זוהי אפליקציית לינוקס בשם locusvu להפעלה בלינוקס מקוונת, שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בשם LocusVu.tar.gz. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באופן מקוון את האפליקציה הזו בשם locusvu כדי לרוץ בלינוקס באופן מקוון עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
צילומי מסך:
locusvu לרוץ בלינוקס מקוון
תיאור:
LocusVu הוא כלי תוכנה חדשני מבוסס Java המקבל רשימה של לוקוסים גנומיים (מיקומים על הכרומוזום) כקלט וממכן שליפת מידע קשור (רצועה ציטוגנטית, שם גן, נתוני OMIM וכו') ממאגרי מידע ציבוריים כגון דפדפן הגנום UCSC מאגר מידע. לאחר מכן, הוא מאפשר זרימות עבודה מרובות על התוצאות שאוחזרו, כמו השוואה של מערכי נתונים מרובים (גנומיקה השוואתית), צפייה בגנים שכנים עבור לוקוסים מתוך הכלי עצמו, או ייצוג גרפי של תוצאות אלו בתרשימי עמודות/עוגה. ל- LocusVu יש ממשק משתמש פשוט קל לשימוש בחזית המאפשר אינטראקציה אינטואיטיבית למשתמש עם ההיגיון הבסיסי.ניתן להרחיב את הכלי בקלות כדי להוסיף תמיכה עבור מסדי נתונים אחרים (למשל Ensembl) או כדי להביא מידע
מטבלאות אחרות במסד הנתונים. לפיכך, LocusVu מספקת מסגרת בסיסית שיכולה לשמש משתמשים ומפתחים כאחד בפישוט זרימות עבודה קיימות ויצירת זרימות חדשות יותר לתמיכה בניתוח נתונים בגנומיקה.
תכונות
- אוטומציה של אחזור נתונים ממאגרי מידע (כיום מסד נתונים של דפדפן גנום UCSC)
- מאפשר זרימות עבודה בתוצאות שאוחזרו כמו..
- ..השוואת מערכי נתונים מרובים (גנומיקה השוואתית)
- ..הצג גנים שכנים עבור לוקוס (מתוך הכלי עצמו)
- .. מייצגים תוצאות בצורה גרפית (תרשימי עמודות / עוגה)
- GUI קל לשימוש בחזית לשימוש אינטואיטיבי
- רישום עם Log4j לניפוי באגים קל
- ניתן להרחבה בקלות
קהל
מדע/מחקר, מפתחים
ממשק משתמש
Java Swing
שפת תכנות
Java
סביבת מסד נתונים
MySQL
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/locusvu/. הוא התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.