זוהי אפליקציית לינוקס בשם PTESFinder שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בשם ptesfinder_v1.tar.gz. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם PTESFinder עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
PTESfinder
תיאור:
PTESFinder הוא צינור חישובי לזיהוי אירועי Exon Shuffling פוסט-תעתיק מנתוני RNAseq בתפוקה גבוהה. PTESFinder ממנפת את הכוח של כלי RNASeq מבוססים ומוציאה באופן שיטתי את כל המחלקות המוכרות של מבנים חיוביים כוזבים על ידי החלת מסננים מחמירים שנועדו למקד ספציפית לתוצאות חיוביות כוזבות. PTESFinder משווה איכויות יישור של מיפוי קריאה למבני PTES משוערים עם איכויות של אותן קריאות כאשר ממופה לאזורים גנומיים ותמלילים שחבורים קנונית. גישה זו מגבירה את הביטחון בקריאה התומכת ב-PTES. קריאות הנובעות מאירועי החלפת תבנית מאופיינים לרוב באינדלים גדולים כשהם מיושרים לתעתיק. PTESFinder משתמש במסננים נוספים כדי לא לכלול קריאות עם יישורים מעורפלים סביב צומת PTES exon-exon, מה שמגביר עוד יותר את הביטחון בקריאות התומכות הללו. PTESFinder מזהה יותר מבני PTES מאשר שיטות אחרות שפורסמו תוך שמירה על ספציפיות גבוהה.
קהל
מדע/מחקר
ממשק משתמש
שורת הפקודה
שפת תכנות
Unix Shell, Java
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/ptesfinder-v1/. זה התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.