これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-make_ndx です。
プログラム：
NAME
gmx-make_ndx - インデックスファイルの作成
SYNOPSIS
gmx make_ndx [-f [<.gro / .g96 / ...>]] [-n [<.ndx> [...]]] [-o [<.ndx>]]
[-ナトムズ ] [-[勝てない]
DESCRIPTION
インデックス グループは、ほぼすべての GROMACS プログラムに必要です。 これらすべてのプログラムは、
デフォルトのインデックスグループを生成します。 使用するだけで済みます GMX メイク_ndx 特別なことが必要なとき
インデックスグループ。 システム全体にデフォルトのインデックス グループがあり、9 つのデフォルトのインデックス グループがあります。
タンパク質の場合、デフォルトのインデックス グループが他のすべての残基名に対して生成されます。
インデックス ファイルが提供されていない場合も、 GMX メイク_ndx デフォルトのグループが生成されます。 と
原子、残基、鎖の名前と番号を選択できるインデックス エディター。 ランニングのとき
入力ファイルが提供されており、原子タイプを選択することもできます。 NOT、AND、OR を使用できます。
グループを鎖、残基、または原子に分割できます。 グループを削除したり、名前を変更したりできます。
エディターとインデックス ファイルの原子番号は 1 から始まります。
-ツイン スイッチは、オフセットを使用してすべてのインデックス グループを複製します。 -ナトムズ、便利です
計算電気生理学二層膜セットアップ用。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-f [<.gro / .g96 / ...>] （conf.gro） （オプション）
構造ファイル： gro g96 pdb 壊れた ent esp tpr
-n [<.ndx> [...]] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-o [<.ndx>] （index.ndx）
インデックスファイル
その他のオプション：
-ナトムズ (0)
原子の数を設定します (デフォルト: 座標ファイルまたはインデックス ファイルから読み取ります)
-[勝てない （いいえ）
-natoms のオフセットを使用してすべてのインデックス グループを複製します。
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-make_ndx を使用する