ואחרים 1996) san04a.nn (Santalucia et al 2004) (DNA/DNA),
free86a.nn (פרייר ואחרים 1986), xia98a.nn (שיאה ואחרים 1998), (RNA/RNA), ו- sug95a.nn
(Sugimoto et al 1995), (DNA/RNA).

התוכנית תחפש את הקובץ בספרייה שצוינה במהלך
התקנה. עם זאת, אם משתנה סביבה NN_PATH מוגדר, ההיתוך יתבצע
חפש קודם בזה. היזהר, האפשרות -A משנה את פרמטר ברירת המחדל
קבוצה המוגדרת על ידי האפשרות -ח.

-Cרצף_משלים
מזין את הרצף המשלים, מ-3' עד 5'. אפשרות זו חובה אם יש
ישנם אי התאמות בין שני הגדילים. אם לא נעשה בו שימוש, התוכנית תחשב
זה כמשלים של הרצף שהוזן עם האפשרות -NS.

-Ddnadnade.nn
מודיע לתוכנית להשתמש בקובץ dnadnade.nn כדי לחשב את התרומה של
קצוות משתלשלים לתרמודינמיקה של מעבר סליל-סליל. הקצוות המשתלשלים הם
לא נלקח בחשבון על ידי המצב המקורב.

-Fגורם
זהו גורם תיקון המשמש לוויסות ההשפעה של חומצת הגרעין
ריכוז בחישוב טמפרטורת ההיתוך. ראה סעיף אלגוריתם
לקבלת פרטים.

-Gx.xxe-xx
ריכוז מגנזיום (אין ריכוז מקסימלי כרגע). ההשפעה
של יונים על יציבות תרמודינמית של דופלקסים של חומצות גרעין הוא מורכב,
ופונקציות התיקון הן במקרה הטוב קירובים גסים. הפוסט שפורסם
נוסחת תיקון Tm עבור יוני Mg2+ דו-ערכיים של Owczarzy et al. al(2008) יכול
יש לקחת בחשבון את הקישור התחרותי של יונים חד-ערכיים ודו-ערכיים על גבי ה-DNA.
עם זאת, נוסחה זו מיועדת רק לדופלקסים של DNA.

-h מציג עזרה קצרה ונסגר עם EXIT_SUCCESS.

-Hסוג_הכלאה
מציין את סוג ההכלאה. פעולה זו תגדיר את קבוצת השכן הקרוב ביותר לשימוש אם
לא מסופקת קבוצה חלופית על ידי האפשרות -A (זכרו שהאפשרויות נקראות
יתר על כן, פרמטר זה קובע את המשוואה שתשמש אם
אורך הרצף חורג ממגבלת היישום של גישת השכן הקרוב ביותר
(מוגדר באופן שרירותי על ידי המחבר). ערכים אפשריים הם דנדנה, דנרנה ו רנדנה
(מילה נרדפת), ו רנארנה. מסיבות של תאימות, הערכים של הקודם
גרסאות של התכה א, ב, ג, ו, ר, ש, ת, יו, וו עדיין זמינים למרות בְּתוֹקֶף
הוצא משימוש. השתמש באפשרות -A לדרוש סט חלופי של תרמודינמיקה
פרמטרים. חשוב: אם הדופלקס הוא הטרודופלקס DNA/RNA, רצף ה-
יש להזין את גדיל ה-DNA עם האפשרות -NS.

