זוהי הפקודה obprobe שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות החינמיות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS.
תָכְנִית:
שֵׁם
חקירה — ליצור רשת בדיקה אלקטרוסטטית
תַקצִיר
חקירה [אפשרויות] סוג פיצ'ג שם הקובץ
תיאור
כלי ה-obprobe יוצר רשת סביב מולקולה, וממקם אטום בדיקה עם ערך מוגדר
סוג האטום והמטען החלקי בכל נקודה כדי לחשב את אנרגיית MMFF94. ניתן להשתמש בזה
לניסויי עגינה לבדיקת זיקה לקשרי מימן, פוטנציאל אלקטרוסטטי וכו'.
הפלט נשלח לפלט סטנדרטי באמצעות פורמט קובייה גאוסיאנית.
אפשרויות
אם לא יינתן שם קובץ, obprobe ייתן את כל האפשרויות כולל בדיקות הדוגמה.
-s גודל הצעד
הגדר את רזולוציית הרשת (גודל צעדים)
-p רפוד
הגדר את הריפוד -- מרחק נוסף מכל צד של התיבה שנוצרת על ידי המולקולה.
סוג סוג אטום MMFF94
פיצ'ג טעינה חלקית של MMFF94
דוגמאות
בדוק את הקובץ pyridines.sdf באמצעות קרבוניל חמצן -- קולט קשרי מימן עם
טעינה חלקית -0.57:
בדיקה 7 -0.57 פירידינים.sdf
בדוק את הקובץ pyridines.sdf באמצעות אטום פחמן פנילי -- אטום הידרופובי ללא
טעינה חלקית:
בדיקה 37 0.0 פירידינים.sdf
השתמש ב-obprobe באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net