זוהי אפליקציית לינוקס בשם ISVASE שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בשם ISVASE1.1.tar.gz. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם ISVASE עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
צילומי מסך:
ISVASE
תיאור:
כדי ליצור mRNA בוגרים נכונים, יש לזהות את האקסונים ולחבר אותם בצורה מדויקת ויעילה על ידי מנגנון שחבור RNA. יש לציין כי כשליש או מחצית מכל המוטציות הגורמות למחלות משפיעות על שחבור RNA. עם זאת, יש מעט כלים ביואינפורמטיקה לזיהוי ישיר של וריאנטים של רצף הקשורים לאירועי שחבור (SVASE) בהתבסס על נתוני RNA-seq. פיתחנו את ISVASE, כלי פשוט ונוח לזיהוי SVASE ישירות באמצעות נתוני RNA-seq. בהשוואה לתוכנה הקיימת PVAAS, לשיטה שלנו יש מספר יתרונות כגון מסננים מחמירים תלויי כללים ומסננים סטטיסטיים בכל שלב, וריאנטים של רצף זיהוי לאירועי שחבור ידועים, וריאנטים של רצף זיהוי בשני חלקים של חיבור (צומת) בנפרד, הסטת צומת זיהוי. אירועים אם מספקים הערת שחבור ידועה, הערכת אות שחבור, השוואה למוטציה ידועה ב-DNA ו/או נתוני עריכת RNA וזמן ריצה קצר.
תכונות
- זהו הכלי הראשון לזהות וריאנט רצף הקשור לאירוע שחבור הן עבור גרסאות שחבור חדשות והן עבור גרסאות שחבור ידועות.
- ISVASE מזהה תחילה גרסאות רצף עבור כל וריאנט שחבור, ולאחר מכן מזהה וריאנטים של רצף עבור כל גרסאות השחבור הקשורות (התחלה או סיום של צומת זהה) לצורך ניתוח השוואה ובדיקה סטטיסטית.
- ISVASE מזהה ושופטת גרסאות רצף עבור שני חלקי הצומת בנפרד, מה שיכול להבחין עוד יותר בהשפעה של וריאציות רצף עבור חלקים שונים של הצומת.
- ISVASE מיישם מספר מסננים מחמירים תלויי כללים ומסננים סטטיסטיים בשלבים שונים.
- ISVASE מחשיבה את אירועי תזוזת הצומת ואת אותות הצומת (5' ss ו-3' ss) כדי להסיר את גרסאות החבור השגויות.
- ISVASE יכולה להשתמש בנתוני מוטציות DNA ועריכת RNA שסופקו על ידי המשתמש כדי לקבוע את סוג המקור של גרסאות הרצף.
- ISVASE משיגה רצף אגף של גרסאות רצף לחיפוש מוטיבים של משפר שחבור אקזוני.
- ISVASE יכול להמיר את קובץ וריאנט הרצף המוגדר כברירת מחדל לקובץ פורמט קלט ANNOVAR להערת וריאציה.
- ISVASE משתמש ב-8 דמויות כדי להראות את המאפיינים של גרסאות רצף הקשורות לאירועי שחבור.
קהל
מדע/מחקר
שפת תכנות
פרל
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/isvase/. זה התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.