velvetg_de - אונליין בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

velvetg_de - בניית גרף של דה ברוין, הסרת שגיאות ורזולוציית חזרה (מרחב צבעים)
גִרְסָה)

תיאור

שימוש: ספריית ./velvetg [אפשרויות]

בספרייה
: שם ספריית עבודה

תֶקֶן אפשרויות:
-cov_cutoff
: הסרה של צמתי כיסוי נמוך לאחר אוטובוס טיולים או לאפשר למערכת להסיק זאת

(ברירת מחדל: אין הסרה)

-in_length
: מרחק צפוי בין שני קריאות קצה מזווגות (ברירת מחדל: אין צימוד קריאה)

-read_trkg
: מעקב אחר עמדות קריאה קצרות בהרכבה (ברירת מחדל: ללא מעקב)

-min_contig_lgth
: אורך contig מינימלי מיוצא לקובץ contigs.fa (ברירת מחדל: אורך hash * 2)

-amos_file
: ייצוא מכלול לקובץ AMOS (ברירת מחדל: ללא ייצוא)

-exp_cov
: כיסוי צפוי של אזורים ייחודיים או לאפשר למערכת להסיק זאת

(ברירת מחדל: אין רזולוציית קריאה ארוכה או זוגית)

-long_cov_cutoff : הסרת צמתים עם כיסוי נמוך לקריאה ארוכה לאחר סיור
אוטובוס

(ברירת מחדל: אין הסרה)

מתקדם אפשרויות:
-in_length*
: מרחק צפוי בין שני קריאות קצה זוגות בקריאה הקצרה בהתאמה
מערך נתונים (ברירת מחדל: ללא צימוד קריאה)

-in_length_long
: מרחק צפוי בין שתי קריאות ארוכות עם קצה זוווג (ברירת מחדל: אין צימוד קריאה)

-in_length*_sd
: סטיית תקן משוערת של מערך הנתונים המתאים (ברירת מחדל: 10% מהמתאים
אורך)

[החלף '*' בלא כלום, '2' או '_long' לפי הצורך]

-פיגומים
: פיגומים של contigs בשימוש מידע קצה מזווג (ברירת מחדל: מופעל)

-max_branch_length
: אורך מקסימלי בזוג בסיס של בועה (ברירת מחדל: 100)

-max_divergence : קצב סטייה מרבי בין שני ענפים בבועה
(ברירת מחדל: 0.2)

-ספירת_פער_מקסימום
: מספר המרווחים המרבי המותר ביישור של שני הענפים של בועה
(ברירת מחדל: 3)

-ספירת_זוג_מינימלית
: מספר מינימלי של חיבורי קצה מזווגים כדי להצדיק את הפיגום של שניים ארוכים
contigs (ברירת מחדל: 5)

-כיסוי_מקסימלי
: הסרה של צמתי כיסוי גבוה לאחר אוטובוס טיולים (ברירת מחדל: ללא הסרה)

-מסכת_כיסוי
: כיסוי מינימלי הנדרש עבור אזורים בטוחים של מחוזות (ברירת מחדל: 1)

-long_mult_cutoff
: המספר המינימלי של קריאות ארוכות הנדרש למיזוג קונטיגים (ברירת מחדל: 2)

-קריאה_לא בשימוש
: ייצא קריאות שאינן בשימוש בקובץ UnusedReads.fa (ברירת מחדל: לא)

-יישורים
: ייצא סיכום של יישור קונטי לרצפי ההתייחסות (ברירת מחדל: לא)

-exportFiltered
: ייצא את הצמתים הארוכים אשר בוטלו על ידי מסנני הכיסוי (ברירת מחדל: לא)

-לְנַקוֹת
: הסר את כל הקבצים המתווכים שאינם שימושיים לחישוב מחדש (ברירת מחדל:
לא)

-נקי מאוד
: הסר את כל הקבצים המתווכים (לא אפשרי חישוב מחדש) (ברירת מחדל: לא)

-שבר_תפוג_זוג
: הסר את כל חיבורי הקצה המזווגים שפחות מהחלק שצוין של
הספירה הצפויה (ברירת מחדל: 0.1)

-shortMatePaired*
: עבור ספריות זוגיות, ציין שהספרייה עשויה להיות מזוהמת עם
קריאות קצה מזווגות (לא ברירת מחדל)

-לשמור ארוך
: שמור רצפים עם קריאה ארוכה בהם (ברירת מחדל לא)

פלט:
directory/contigs.fa
: קובץ fasta של contigs באורך פי שניים של hash

directory/stats.txt
: קובץ נתונים סטטיסטיים (ברווח טאב) שימושי לקביעת חיתוך כיסוי מתאים

directory/LastGraph
: קובץ בפורמט מיוחד עם כל המידע על הגרף הסופי

directory/velvet_asm.afg
: (אם תתבקש) קובץ הרכבה תואם AMOS

השתמש ב-velvetg_de באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net