-Iinput_file
מספק את שם קובץ הקלט המכיל את פרמטרי הריצה. הקלט
חייב להכיל פרמטר אחד בכל שורה, בפורמט כמו בשורת הפקודה. הסדר
לא חשוב, וגם שורות ריקות. דוגמה:

###רֵאשִׁית###
-הדנאדנה
-Asug96a.nn
-SAGCTCGACTC
-CTCGAGGTGAG
-N0.2
-0.0001
-v
-קסאן96א

###סוֹף###

-iקובץ.nn
מורה לתוכנית להשתמש ב-file.nn כקבוצה חלופית של זוג אינוזין
פרמטרים, ולא ברירת המחדל עבור סוג ההכלאה שצוין.
ההפצה הסטנדרטית של melting מספקת כמה קבצים מוכנים לשימוש:
san05a.nn
(סנטלוסיה ואחרים 2005) עבור דאוקסינוזין בדופלקסים של DNA, bre07a.nn (ברנט מ.
זנוסקו
ואחרים (2007) עבור אינוזין בדופלקסים של RNA. שימו לב שלא כל האינוזין
לא תואם
זוגות הנדנדה נחקרו. לכן ייתכן שבלתי אפשרי
לחשב
ה-Tm של דופלקס עם זוגות אינוזין. יתר על כן, זוגות אינוזין אלה אינם
משימות
בחשבון על ידי המצב המקורב.

-Kתיקון_מלח
מאפשר לבחור תיקון אחר לריכוז הנתרן. נכון לעכשיו,
אפשר לבחור בין wet91a, סן96א, סן98א. ראה סעיף אלגוריתם. TP. דוּ.
"-k" "x.xxe-xx"
ריכוז אשלגן (אין ריכוז מקסימלי כרגע). ההשפעה
של יונים
על יציבות תרמודינמית של דופלקסים של חומצות גרעין הוא מורכב, וה
תיקון
פונקציות הן במקרה הטוב קירובים גסים. תיקון Tm שפורסם
נוסחה עבור
יוני נתרן של Owczarzy et al (2008) ניתנים לכן ליישום גם על בופרים
המכיל טריס או
KCl. יוני K+, Na+ ו-Tris+ חד-ערכיים מייצבים דופלקסים של DNA
בעלי עוצמה דומה, והשפעותיהם על יציבות הדופלקס הן אדפטיביות.
אולם נוסחה זו
מיועד רק לדופלקסים של DNA.

-L מדפיס את המידע המשפטי ויוצא עם EXIT_SUCCESS.

-Mdnadnamm.nn
מודיע לתוכנית להשתמש בקובץ dnadnamm.nn כדי לחשב את התרומה של
אי התאמות לתרמודינמיקה של המעבר בין סליל לסליל. שימו לב שלא כל ה
נחקרו זוגות קריק שאינם תואמים. לכן ייתכן שזה בלתי אפשרי
כדי לחשב את ה-Tm של דופלקס לא תואם. יתר על כן, אי-התאמות אלו אינן נלקחות
בחשבון על ידי המצב המקורב.

-Nx.xxe-xx
ריכוז נתרן (בין 0 ל-10 M). השפעת היונים על התרמודינמיקה
יציבותם של דופלקסים של חומצות גרעין היא מורכבת, ותפקודי התיקון
הם במקרה הטוב קירובים גסים. יתר על כן, הם בדרך כלל אמינים רק
עבור [Na+] השייך ל-[0.1,10M]. אם אין יונים אחרים ב-
פתרון, נוכל להשתמש רק בתיקון נתרן. במקרה השני, נשתמש ב
אוצ'רז'י'ס
אלגוריתם.

-Oקובץ פלט
הפלט מופנה לקובץ זה במקום לפלט הסטנדרטי. שם ה-
ניתן להשמיט את הקובץ. לאחר מכן נוצר שם אוטומטי, בצורה
meltingYYYYMMMDD_HHhMMm.out (כמובן, במערכות תואמות POSIX, ניתן לחקות
זאת באמצעות ניתוב מחדש של stdout לקובץ שנבנה עם תאריך התוכנית).

-Px.xxe-xx
ריכוז עודף של גדיל חומצת הגרעין (בין 0 ל-0.1 M).

-p החזר את הספרייה שאמורה להכיל את קבוצות הפרמטרים הקלורימטריים ו-
יציאה באמצעות EXIT_SUCCESS. אם משתנה הסביבה NN_PATH מוגדר, הוא מוחזר.
אחרת, מוחזר הערך שהוגדר כברירת מחדל במהלך הקומפילציה.

