これはclusterProfilerというLinuxアプリケーションで、最新リリースはclusterProfilersourcecode.tar.gzとしてダウンロードできます。ワークステーション向けの無料ホスティングプロバイダーであるOnWorksでオンラインで実行できます。
OnWorks を使用して、clusterProfiler というこのアプリを無料でダウンロードし、オンラインで実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショット：
クラスタープロファイラー
説明：
clusterProfilerは、ハイスループットオミクスの結果を解釈するための機能エンリッチメント解析のための統合ワークフローを提供するR/Bioconductorパッケージです。過剰表現解析と遺伝子セットエンリッチメント解析の両方をサポートし、ランク付けされていない遺伝子リストや差分パイプラインからのランク付けされた統計情報を処理できます。このパッケージは、Gene Ontology、KEGG、Reactome、Disease Ontology、MeSHなどの複数の知識ベースに一貫したインターフェースで接続するため、コードを書き直すことなく、さまざまな生物学的レンズをクエリできます。継続的に更新されるアノテーションを活用することで、コーディング機能と非コーディング機能、そして数千の生物を幅広くカバーするように設計されています。結果は整理された操作しやすい構造で返され、豊富な視覚化機能（付属ツール経由）と自然に組み合わせることで、パスウェイ、用語、遺伝子セットの関係を要約できます。
オプション
- 複数のアノテーションソースにわたる統合された ORA および GSEA ワークフロー
- 最新の遺伝子アノテーションを使用した幅広い種のサポート
- 下流の R データ パイプラインときれいに統合される整然とした出力
- コンパニオンプロットツールによるエンリッチメント結果の視覚化が組み込まれています
- 条件間分析のための複数グループ比較ユーティリティ（例：compareCluster）
- 再現性のあるエンドツーエンドのエンリッチメント研究のための詳細なビネットとマニュアル
プログラミング言語
R
カテゴリー
このアプリケーションは、https://sourceforge.net/projects/clusterprofiler.mirror/ からも入手できます。OnWorks でホストされているため、無料のオペレーティングシステムから最も簡単にオンラインで実行できます。