これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド ipig です。
プログラム：
NAME
ipig - PSM をゲノムブラウザ視覚化に統合
SYNOPSIS
イピグ <psm ファイル> |-g|-c|-cg [ ]
DESCRIPTION
iPiG は、質量分析からのペプチド スペクトル マッチ (PSM) の統合をターゲットとしています
(MS) ゲノムブラウザーによって提供されるゲノム視覚化へのペプチド同定
UCSC ゲノムブラウザとして (http://genome.ucsc.edu/).
iPiG は MS 標準形式 mzIdentML (*.mzid) またはテキスト形式から PSM を取得し、
結果はゲノム トラック形式 (BED および GFF3 ファイル) で提供されます。
ゲノムブラウザにインポートされます。
OPTIONS
<psm ファイル>
ペプチドスペクトルが一致するファイル (mzid/txt) を示します
-g, -gui
iPiG のグラフィカル ユーザー インターフェイスを開始します
-c, -コントロール
遺伝子制御を開始するには、必要なファイルを設定で指定する必要があります
file
-cg, -controlgui
遺伝子制御のグラフィカル ユーザー インターフェイスを開始します。
-d, -ダウンローダー
ダウンロード GUI を開始します
別の設定ファイルを指定することもできます (それ以外の場合は、ipig.conf がロードされます)
デフォルト）
追加の要件:
非 GUI モードを使用する場合、設定ファイル (デフォルトでは ipig.conf) にいくつかのファイルを含める必要があります。
追加パラメータ、例えば参照ゲノムを示すなど。
GUI モードでは (-g および -cg)、追加パラメータは XNUMX つの方法で指定できます。
インターフェイスまたは設定ファイルでも同様です。
例と詳細については、readme.txt と ipig.conf を参照してください。
追加パラメータ
onworks.net サービスを使用してオンラインで ipig を使用する