これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド ecoPCR です。
プログラム：
NAME
ecoPCR - 指定されたプライマーとハイブリッドする配列および分類の検索
SYNOPSIS
エコPCR [オプション] <ヌクレオチド性 パターン>
DESCRIPTION
ecoPCR は、LECA と Helix-Project によって開発された電子 PCR ソフトウェアです。 役に立ちます
バーコードプライマーの品質を推定します。
OPTIONS
-a : Tm 計算用の塩濃度 (M) (デフォルトは 0.05 M)
-c : データベースのシーケンスが [c]ircular であると考えてください。
-d : [D]atabase : 期待される形式に一致するデータベース
最初にフォーマットする必要があります ecoPCRフォーマット（1）プログラム。 ecoPCRフォーマット(1) を作成します
XNUMX つのファイル タイプ:
.sdx : シーケンスが含まれます
.tdx : 分類に関する情報が含まれています
.rdx : 分類ランクが含まれます
ecoPCR にはすべてのファイル タイプが必要です。 その結果、データベースラジカルを作成する必要があります。
延長なしで。 例えば /ecoPCRDB/gbmam
-D : インシリコの各側に指定された数のヌクレオチドを保持します。
増幅された配列 (増幅された DNA フラグメントと XNUMX つのターゲットを含む)
プライマーの配列）。
-e : [E]rror : オリゴヌクレオチドで許容される最大エラー数 (デフォルトでは 0)
-h : [ヘルプ]ヘルプ - 印刷ヘルプ
-i : [I] 指定された分類 ID を無視します。
分類 ID は、ecofind プログラムを使用して取得できます。 ecofind の入力ヘルプを参照してください
-h 。
-k : [K]キングダムモード : キングダムモードを設定します
デフォルトではスーパーキングダムモード。
-l : minimum [L]ength : 最小増幅長を定義します。
-L : 最大 [L]ength : 最大増幅長を定義します。
-m ：Tm計算における塩補正法（SANTALUCIA：1）
または OWCZARZY:2、デフォルト=1)
-r : [R]指定された分類 ID に検索を制限します。
分類 ID は、ecofind プログラムを使用して取得できます。 ecofind の入力ヘルプを参照してください
-h 。
第一引数 : ダイレクト鎖用のオリゴヌクレオチド
第二引数 : 逆鎖用のオリゴヌクレオチド
テーブル結果の説明:
列 1 : アクセッション番号
列 2 : シーケンスの長さ
列 3 : 分類 ID
列 4 : ランク
列 5 : 種の分類 ID
列 6 : 学名
列 7 : 属の分類 ID
列 8 : 属名
列 9 : 科分類 ID
列 10 : 姓
列 11 : スーパー王国分類 ID
列 12 : スーパー王国名
列 13 : ストランド (ダイレクトまたはリバース)
列 14 : 最初のオリゴヌクレオチド
列 15 : 最初のストランドのエラー数
列 16 : この部位でのプライマー 1 のハイブリダイゼーションの Tm
列 17 : 第 XNUMX のオリゴヌクレオチド
列 18 : XNUMX 番目のストランドのエラー数
列 19 : この部位でのプライマー 1 のハイブリダイゼーションの Tm
列 20 : 増幅長
列 21 : シーケンス
列 22 : 定義
onworks.net サービスを使用してオンラインで ecoPCR を使用する