これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド abacas です。
プログラム：
NAME
abacas - アルゴリズムベースの組み立てられたシーケンスの自動連結
SYNOPSIS
アバカ -r 参照 -q qs -p うろつく [オプション]
OR
アバカ -r 参照 -q PSF -e
参照 単一の fasta ファイル内の参照配列
qs multi-fasta フォーマットのコンティグ
ROG 使用する MUMmer プログラム: 'nucmer' または 'promer'
PSF fasta 形式の擬似分子/順序配列ファイル
OPTIONS
-h 印刷の使用法
-d デフォルトの nucmer/promer パラメータを使用する
-s int 完全に一致する単語の最小長 (nucmer のデフォルト = 12、promer のデフォルト)
= 4）
-m 順序付けられたコンティグを multifasta 形式でファイルに出力します
-b ビン内のコンティグをファイルに出力します
-N 「N」を付けずに擬似分子を出力します
-i int 最小同一性パーセント [デフォルト 40]
-v int 最小コンティグ カバレッジ [デフォルト 40]
-V int 最小コンティグ カバレッジ差 [デフォルト 1]
-l int 最小連続長 [デフォルト 1]
-t マップされていないコンティグに対して tblastx を実行します
-g 文字列 (ファイル名) ファイル名を参照してカバーされていない領域 (ギャップ) を出力します
-a ビン内のコンティグを擬似分子に追加します
-o プレフィックス出力ファイルにはこのプレフィックスが付きます
-P ギャップを埋めるためにプライマーセットを選択します
-f プライマー設計のギャップの両側にある隣接塩基の int 数 (デフォルト
350）
-R int mummer を実行 [デフォルト 1、使用 -R ママーの実行を避けるには 0]
-e コンティグの順序をエスケープ、つまりプライマー設計に移動
-c 参照配列は循環的です
DESCRIPTION
ABACAS は、迅速に接続 (位置合わせ、順序付け、方向付け)、視覚化、設計を行うことを目的としています。
参照配列に基づいてショットガンで組み立てられたコンティグ上のギャップを埋めるためのプライマー。
ABACAS は MUMmer を使用してアライメント位置を見つけ、組み立てられたコンティグのシンテニーを特定します
基準に反して。 次に、出力が処理されて、次のような擬似分子が生成されます。
重複するコンティグとギャップを考慮します。 ABACAS は、次のような比較ファイルを生成します。
ACT で順序付けされ、指向性のあるコンティグを視覚化するために使用されます。 シンテニーは赤で表されます
間の同一性パーセントの値が低いほど色の強度が低下するバー。
同等のブロック。 方向、同一性パーセント、
出力されたコンティグをロードすることで、カバレッジや他のコンティグとの重複を視覚化することもできます。
ACT 上の機能ファイル。
onworks.net サービスを使用してオンラインで abacas を使用する