xml2dsr - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

xml2dsr - המרת קובץ DICOM SR וערכת נתונים ל-XML

תַקצִיר

xml2dsr [אפשרויות] xmlfile-in dsrfile-out

תיאור

אל האני xml2dsr כלי השירות ממיר את התוכן של מסמך XML (שפת סימון הרחבה).
לפורמט DICOM Structured Reporting (SR) (פורמט קובץ או ערכת נתונים גולמיים). סכימת ה-XML
dsr2xml.xsd עדיין לא תופס שום פורמט סטנדרטי. אולם, ה xml2dsr יישום
עשוי להשתפר בהיבט זה בעתיד (למשל על ידי תמיכה ב-HL7/CDA - Clinical
ארכיטקטורת מסמכים).

ניתן ליצור קובץ XML מתאים באמצעות ה dsr2xml כלי (אפשרות +Xn מומלץ ל
הוסף הצהרת מרחב שמות XML לאלמנט השורש).

פרמטרים

xmlfile-in שם קובץ קלט XML להמרה (stdin: "-")

dsrfile-out שם קובץ הפלט של DICOM SR

אפשרויות

כללי אפשרויות
-h --עזרה
הדפס את טקסט העזרה הזה וצא

--גִרְסָה
הדפס מידע על גרסה ויציאה

--טיעונים
הדפס ארגומנטים מורחבים של שורת פקודה

-q --שקט
מצב שקט, ללא אזהרות ושגיאות

-v --מלל
מצב מילולי, פרטי עיבוד הדפסה

-d --debug
מצב ניפוי באגים, הדפס מידע על ניפוי באגים

-ll --log-level [l]evel: קבוע מחרוזת
(פטאלי, שגיאה, אזהרה, מידע, איתור באגים, מעקב)
השתמש ברמה l עבור לוגר

-lc --log-config [f]שם קובץ: מחרוזת
השתמש בקובץ התצורה f עבור לוגר

קלט אפשרויות
קידוד:

+Ee --תבנית-מעטפה
אלמנט תבנית מקיף פריטי תוכן

תהליך אפשרויות
מַתַן תוֹקֵף:

+Vs --validate-schema
לאמת מסמך XML מול סכימה
(לא עם --template-envelope)

# דורש הידור של libxml עם תמיכה ב-XML Schema

+Vn --check-namespace
בדוק את מרחב השמות של XML בשורש המסמך

מזהים ייחודיים:

+Ug --generate-new-uids
ליצור UID חדש של מחקר/סדרה/SOP

-Uo --dont-overwrite-uids
אל תחליף מזהי UID קיימים (ברירת מחדל)

+Uo --overwrite-uids
לדרוס מזהי UID קיימים

תפוקה אפשרויות
פורמט קובץ פלט:

+F --כתוב-קובץ
כתוב פורמט קובץ (ברירת מחדל)

-F --write-dataset
כתוב סט נתונים ללא מטא מידע על הקובץ

תחביר העברת פלט:

+t= --write-xfer-same
כתוב עם אותו TS כמו קלט (ברירת מחדל)

+te --write-xfer-little
כתוב עם VR מפורש little endian TS

+tb --write-xfer-big
כתוב עם VR מפורש ביג אנדיאן TS

+ti --write-xfer-implicit
כתוב עם VR מרומז little endian TS

+td --write-xfer-deflated
כתוב עם VR מפורש מפורש קטן אנדיאן TS

ייצוגי ערכים שלאחר 1993:

+u --enable-new-vr
אפשר תמיכה עבור VRs חדשים (UN/UT) (ברירת מחדל)

-u --disable-new-vr
השבת את התמיכה עבור VRs חדשים, המר ל-OB

קידוד אורך קבוצה:

+g= --group-length-recalc
חשב מחדש אורכי קבוצה אם קיימים (ברירת מחדל)

+g --קבוצה-אורך-צור
תמיד לכתוב עם אלמנטים של אורך קבוצה

-g --קבוצה-אורך-הסר
כתוב תמיד ללא רכיבי אורך קבוצה

קידוד אורך ברצפים ופריטים:

