これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド idfetch です。
プログラム：
NAME
idfetch - NCBI ID1 サーバーから生物学的データを取得します
SYNOPSIS
idfetch [-] [-F STR] [-G ファイル名] [-Q ファイル名] [-c N] [-d STR] [-e N] [-f STR] [-g N]
[-i N] [-l ファイル名] [-n] [-o ファイル名] [-q STR] [-s STR] [-t N]
DESCRIPTION
idfetch NCBI の ID1 サーバーのクライアントです。このサーバーには、注釈付きの大規模なデータベースが含まれています。
生物学的配列。
OPTIONS
オプションの概要は以下に含まれています。
- 使用状況メッセージを印刷する
-F STR 指定した機能タイプを追加します (カンマ区切り)。 許可される値は CDD、SNP、
SNP_graph、MGC、HPRD、STS、tRNA、microRNA。
-G ファイル名
GI、(バージョン管理された) アクセッション、ダンプする FASTA SeqID のリストを含むファイル
-Q ファイル名
EntrezクエリによるGIリストの生成 ファイル名; 必要 -dn or -dp.
-c N 最大の複雑さ:
0 blob 全体を取得します (デフォルト)
1 目的の Bioseq を取得します
2 目的の bioseq を含む最小限の bioseq セットを取得します
3 目的の bioseq を含む最小限の nuc-prot を取得します
4 対象の bioseq を含む最小限の pub-set を取得します。
-d STR 使用するデータベース（ -q、どちらでもよい n ヌクレオチドまたは p タンパク質の場合）。
-e N ダンプするエンティティ番号(取得番号)
-f STR フラット化された SeqId。 可能なフォーマット:
type([名] [、[加盟] [、[リリース] [、バージョン]]]) を「5(HUMHBB)」として
type=加盟
type:数
(type は ASN.1 Seq-id サブタイプを示す番号です。)
-g N ダンプする単一エンティティの GI ID
-i N ルックアップの種類:
0 シーケンスエントリを取得 (デフォルト)
1 GI 状態を取得 (stderr に出力)
2 SeqId を取得する
3 GI 履歴の取得 (シーケンス変更のみ)
4 リビジョン履歴の取得 (ASN.1 への変更)
-l ファイル名
ログファイル
-n GI のリストのみを出力します ( -q および -Q).
-o ファイル名
出力のファイル名 (デフォルト = (Linuxで言うところのstdout）)
-q STR Entrezクエリによりgiリストを生成します。 必要 -dn or -dp.
-s STR FASTA スタイルの SeqId を引用符で囲みます。 フォーマット:
lcl|int型 or STR
掲示板|int型
bbm|int型
gb|ACC|LOC
埋め込む|ACC|LOC
ぴる|ACC|名
sp|ACC|名
パット|国|特許|seq
ギ|int型
dbj|ACC|LOC
prf|ACC|名
pdb|エントリ|チェーン
-t N 出力タイプ：
1 テキスト ASN.1 (デフォルト)
2バイナリASN.1
3 GenBank (シーケンスエントリーのみ)
4 GenPept (シーケンスエントリーのみ)
5 FASTA (履歴テーブル)
6 つの品質スコア (連続エントリーのみ)
7 Entrez DocSum
8 FASTA 逆補数
onworks.net サービスを使用してオンラインで idfetch を使用する