זוהי הפקודה mipe2dbSTS שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
mipe2dbSTS.pl - יוצר קובץ קלט להגשה ל-dbSTS
כלול בפלט: סעיף STS של הגשת dbSTS
מבוסס על גרסת MIPE v1.1
ארגומנטים: * mipe_file
*קובץ תצורה
* (אופציונלי) רשימה של מזהי PCR
קובץ התצורה מורכב משורות המכילות מפתח וערך, מופרדות בסימן שווה ('=').
המפתח מורכב מהשם הקטן של קובץ ההגשה של NCBI (ראה אתר dbSTS), ואחריו
קו תחתון והשם האותיות של השדה בקובץ זה.
יש להגדיר את השדות הבאים בקובץ התצורה:
pub_title=
pub_authors=
source_name=
source_organism=
cont_name=
cont_fax=
cont_tel=
cont_email=
cont_lab=
cont_inst=
cont_addr=
protocol_name=
protocol_protocol=
buffer_name=
buffer_buffer=
sts_pcr_profile=
עבור protocol_protocol, buffer_buffer ו-sts_pcr_profile, יש צורך בשורות נוספות (ראה דוגמה).
דוגמה לקובץ תצורה נראה כך:
pub_title=מיפוי גנטי של SNPs של עוף
pub_authors=Aerts,JA; Veenendaal,T.; Crooijmans,RPMA; גרונן, MAM
source_name=DNA גנומי של עוף
source_organism=Gallus gallus
cont_name=Jan Aerts
cont_fax=+31 317 483929
cont_tel=+31 317 483397
cont_email=jan.aerts@wur.nl
cont_lab=קבוצת גידול בעלי חיים וגנומיקה
cont_inst=אוניברסיטת וואנינגן
cont_addr=PO Box 338, 6700 AH Wageningen, הולנד
protocol_name=Protocol_Aerts
protocol_protocol=תבנית: 30-60 ng
protocol_protocol=פריימר: כל 4 uM
protocol_protocol=dNTPs: כל 200 uM
protocol_protocol=Taq: 0.3 יחידות
protocol_protocol=נפח: 12 ul
buffer_name=Buffer_Aerts
buffer_buffer=MgCl2: 1.5 מ"מ
buffer_buffer=(NH4)2SO4: 20 mM
buffer_buffer=Tris-HCl: 75 מ"מ
buffer_buffer=Tween 20: 0.01% (w/v)
buffer_buffer=pH: 8.8
השתמש ב-mipe2dbSTS באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net