+e --אורך-מפורש
כתוב באורך מפורש (ברירת מחדל)

-e --אורך-לא מוגדר
לכתוב באורך לא מוגדר

ריפוד נגרר של ערכת נתונים (לא עם --write-dataset):

-p= --padding-retain
אל תשנה ריפוד (ברירת מחדל אם לא --write-dataset)

-p --padding-off
ללא ריפוד (מרומז אם --write-dataset)

+p --padding-create [f]ile-pad [i]tem-pad: מספר שלם
יישר קובץ על מספר f בתים
ופריטים על מספר בתים i

הורדת רמת הדחיסה (רק עם --write-xfer-deflated):

+cl --רמת דחיסה [l]רמה: מספר שלם (ברירת מחדל: 6)
0=לא דחוס, 1=המהירות ביותר, 9=הדחיסה הטובה ביותר

אורים

דיקום התאמה
אל האני xml2dsr כלי השירות תומך בשיעורי SOP הבאים:

SpectaclePrescriptionReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.78.6
MacularGridThicknessAndVolumeReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.79.1
BasicTextSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.11
EnhancedSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.22
ComprehensiveSRSstorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.33
Comprehensive3DSRSstorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.34
ProcedureLogStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.40
ממוגרפיהCADSRאחסון 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.50
KeyObjectSelectionDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.59
ChestCADSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.65
XRayRadiationDoseSRSstorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.67
RadiopharmaceuticalRadiationDoseSRSאחסון 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.68
ColonCADSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.69
ImplantationPlanSRDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.70

שים לב שכרגע נתמכות רק תכונות חובה וכמה תכונות אופציונליות.

אופי קידוד
קידוד התווים של DICOM נקבע אוטומטית מהאלמנט עם התג
'0008,0005' (סט תווים ספציפי) - אם קיים. ערכות התווים הבאות הן
נתמך כרגע (דורש libxml לכלול סמל תמיכה, ראה --גִרְסָה תְפוּקָה):

ASCII (ISO_IR 6) (UTF-8)
UTF-8 "ISO_IR 192" (UTF-8)
ISO Latin 1 "ISO_IR 100" (ISO-8859-1)
ISO Latin 2 "ISO_IR 101" (ISO-8859-2)
ISO Latin 3 "ISO_IR 109" (ISO-8859-3)
ISO Latin 4 "ISO_IR 110" (ISO-8859-4)
ISO Latin 5 "ISO_IR 148" (ISO-8859-9)
קירילי "ISO_IR 144" (ISO-8859-5)
ערבית "ISO_IR 127" (ISO-8859-6)
"ISO_IR 126" יוונית (ISO-8859-7)
עברית "ISO_IR 138" (ISO-8859-8)

קבוצות תווים מרובות אינן נתמכות (רק הערך הראשון של 'תו ספציפי
Set' משמש עבור קידוד התווים במקרה של ריבוי ערכים).

דְחִיסָה
אם libxml מורכב עם תמיכת zlib, קובץ הקלט (xmlfile-in) יכול להיות גם
דחוס עם ZIP, מה שבדרך כלל מביא לקבצים קטנים בהרבה. ראה פלט של אפשרות
--גִרְסָה על מנת לבדוק אם תמיכת zlib זמינה.

מגבלות
סכימת ה-XML dsr2xml.xsd אינו תומך בכל הווריאציות של dsr2xml פורמט פלט.
עם זאת, פורמט הפלט המוגדר כברירת מחדל (אפשרות פלוס --use-xml-namespace) אמור לעבוד.

נראה כי לגרסאות שונות של libxml יש מגבלות שונות עבור האורך המרבי של an
ערך רכיב XML. לכן, יש להימנע משימוש בערכי אלמנט ארוכים מאוד. א
מגבלה טיפוסית עבור libxml גרסה 2.7.3 (ומעלה) היא 10 MB עבור ערך אלמנט בודד.