-q כבה את התיקון האינטראקטיבי של פרמטר שהוזן באופן שגוי. שימושי לריצה.
דרך שרת, או סקריפט אצווה. ברירת המחדל היא כבויה (כלומר, אינטראקטיבית מופעלת).
המתג עובד בשני המובנים. לכן, אם -q הוגדר בקובץ קלט, אחר
-q בשורת הפקודה יכבה את מצב השקט (אותו דבר אם שניים -q מוכנים
באותה שורת פקודה).

-Sרצף
רצף של גדיל אחד של דופלקס חומצות הגרעין, מוזן 5' עד 3'. חשוב: אם
זהו הטרודופלקס DNA/RNA, יש להזין את רצף גדיל ה-DNA.
אורידין ותימידין נחשבים זהים. הבסיסים יכולים להיות עליונים או
אותיות קטנות.

-Txxx סף גודל לפני חישוב מקורב. גישת השכן הקרוב ביותר
ישמש רק אם אורך הרצף נמוך מסף זה.

-tx.xxe-xx
ריכוז בופר טריס (אין ריכוז מקסימלי כרגע).
השפעת היונים על היציבות התרמודינמית של חומצות גרעין
דופלקסים מורכבים, ופונקציות התיקון הן במקרה הטוב
קירובים גסים. נוסחת תיקון Tm שפורסמה עבור יוני נתרן של
אוצ'ארזי ואח' al(2008) לכן ישים גם לחוצים המכילים טריס או
KCl. יוני K+, Na+ ו-Tris+ חד-ערכיים מייצבים דופלקסים של DNA עם גורמים דומים.
עוצמה, ו
השפעתם על יציבות הדופלקס היא תוספתית. עם זאת, נוסחה זו מיועדת רק עבור
ה-DNA
דופלקסים. היזהרו, ריכוז יוני ה-Tris+ הוא כמחצית מהסך הכל
טריס בופר
ריכוז.

-v שלוט במצב המלל, הנפקת מידע רב יותר על הריצה הנוכחית (נסה
(פעם אחת כדי לראות אם אתה יכול להשיג משהו מעניין). ברירת המחדל היא כבויה. המתג
עובד בשני המובנים. לכן אם -v הוגדר בקובץ קלט, אחר -v on
שורת הפקודה תכבה את מצב המילה המילולית (אותו דבר אם שניים -v מוגדרים על
אותה שורת פקודה).

-V מציג את מספר הגרסה ויוצא באמצעות EXIT_SUCCESS.

-x אילוץ את התוכנית לחשב ערך מטר משוער, בהתבסס על תוכן G+C. אפשרות זו
יש להשתמש בזהירות. שימו לב שחישוב כזה הופך שגוי יותר ויותר כאשר
אורך הדופלקס מקטין. יתר על כן, זה לא לוקח בחשבון את הגרעין
ריכוז חומצה, וזו טעות חמורה.

אַלגוֹרִיתְם

תרמודינמיקה of סליל-סליל מַעֲבָר of גרעין חומצה
גישת השכן הקרוב ביותר מבוססת על העובדה שמעבר הסליל-סליל פועל כך
רוכסן. לאחר חיבור ראשוני, ההכלאה מתפשטת לרוחב.
לכן, התהליך תלוי בנוקלאוטידים הסמוכים בכל גדיל (הנוקלאוטיד של קריק).
זוגות). לשני דופלקסים עם אותם זוגות בסיסים יכולות להיות יציבויות שונות, וב
להיפך, שני דופלקסים עם רצפים שונים אך קבוצות זהות של זוגות קריק
יהיו בעלי אותן תכונות תרמודינמיות (ראה סוגימוטו ואחרים, 1994). תוכנית זו
ראשית מחשב את אנתלפיית ההכלאה והאנטרופיה מהפרמטרים האלמנטריים של
כל זוג של קריק.

