זוהי הפקודה proteinortho5 שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות החינמיות שלנו כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS.
תָכְנִית:
שֵׁם
proteinortho5 - כלי לגילוי אורתולוגיה
תַקצִיר
חלבוןאורתו5 [אפשרויות] FASTA1 FASTA2 [פאסטה...]
תיאור
Proteinortho הוא כלי עצמאי המכוון למערכי נתונים גדולים ועושה שימוש ב...
טכניקות מחשוב מבוזרות כאשר הן פועלות על חומרה מרובת ליבות. הן מיישמות
גרסה מורחבת של היוריסטיקה של יישור מיטבי הדדי. חלבון אורתו הוחל על
לחשב חלבונים אורתולוגיים בקבוצה המלאה של כל 717 הגנומים האובקטריאליים הזמינים
ב-NCBI בתחילת 2009. המחברים הצליחו לזהות שלושים חלבונים הקיימים ב
99% מכלל הפרוטאומות החיידקיות.
אפשרויות
-e= ערך E לפיצוץ [ברירת מחדל: 1e-05]
-p= תוכנית פיצוץ {blastn|blastp|blastn+|blastp+} [ברירת מחדל: blastp+]
-פרויקט=
קידומת עבור כל שמות קבצי התוצאות [ברירת מחדל: myproject]
-סינטני
הפעלת סיומת PoFF כדי להפריד רצפים דומים לפי סמיכות הקשרית
(דורש קובץ .gff עבור כל קובץ .fasta)
-דופס= PoFF: מספר החזרות עבור היוריסטיקה של סמיכות, כדי לקבוע כפילויות
אזורים (ברירת מחדל: 0)
-cs= PoFF: גודל של תת-מחרוזת משותפת מקסימלית (MCS) עבור התאמות סמיכות (ברירת מחדל: 3)
-אלפא=
PoFF: משקל הסמיכות לעומת דמיון הרצף (ברירת מחדל: 0.5)
-תיאור כתיבת קבצי תיאור (רק עבור קלט NCBI FASTA)
-לִשְׁמוֹר מאחסן תוצאות פיצוץ זמניות לשימוש חוזר
כוח מאלץ חישוב מחדש של תוצאות הפיצוץ בכל מקרה
-מעבדים= מספר מעבדים לשימוש [ברירת מחדל: אוטומטי]
-פיצוץ עצמי
להחיל selfblasting, מזהה פרלוגים ללא אורתולוגים
-סינגלים
דווח על גנים של סינגלטון ללא כל פגיעה
זהות=
אחוז מינימלי של זהות פגיעות הפיצוץ הטובות ביותר [ברירת מחדל: 25]
-cover= כיסוי מינימלי של יישורי פיצוץ מיטביים באחוזים [ברירת מחדל: 50]
-conn= קישוריות אלגברית מינימלית [ברירת מחדל: 0.1]
-sim= דמיון מינימלי עבור התאמות נוספות (0..1) [ברירת מחדל: 0.95]
-צעד= 1 -> יצירת אינדקסים 2 -> הפעלת blast (ואת ff-adj, אם -סינטני מוגדר) 3 ->
אשכולות 0 -> הכל (ברירת מחדל)
-נתיב פיצוץ=
נתיב לפיצוץ המקומי שלך (אם לא מותקן באופן גלובלי)
-שורש
מעודכן אותך לגבי ההתקדמות
-לְנַקוֹת הסר את כל הקבצים המיותרים לאחר העיבוד
-גרָף יצירת קבצי .graph (יחסי אורתולוגיה זוגיים)
-לנפות מספק מידע מפורט למעקב אחר באגים
ניתן להגדיר פרמטרים ספציפיים יותר של פיצוץ על ידי
פרמטרי-פיצוץ='[פרמטרים]' (לדוגמה פרמטרי-פיצוץ=('-סג לא')
במקרה שיש לפזר את העבודות על מספר מכונות, השתמשו
-startat= מספר קובץ התחלה (ברירת מחדל: 0)
-stopat= מספר קובץ שיש לסיים בו (ברירת מחדל: -1)
השתמש ב-proteinortho5 באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net