זוהי הפקודה xplor2gmx שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
xplor2gmx - המרת מעצורי מרחק XPLOR לפורמט Gromacs
תַקצִיר
xplor2gmx (מִשׁקָע לְקַזֵז) input.pdb
תיאור
xplor2gmx קורא קובץ קלט XPLOR עם נתוני ריסון מרחק כפי שנמצא לפעמים ב
מסד הנתונים של pdb (http://www.pdb.org). מקובץ הקלט הזה יש להגביל את הדיהדרלית
הוסר, כך שנותרו רק מעצורי מרחק. התסריט יכול להתמודד עם מעורפל
מעצורים. זה ממיר את מעצורי המרחק לפורמט GROMACS.
יש לספק קובץ מגבלות (.dat) ב-STDIN, וקובץ פלט מתאים (.itp) הוא
נשלח אל STDOUT.
דוגמאות
xplor2gmx.pl 33 conf.pdb < restraints.dat > disre.itp
אפשרויות
xplor2gmx דורש שתי אפשרויות שורת פקודה: ראשית, היסט השאריות (מספר שלם); שְׁנִיָה,
שם הקובץ .pdb. קובץ pdb חייב להיות בעל מספרי אטומים נכונים.
השתמש ב-xplor2gmx באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net