DeltaH = deltaH(התחלה) + SUM(deltaH(זוג קריק))
DeltaS = deltaS(התחלה) + SUM(deltaS(זוג קריק))

ראו Wetmur JG (1991) ו-SantaLucia (1998) לסקירות מעמיקות על חומצת גרעין.
הכלאה ועל קבוצה שונה של פרמטרים של השכן הקרוב ביותר.

השפעה of אי התאמות ו משתלשל מסתיים
הזוגות שאינם תואמים נלקחים בחשבון גם כן. עם זאת, הפרמטרים התרמודינמיים
עדיין לא זמינים עבור כל מקרה אפשרי (במיוחד כאשר שני העמדות
במקרה כזה, התוכנית, שלא תוכל לחשב תוצאה רלוונטית כלשהי, תיסגר
עם אזהרה.

לא ניתן להתאים את שני העמדות הראשונות ו . במקרה כזה, התוצאה היא
בלתי צפוי, וכל המקרים אפשריים. לדוגמה (ראו אלאווי וסנלוצ'יה 1997),
הדופלקס

בְּ
GTGAGCTCAT
טקטקגאגג
ת.א.

הוא יציב יותר מ

אגטגאגקטקט
TTACTCGAGTGA

ניתן לקחת בחשבון את הקצוות התלויים, כלומר הנוקלאוטידים הסופיים שאינם תואמים.

דוגמה
דלתאH(
AGCGATGAA-
-CGCTGCTTT
) = דלתאH(AG/-C)+דלתאH(A-/TT)
+DeltaH(initG/C)+DeltaH(initA/T)
+דלתא H(GC/CG)+דלתא H(CG/GC)+2xדלתא H(GA/CT)+דלתא H(AA/TT)
+Delta(AT/TG אי התאמה) +DeltaG(TC/GG אי התאמה)

(אותו חישוב מבוצע עבור DeltaS)

השמיים Meltdown טמפרטורה
לאחר מכן, טמפרטורת ההיתוך מחושבת לפי הנוסחה הבאה:

Tm = DeltaH / (DeltaS + Rx ln ([חומצה גרעין]/F))
Tm in K (עבור [Na+] = 1 M)
+ f([Na+]) - 273.15
תיקון עבור ריכוז המלח (אם יש רק קטיוני נתרן ב
פתרון) ולקבל את הטמפרטורה במעלות צלזיוס. (למעשה, ישנם תיקונים
כלול ישירות בדלתאS ראה את זה של סן לוסיה 1998)

תיקון ל מה היא ריכוז of גרעין חומצה
אם ריכוז שני הגדילים דומה, F הוא 1 במקרה של משלימים עצמיים.
אוליגונוקלאוטידים, 4 אחרת. אם גדיל אחד עודף (לדוגמה ב-PCR)
(בניסוי), F הוא 2 (למעשה הנוסחה תצטרך להשתמש בהפרש של
ריכוזים ולא הריכוז הכולל, אך אם העודף מספיק, ה-
ניתן להניח שהריכוז הכולל זהה לריכוז הגדיל ב
עוֹדֶף).

שימו לב עם זאת, MELTING מניחה שאין הרכבה עצמית, כלומר החישוב עושה
אין להשתמש בשום מונח אנטרופי כדי לתקן השלמה עצמית.

