これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MAC OSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドgt-tirvishです。
プログラム：
NAME
gt-tirvish - DNA トランスポゾンなどの末端逆位反復配列 (TIR) 要素を識別します。
SYNOPSIS
gt ばかげた [オプション...] -index INDEXNAME
DESCRIPTION
-インデックス [string]
拡張サフィックス配列インデックスの名前を指定します (必須) (デフォルト: 未定義)
-シード [値]
正確な繰り返しの最小シード長を指定します (デフォルト: 20)
-ミンティルレン [値]
各TIRの最小長さを指定します（デフォルト: 100）
-マックスティルレン [値]
各TIRの最大長を指定します（デフォルト: 1000）
-ミンティルディスト [値]
TIRの最小距離を指定します（デフォルト: 500）
-マックスティルディスト [値]
TIRの最大距離を指定します（デフォルト: 10000）
-マット [値]
extension-alignment の matchscore を指定します (デフォルト: 2)
-ミス [値]
extension-alignment に不一致スコアを指定します (デフォルト: -2)
-で [値]
拡張子アラインメントの挿入スコアを指定します (デフォルト: -3)
-デル [値]
extension-alignment の削除スコアを指定します (デフォルト: -3)
-xdrop [値]
extension-alignment に xdropbelowscore を指定します (デフォルト: 5)
-似ている [値]
TIR類似度しきい値を[1..100%]の範囲で指定します（デフォルト: 85.000000）
-重複 [...]
no|best|longest|all を指定します (デフォルト: best)
-mintsd [値]
各 TSD の最小長を指定します (デフォルト: 2)
-maxtsd [値]
各 TSD の最大長を指定します (デフォルト: 11)
-ヴィック [値]
検索するヌクレオチド (左と右) の数を指定します。
予測されたTIRの5'および3'境界付近のTSDの場合（デフォルト：60）
-うーん
HMMER3 のドメイン検出用のプロファイル HMM モデル (スペースで区切って -- で終わる)
format pHMM 検索を無効にするには、このオプションを省略します。
-pdomevalcutoff [値]
pHMM 検索のグローバル E 値カットオフ デフォルト 1E-6
-pdomcutoff [...]
モデル固有のスコアカットオフは TC (トラステッドカットオフ) から選択 | GA（ギャザリングカットオフ） |
なし（カットオフなし）（デフォルト：GA）
-マックスガプレン [値]
pHMM ヒットを連鎖させる場合のフラグメント間の最大許容ギャップ サイズ (アミノ酸単位)
タンパク質ドメインの場合 (デフォルト: 50)
-参照シーケンス [string]
候補内でスキャンする遺伝子配列の名前を指定します（デフォルト：
未定義）
-seqids [はい|いいえ]
GFF3 出力でシーケンス番号の代わりにシーケンス記述を使用する (デフォルト: yes)
-md5 [はい|いいえ]
GFF5 出力の seqid に MD3 ハッシュを追加します (デフォルト: no)
-助けて
基本オプションのヘルプを表示して終了します
-ヘルプ+
すべてのオプションのヘルプを表示して終了します
-バージョン
バージョン情報を表示して終了します
報告 バグ
バグを報告するgt-users@genometools.org>.
onworks.net サービスを使用して gt-tirvish をオンラインで使用する