これは、オンライン Linux で実行する iMSAT という名前の Linux アプリで、最新リリースは SSRs.zip としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
iMSAT という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux でオンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショット：
Linux でオンラインで実行できる iMSAT
説明：
iMSATは、vcf2MSATプログラムの完全な更新を表します。 このコマンドラインPythonプログラムを使用すると、ユーザーはSAMツールとBAMツールを使用して生成された多型データと.fastaアライメントファイルを使用して、多型マイクロサテライトマーカー（MSATまたはSTR）を検索できます。 以前のプログラムのように単純な繰り返し領域ではなく、多形メーカーを特定することにより、iMSATは、特定できる多形MSATの速度を大幅に向上させ、研究者の貴重な時間とお金を節約します。 訪問 http://www.biomedcentral.com/1471-2164/15/858/abstract iMSATの有用性を説明するPDF記事については、プログラムを使用する場合は、この記事を次のように引用してください。Andersenand Mills：iMSAT：バーコード付きイルミナライブラリを使用したマイクロサテライト遺伝子座の開発への新しいアプローチ。 BMC Genomics 2014 15：858。特徴
- 多形マイクロサテライトの同定
- イルミナシーケンス
- ゲノム解析
Audience
科学/研究
ユーザーインターフェース
コマンドライン
プログラミング言語
Python
これは、https：//sourceforge.net/projects/imsat/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。