תיקון ל מה היא ריכוז of מלח
אם יש רק יוני נתרן בתמיסה, נוכל להשתמש בתיקונים הבאים:

ניתן לבחור את התיקון בין wet91a, הוצג ב-Wetmur 1991 כלומר
16.6 x log([Na+] / (1 + 0.7 x [Na+])) + 3.85

סן96א הוצג בסנטה לוסיה ואחרים, 1996 כלומר
12.5 x log[Na+]

ו סן98א הוצג בסנטה לוסיה 1998 כלומר תיקון של המונח האנטרופי ללא
שינוי של אנתלפיה
DeltaS = DeltaS([Na+]=1M) + 0.368 x (N-1) x ln[Na+]

כאשר N הוא אורך הדופלקס (סנטה לוסיה 1998 למעשה השתמשה ב-'N' למספר הלא-
פוספטים סופיים, שהם למעשה שווים ל-N-1 שלנו). זהירות, תיקון זה הוא
נועד לתקן ערכי אנטרופיה המתבטאים ב-cal.mol-1.K-1!!!

תיקון ל מה היא ריכוז of יונים מתי אַחֵר חַד עֶרכִּי יונים כזה as טריס+ ו K+ or
דו-ערכי Mg2 + יונים יש לו הוסיף
אם יש רק יוני Na+, נוכל להשתמש בתיקון לריכוז המלח (ראה
לעיל). במקרה ההפוך, נשתמש בתיקון מגנזיום ויונים חד-ערכיים
מאת Owczarzy ואחרים (2008). (רק עבור דופלקסים של DNA)

[Mon+] = [Na+] + [K+] + [Tris+]

כאשר [Tris+] = [Tris buffer]/2. (באפשרות -t, זהו ריכוז בופר ה-Tris
אשר נכנס).

אם [Mon+] = 0, היונים הדו-ערכיים הם היונים היחידים שנמצאים
וטמפרטורת ההיתוך היא:

1/Tm(Mg2+) = 1/Tm(1M Na+) + a - bx ln([Mg2+]) + Fgc x (c + dx ln([Mg2+]) + 1/(2 x (Nbp -
1)) x (- e + fx ln([Mg2+]) + gx ln([Mg2+]) x ln([Mg2+]))

כאשר : a = 3.92/100000. b = 9.11/1000000. c = 6.26/100000. d = 1.42/100000. e =
4.82/10000. f = 5.25/10000. g = 8.31/100000. Fgc הוא חלק זוגות הבסיסים של GC ב
הרצף ו-Nbp הוא אורך הרצף (מספר זוגות הבסיסים).

אם [Mon+] > 0, ישנם מספר מקרים מכיוון שיכולה להיות לנו קישור DNA תחרותי
בין קטיונים חד-ערכיים לדו-ערכיים:

אם היחס [Mg2+]^(0.5)/[Mon+] נמוך מ-0.22, השפעת היונים החד-ערכיים היא
ניתן להתעלם מקטיונים דומיננטיים ודו-ערכיים וטמפרטורת ההיתוך היא:

1/Tm(Mg2+) = 1/Tm(1M Na+) + (4.29 x Fgc - 3.95) x 1/100000 x ln([mon+]) + 9.40 x 1/1000000
x ln([יום שני+]) x ln([יום שני+])

כאשר : Fgc הוא חלק זוגות הבסיסים של GC ברצף.

אם היחס [Mg2+]^(0.5)/[Mon+] כלול ב-[0.22, 6[, עלינו לקחת בחשבון את שניהם
ריכוזי Mg2+ וקטיונים חד-ערכיים. טמפרטורת ההיתוך היא:

1/Tm(Mg2+) = 1/Tm(1M Na+) + a - bx ln([Mg2+]) + Fgc x (c + dx ln([Mg2+]) + 1/(2 x (Nbp -
1)) x (- e + fx ln([Mg2+]) + gx ln([Mg2+]) x ln([Mg2+]))

כאשר : a = 3.92/100000 x (0.843 - 0.352 x [יום שני+]0.5 x ln([יום שני+])).
ב = 9.11/1000000. ג = 6.26/100000.
d = 1.42/100000 x (1.279 - 4.03/1000 x ln([mon+]) - 8.03/1000 x ln([mon+] x
ln([mon+]). e = 4.82/10000. f = 5.25/10000. g = 8.31/100000 x (0.486 -
0.258 x ln([mon+]) + 5.25/1000 x ln([mon+] x ln([mon+] x ln([mon+]).

