זוהי אפליקציית לינוקס בשם codonPhyML להפעלה מקוונת בלינוקס, שאת הגרסה האחרונה שלה ניתן להוריד כ- codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip. ניתן להפעיל אותה באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks לתחנות עבודה.
הורד והפעל באופן מקוון את האפליקציה הזו בשם codonPhyML כדי להריץ אותה בלינוקס באופן מקוון עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
צילומי מסך:
codonPhyML להפעלה מקוונת בלינוקס
תיאור:
codonPhyML משתמש במודלים של קודונים מרקוביים של אבולוציה בשחזור פילוגניות. בהינתן קבוצת מינים המאופיינים על ידי רצפי ה-DNA שלהם כקלט, codonPhyML יחזיר את העץ הפילוגנטי המתאר בצורה הטובה ביותר את הקשר האבולוציוני ביניהם. המאמר שלנו המתאר את codonPhyML פורסם בכתב העת "Molecular Biology and Evolution" (MBE). לפרטים נוספים, עקבו אחר הקישור: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270codonPhyML על שער מגזין MBE! תראו את זה (אוגוסט 2013): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.עבור גרסת CodonPhyML מרובת המודלים, אנא השתמש בקובץ tarball 'codonphyml_multi.tgz'.
תכונות
- מודלים של קודון מרקובי לאבולוציה: Goldman & Yang 1994, Muse & Gaut 1994, Kosiol et al 2007, Schneider et al 2005, Yap et al 2010
- היוריסטיקה של חיפוש טופולוגיית עץ NNI ו-SPR
- פרמטרים של קצב החלפה מוערכים על ידי הסבירות המקסימלית
- תמיכה מרובת ליבות דרך OpenMP
- סבירות דומה בין מודלים שונים (למשל AA, NT ו-CODON)
קהל
מדע/מחקר, חינוך
ממשק משתמש
קונסולה/מסוף, שורת פקודה
שפת תכנות
C
זוהי אפליקציה שניתן להוריד גם מ-https://sourceforge.net/projects/codonphyml/. היא אוחסנה ב-OnWorks על מנת שניתן יהיה להפעיל אותה באופן מקוון בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.