これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションの5つを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドproteinorthoXNUMXです。
プログラム：
NAME
proteinortho5-オルソロジー検出ツール
SYNOPSIS
プロテインortho5 [OPTIONS] ファスタ1 ファスタ2 [ファスタ...]
DESCRIPTION
Proteinorthoは、大規模なデータセットを対象としたスタンドアロンツールであり、
マルチコアハードウェアで実行する場合の分散コンピューティング技術。 それは実装します
相互ベストアラインメントヒューリスティックの拡張バージョン。 Proteinorthoはに適用されました
利用可能なすべての717の真正細菌ゲノムの完全なセットでオーソロガスタンパク質を計算します
2009年の初めにNCBIで。著者はに存在するXNUMXのタンパク質を特定することに成功しました
すべての細菌プロテオームの99％。
OPTIONS
-e = 爆風のE値[デフォルト：1e-05]
-p = blastプログラム{blastn | blastp | blastn + | blastp +} [デフォルト：blastp +]
-プロジェクト=
すべての結果ファイル名のプレフィックス[デフォルト：myproject]
-シンテニー
PoFF拡張機能をアクティブにして、コンテキスト隣接によって類似のシーケンスを分離します
（.fastaごとに.gffが必要です）
-dups = PoFF：重複を判別するための、ヒューリスティックな隣接関係の反復回数
リージョン（デフォルト：0）
-cs = PoFF：隣接一致の最大共通サブストリング（MCS）のサイズ（デフォルト：3）
-alpha =
PoFF：隣接の重みとシーケンスの類似性（デフォルト：0.5）
-説明 説明ファイルの書き込み（NCBI FASTA入力のみ）
-保つ 再利用のために一時的なブラスト結果を保存します
-力 いずれにせよ、爆風結果の再計算を強制します
-cpus = 使用するプロセッサの数[デフォルト：自動]
-セルフブラスト
セルフブラストを適用し、オルソログなしでパラログを検出します
-シングル
ヒットなしでシングルトン遺伝子を報告する
-identity =
分。 ベストブラストヒットのパーセント同一性[デフォルト：25]
-cov = 分。 最高のブラストアライメントのカバレッジ（％）[デフォルト：50]
-conn = 分。 代数的連結度[デフォルト：0.1]
-sim = 分。 追加ヒットの類似性（0..1）[デフォルト：0.95]
-ステップ= 1->インデックスを生成2->ブラストを実行（およびff-adjの場合） -シンテニー 設定されています）3->
クラスタリング0->すべて（デフォルト）
-blastpath =
ローカルブラストへのパス（グローバルにインストールされていない場合）
-詳細
進捗状況を常にお知らせします
-クリーン 処理後に不要なファイルをすべて削除します
-グラフ .graphファイルを生成します（ペアワイズオルソロジー関係）
-デバッグ バグ追跡の詳細情報を提供します
より具体的な爆風パラメータは、次のように定義できます。
-blastParameters ='[パラメータ]'（例： -blastParameters ='-seg no'）
ジョブを複数のマシンに分散する必要がある場合は、
-ここ= 開始するファイル番号（デフォルト：0）
-stopat = 末尾のファイル番号（デフォルト： -1)
onworks.netサービスを使用してオンラインでproteinortho5を使用する