זוהי אפליקציית Windows בשם NGSEP שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה בתור NGSEPwindows_4.1.0.zip. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם NGSEP עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל כל אמולטור מקוון של OS OnWorks מאתר זה, אך עדיף אמולטור מקוון של Windows.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Windows שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה והתקן אותה.
- 7. הורד את Wine ממאגרי התוכנה שלך להפצות לינוקס. לאחר ההתקנה, תוכל ללחוץ פעמיים על האפליקציה כדי להפעיל אותם עם Wine. אתה יכול גם לנסות את PlayOnLinux, ממשק מפואר מעל Wine שיעזור לך להתקין תוכניות ומשחקים פופולריים של Windows.
Wine היא דרך להפעיל תוכנת Windows על לינוקס, אך ללא צורך ב-Windows. Wine היא שכבת תאימות של Windows בקוד פתוח שיכולה להריץ תוכניות Windows ישירות על כל שולחן עבודה של לינוקס. בעיקרו של דבר, Wine מנסה להטמיע מחדש מספיק של Windows מאפס כדי שהוא יוכל להריץ את כל יישומי Windows מבלי להזדקק ל-Windows.
צילומי מסך:
NGSEP
תיאור:
NGSEP היא מסגרת משולבת לניתוח נתוני רצף תפוקה גבוהה של DNA. השימוש העיקרי ב-NGSEP הוא בנייה וניתוח במורד הזרם של מערכי נתונים גדולים של שונות גנומית. NGSEP מבצעת זיהוי וגנוטיפ מדויקים של וריאנטים נוקלאוטידים בודדים (SNVs), אינדלים קטנים וגדולים, חזרות טנדם קצרות (STRs), היפוכים וריאנטים של מספר העתקות (CNVs). NGSEP מספקת גם מודולים לביאורים פונקציונליים, סינון, המרת פורמטים, השוואה, אשכולות, זקיפה, ניתוח כניסות וסוגים שונים של סטטיסטיקה. רשימה מלאה של פונקציות זמינה בוויקי שלנו (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).
חדשות: זה עתה הפכנו את הגרסה הראשונה של מרכיב הגנום הדה-נובו שלנו. פרטים נוספים זמינים בוויקי.
תכונות
- הרכבת גנומים דה-נובו
- יישור קריאות גולמיות לגנום ייחוס
- זיהוי SNPs, CNVs וגרסאות מבניות
- מניפולציה של VCF: ביאור פונקציונלי, מיזוג, סינון, השוואה, המרת פורמט, זקיפה
- קורא Demultiplexing
- יישור של מכלולי גנום מוערים
- סטטיסטיקה וסינון על הודעות תעתיק בפורמט GFF3
קהל
תעשיית הבריאות, מדע/מחקר, קהל אחר, חקלאות
ממשק משתמש
Java SWT, קונסולה/טרמינל, Eclipse
שפת תכנות
Java
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/ngsep/. הוא התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.