これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-saltbr です。
プログラム：
NAME
gmx-saltbr - 塩橋を計算する
SYNOPSIS
gmx ソルトbr [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-t ] [-[いいえ]XNUMX月]
DESCRIPTION
GMX ソルトバー 荷電基のすべての組み合わせ間の距離を関数としてプロットします。
時間。 グループはさまざまな方法で結合されます。 最小距離を指定できます (つまり、
カットオフ)、その距離よりも近づくことのないグループがプロットされないようにします。
出力はいくつかの固定ファイル名で行われます。 min-min.xvg, プラス min.xvg
プラスプラス.xvg、または、個々のイオン ペアごとにファイルが作成されます。 -XNUMX月 オプションが選択されています。 の
この場合、ファイルの名前は次のようになります。 sb-(Resname)(Resnr)-(Atomnr)。 あるかもしれません 多くの そのようなファイル。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] （topol.tpr）
ポータブルxdr実行入力ファイル
その他のオプション：
-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）
-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）
-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します
-t (1000)
この距離よりも近づくことのないグループはプロットされません
-[いいえ]XNUMX月 （いいえ）
インタラクションごとに個別のファイルを使用します (多数の可能性があります)
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-saltbr を使用する