יומן

רמת פלט הרישום של כלי שורת הפקודה השונים והספריות הבסיסיות יכולה
יצוין על ידי המשתמש. כברירת מחדל, רק שגיאות ואזהרות נכתבות לתקן
זרם שגיאות. שימוש באפשרות --מִלוּלִי גם הודעות מידע כמו עיבוד פרטים
דווחו. אוֹפְּצִיָה --לנפות ניתן להשתמש כדי לקבל פרטים נוספים על הפעילות הפנימית,
למשל למטרות ניפוי באגים. ניתן לבחור רמות רישום אחרות באמצעות האפשרות --עֵץ-
רָמָה. ב --שֶׁקֶט במצב רק שגיאות קטלניות מדווחות. באירועי שגיאה כה חמורים,
הבקשה תסתיים בדרך כלל. לפרטים נוספים על רמות הרישום השונות,
ראה תיעוד של מודול 'oflog'.

במקרה שיש לכתוב את פלט הרישום לקובץ (אופציונלי עם סיבוב קובץ יומן),
ל-syslog (Unix) או לאפשרות יומן האירועים (Windows). --log-config יכול לשמש. זֶה
קובץ התצורה מאפשר גם להפנות רק הודעות מסוימות לפלט מסוים
זרם ולסינון הודעות מסוימות בהתבסס על המודול או היישום שבו הם
נוצרים. קובץ תצורה לדוגמה מסופק ב /logger.cfg.

פקודה קו

כל כלי שורת הפקודה משתמשים בסימון הבא עבור פרמטרים: סוגריים מרובעים מקיפים
ערכים אופציונליים (0-1), שלוש נקודות עוקבות מצביעות על כך שמתירים מספר ערכים
(1-n), שילוב של שניהם פירושו 0 עד n ערכים.

אפשרויות שורת הפקודה מובדלות מפרמטרים על ידי סימן '+' או '-' מוביל,
בהתאמה. בדרך כלל, הסדר והמיקום של אפשרויות שורת הפקודה הם שרירותיים (כלומר
יכול להופיע בכל מקום). עם זאת, אם האפשרויות סותרות זו את זו, המראה הימני ביותר
משמש. התנהגות זו תואמת את כללי ההערכה הסטנדרטיים של קונכיות Unix נפוצות.

בנוסף, ניתן לציין קובץ פקודה אחד או יותר באמצעות סימן '@' כתחילית ל
שם הקובץ (למשל @command.txt). ארגומנט פקודה כזה מוחלף בתוכן של
קובץ הטקסט המתאים (ריבוי רווחים מרובים מטופלים כמפריד יחיד אלא אם כן
הם מופיעים בין שתי מרכאות) לפני כל הערכה נוספת. שים לב ש
קובץ פקודה לא יכול להכיל קובץ פקודה אחר. גישה פשוטה אך יעילה זו
מאפשר לסכם שילובים נפוצים של אפשרויות/פרמטרים ונמנע ארוך ו
שורות פקודה מבלבלות (דוגמה מסופקת בקובץ /dumppat.txt).

הסביבה

אל האני xml2dsr כלי השירות ינסה לטעון את מילוני הנתונים של DICOM המצוינים ב-
DCDICTPATH משתנה הסביבה. כברירת מחדל, כלומר אם DCDICTPATH משתנה הסביבה
לא מוגדר, הקובץ /dicom.dic ייטען אלא אם המילון נבנה
לתוך האפליקציה (ברירת מחדל עבור Windows).

יש להעדיף את התנהגות ברירת המחדל ואת DCDICTPATH משתנה סביבה בלבד
משמש כאשר נדרשים מילוני נתונים חלופיים. ה DCDICTPATH משתנה הסביבה
יש אותו פורמט כמו מעטפת יוניקס נתיב משתנה בכך שנקודתיים (':') מפריד
ערכים. במערכות Windows, נקודה-פסיק (';') משמשת כמפריד. מילון הנתונים
הקוד ינסה לטעון כל קובץ שצוין ב- DCDICTPATH משתנה הסביבה. זה
היא שגיאה אם ​​לא ניתן לטעון מילון נתונים.

השתמש ב-xml2dsr באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net