cleanasn - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

cleanasn - NCBI ASN.1 オブジェクトの不規則性をクリーンアップする

SYNOPSIS

きれいにする [-] [-A ファイル名] [-C STR] [-D STR] [-F STR] [-K STR] [-L ファイル名] [-M ファイル名]
[-N STR] [-P STR] [-Q STR] [-R] [-S STR] [-T] [-U STR] [-V STR] [-X STR] [-Z STR] [-a STR]
[-b] [-c] [-d STR] [-f STR] [-i ファイル名] [-j ファイル名] [-k ファイル名] [-m STR] [-n path]
[-o ファイル名] [-p path] [-q path] [-r path] [-v path] [-x EXT]

DESCRIPTION

きれいにする NCBI ASN.1 オブジェクトの不規則性をクリーンアップするユーティリティ プログラムです。

OPTIONS

オプションの概要は以下に含まれています。

- 使用状況メッセージを印刷する

-A ファイル名
アクセッションリストファイル

-C STR str のフラグごとに操作をシーケンスします。
c 圧縮する
d 解凍する
v セグメント化されたシーケンス内の仮想ギャップ
s セグメント化されたセットをデルタシーケンスに変換する

-D STR str のフラグに従って記述子をクリーンアップします。
t タイトルを削除
c コメントを削除する
n Nuc-Prot セットのタイトルを削除
e Pop/Phy/Mut/Eco Setタイトルを削除
m mRNA タイトルを削除
p タンパク質のタイトルを削除

-F STR str のフラグに従って、フィーチャをクリーンアップします。
u ユーザーオブジェクトを削除する
d db_xrefs を削除します
e削除 /証拠 および /推論
r 冗長な遺伝子の外部参照を削除する
f 重複した特徴を融合する
k パッケージのコーディング領域または部品の特徴
z EC 番号の削除または更新

-K STR str のフラグに従って、一般的なクリーンアップを実行します。
b BasicSeqEntryクリーンアップ
p C++ BasicCleanup (外部ユーティリティ経由)
SeriousSeqEntryCleanup
g GpipeSeqEntryCleanup
n 記述子の順序を正規化する
u NcbiCleanup ユーザー オブジェクトを削除する
c 遺伝コードを同期させる
d CDS パーシャルを再同期する
m mRNA 部分を再同期する
t ペプチド部分を再同期する
a コンセンサススプライスを調整する
i 「最悪の」Seq-ID に昇格します

-L ファイル名
ログファイル

-M ファイル名
マクロファイル

-N STR str のフラグに従ってリンクをクリーンアップします。
o オーバーラップによる CDS mRNA のリンク
p 製品ごとに CDS mRNA をリンク
r 機能 ID の再割り当て
f 欠落している相互機能 ID を修正
c 機能IDのクリア

-P 出版オプション:
a すべての出版物を削除する
s シリアル番号を削除する
f 図、番号、名前を削除
r コメントを削除
u PMID のみのパブリケーションを更新する
# 未公開を PMID に置き換えます

-Q STR 報告する：
c レコード数
r ASN.1 BSEC レポート
ASN.1 SSEC レポート
n NORM 対 SSEC レポート
PopPhyMutEco AutoDef レポート
o 重複レポート
l 緯度と経度の国の差
d SSEC の差異をログに記録する
g GenBank SSEC の差分
asn2gb/asn2フラットの差分
h セグメントとデルタの GenBank の差分
v バリデーター SSEC の差分
m 遺伝子/RNA/PCR を最新化する
u 未公開パブ検索
p 公開されたパブのルックアップ
j インデックスのないジャーナル レポート
x カスタムスキャン

-R ID からのリモート取得 (NCBI 配列データベース)

-S STR 選択的差分フィルター（大文字スキップ）
SSEC
b BSEC
著者
p 出版物
l 場所
rRNA
q 修飾子のソート順序
g Genbank ブロック
k パッケージ CdRegion またはパーツの機能
m パブリケーションを移動する
o 重複した Bioseq パブリケーションを残す
d 自動定義線
e Pop/Phy/Mut/Eco Set 定義行

-T 分類法の検索

-U STR str のフラグに従って最新化します。
g遺伝子
rRNA
p PCRプライマー

-V STR バリデーターの重大度に基づいて機能を削除します。
r 拒否
eエラー
w 警告
i 情報

-X STR その他のオプション (文字列ごと):
d 自動定義線
e Pop/Phy/Mut/Eco Set 定義行
n NCタイトルのインスタンス化
m NM タイトルをインスタンス化する
x 特別な XM タイトル
p プロテインタイトルのインスタンス化
c コード配列の mRNA を作成する
f 相互のprotein_id/transcript_idを修正

-Z STR 示されたユーザーオブジェクトを削除します

-a STR ASN.1タイプ
a 任意 (デフォルト)
e 連続エントリ
b バイオセク
バイオセクセット
m 連続送信
t バッチ処理 [文字列]

-b 入力 ASN.1 はバイナリです

-c 入力 ASN.1 は圧縮されています

-d STR ソースデータベース
a 任意 (デフォルト)
g ジェンバンク
EMBL
dDDJ
b EMBLまたはDDBJ
r RefSeq
NCBI
v セグメント化されたシーケンスのみ
w セグメント化されたシーケンスを除外する
× EMBL/DDBJを除く
y gbcon、gbest、gbgss、gbhtg、gbpat、gbsts を除外します

-f STR 部分文字列フィルター

-i ファイル名
単一の入力ファイル (デフォルトは標準入力)

-j ファイル名
最初のファイル名

-k ファイル名
最後のファイル名

-m STR フラットファイル モード:
r リリース
e エントレズ
sスパンコール
d ダンプ

-n path
asn2フラット 実行可能ファイル (デフォルトは /netopt/ncbi_tools/bin/asn2 flat)

-o ファイル名
単一の出力ファイル (デフォルトは stdout)

-p path
一致するすべてのファイルを処理します path

-q path
ふふふ 実行可能ファイル (デフォルトは /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)

-r path
結果へのパス

-v path
アスンヴァル 実行可能ファイル (デフォルトは /netopt/ncbi_tools/bin/asnval)

-x EXT で使用するファイル選択サフィックス -p (デフォルトは .ent)

onworks.net サービスを使用してオンラインで cleanasn を使用する