Fgc הוא חלק זוגות הבסיסים של GC ברצף ו-Nbp הוא אורך הרצף.
(מספר זוגות הבסיסים).

לבסוף, אם היחס [Mg2+]^(0.5)/[Mon+] גבוה מ-6, השפעת היונים הדו-ערכיים היא
ניתן להתעלם מקטיונים דומיננטיים וחד-ערכיים וטמפרטורת ההיתוך היא:

1/Tm(Mg2+) = 1/Tm(1M Na+) + a - bx ln([Mg2+]) + Fgc x (c + dx ln([Mg2+]) + 1/(2 x (Nbp -
1)) x (- e + fx ln([Mg2+]) + gx ln([Mg2+]) x ln([Mg2+]))

כאשר : a = 3.92/100000. b = 9.11/1000000. c = 6.26/100000. d = 1.42/100000. e =
4.82/10000. f = 5.25/10000. g = 8.31/100000.

Fgc הוא חלק זוגות הבסיסים של GC ברצף ו-Nbp הוא אורך הרצף.
(מספר זוגות הבסיסים).

ארוך רצפים
חשוב להבין שגישת השכן הקרוב ביותר נקבעה ב-
אוליגונוקלאוטידים קטנים. לכן השימוש בהיתוך במצב לא מקורב הוא
מדויק באמת רק עבור רצפים קצרים יחסית (אם כי אם הרצפים הם שניים
קצר, נניח < 6 נקודות בסיס, השפעת הגפיים הופכת חשובה מדי וה-
(האמינות יורדת מאוד). עבור רצפים ארוכים תוכנן מצב קירוב.
מצב זה מופעל אם אורך הרצף גבוה מהערך שניתן על ידי האפשרות
-T (סף ברירת המחדל הוא 60 bp).

טמפרטורת ההיתוך מחושבת לפי הנוסחאות הבאות:

דנ"א/דנ"א:
Tm = 81.5+16.6*log10([Na+]/(1+0.7[Na+]))+0.41%GC-500/size

דנ"א/רנ"א:
Tm = 67+16.6*log10([Na+]/(1.0+0.7[Na+]))+0.8%GC-500/size

RNA/RNA:
Tm = 78+16.6*log10([Na+]/(1.0+0.7[Na+]))+0.7%GC-500/size

מצב זה בכל זאת בְּתוֹקֶף מיואש.

שונות הערות
ההיתוך מדויק כיום רק כאשר ההכלאה מתבצעת ב-pH 71.

החישוב תקף רק עבור הכלאות שבוצעו במדיום מימי.
לכן השימוש בחומרים דנטורציוניים כמו פורמאמיד מבטל לחלוטין את
תוצאות.

ביבליוגרפיה

Allawi HT, SantaLucia J. (1997). תרמודינמיקה ו-NMR של אי-התאמות פנימיות ב-GT ב
דנ"א. ביוכימיה 36: 10581-10594

אלאווי ה.ט., סנטה לוסיה ג'. (1998). פרמטרים תרמודינמיים של השכן הקרוב ביותר עבור
אי-התאמות פנימיות של GA ב-DNA. ביוכימיה 37: 2170-2179

Allawi HT, SantaLucia J. (1998). תרמודינמיקה של אי-התאמות פנימיות ב-CT ב-DNA.
גרעיני חומצות מיל 26: 2694-2701.

Allawi HT, SantaLucia J. (1998). תרמודינמיקה של השכן הקרוב ביותר של מזגן פנימי.
אי-התאמות ב-DNA: תלות ברצף והשפעות pH. ביוכימיה 37: 9435-9444.

Bommarito S., Peyret N., SantaLucia J. (2000). פרמטרים תרמודינמיים לרצפי DNA.
עם קצוות משתלשלים. גרעיני חומצות מיל 28: 1929-1934

Breslauer KJ, Frank R., Bl�ker H., Marky LA (1986). ניבוי יציבות דופלקס של DNA.
מרצף הבסיסים. פרוק נטל אקד מדע ארה"ב 83: 3746-3750

פרייר SM, Kierzek R., Jaeger JA, Sugimoto N., Caruthers MH, Neilson T., Turner DH
(1986). פרמטרים משופרים של אנרגיה חופשית לחיזוי יציבות דופלקס של RNA.
ביוכימיה 83: 9373-9377

Owczarzy R., Moreira BG, You Y., Behlke MB, Walder JA (2008) ניבוי יציבות
של דופלקסים של DNA בתמיסות המכילות מגנזיום וקטיונים חד-ערכיים. ביוכימיה 47:
5336-5353.

Peyret N., Seneviratne PA, Allawi HT, SantaLucia J. (1999). השכן הקרוב ביותר
תרמודינמיקה ו-NMR של רצפי DNA עם אי-התאמות פנימיות ב-AA, CC, GG ו-TT.
תלות והשפעות pH. ביוכימיה 38: 3468-3477

SantaLucia J. Jr, Allawi HT, Seneviratne PA (1996). שיפור השכן הקרוב ביותר
פרמטרים לחיזוי יציבות דופלקס של DNA. ביוכימיה 35: 3555-3562

סוגימוטו נ., קאטו מ., נקאנו ס., אומיצ'י ט., סאסקי מ. (1994). דופלקסים היברידיים של RNA/DNA
עם זוגות בסיסים זהים של השכן הקרוב ביותר, יש יציבות זהה. FEBS מכתבים 354:
74-78

סוגימוטו נ., נקאנו ס., קאטו מ., מטסומורה א., נקמוטה ה., אומיצ'י ט., יוניאמה מ.
סאסקי מ. (1995). פרמטרים תרמודינמיים לחיזוי יציבות של היבריד RNA/DNA
דופלקסים. ביוכימיה 34: 11211-11216

סוגימוטו נ., נקאנו ס., יוניאמה מ., הונדה ק. (1996). פרמטרים תרמודינמיים משופרים
וגורם ייזום הסליל לחיזוי יציבות של דופלקסים של DNA. NUC חומצות מיל 24:
4501-4505

ווטקינס NE, סנטלוסיה ג'. ג'וניור (2005). הרמודינמיקה של השכן הקרוב ביותר t של דאוקסינוזין
זוגות בדופלקסים של DNA. מחקר חומצות גרעין 33: 6258-6267

רייט די ג'יי, רייס ג'יי אל, יאנקר די אם, זנוסקו בי אם (2007). פרמטרים של השכן הקרוב ביותר עבור
זוגות אינוזין-אורידין בדופלקסים של RNA. ביוכימיה 46: 4625-4634

Xia T., SantaLucia J., Burkard ME, Kierzek R., Schroeder SJ, Jiao X., Cox C., Turner
DH (1998). פרמטרים תרמודינמיים עבור מודל שכן-קרוב מורחב עבור
יצירת דופלקסים של RNA עם זוגות בסיסים של ווטסון-קריק. ביוכימיה 37: 14719-14735

לסקירה ראו:

סנטה לוסיה ג'יי. (1998) מבט מאוחד על ה-DNA של פולימר, משקולת ואוליגונוקלאוטיד הקרוב ביותר-
תרמודינמיקה שכנה. פרוק נטל אקד מדע ארה"ב 95: 1460-1465

סנטה לוסיה ג'יי, היקס דונלד (2004) התרמודינמיקה של מוטיבים מבניים של DNA. Annu.
כתב העת לביופיזיקה 33: 415-440

Wetmur JG (1991) גששי DNA: יישומים של עקרונות חומצת גרעין
הכלאה. מבקר לְהַאִיץ ביוכימיה מול Biol 26: 227-259

השתמש בהתכה מקוונת באמצעות שירותי onworks.net