これは、Linux オンラインで実行する UniPyRange という名前の Linux アプリで、その最新リリースは UniPyRangeSuite.py としてダウンロードできます。 これは、ワークステーション用の無料のホスティング プロバイダーである OnWorks でオンラインで実行できます。
UniPyRange という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux オンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショット：
Linux オンラインで実行する UniPyRange
説明：
Uniprot および NCBI RefSeq データベースからの fasta ファイル内のアミノ酸/DNA 塩基を数える手間を省く、非常にシンプルな Python スクリプト (1、2)。128 個のアミノ酸タンパク質から 387 ～ 1000 の範囲のアミノ酸配列が必要だとします。このスクリプトは、指定されたアミノ酸配列とコード DNA 塩基対を表示するだけで、数え間違いを避けるのに役立ちます (増幅プライマー設計に最適です)。 ) 指定された Uniprot ID の。
- BioPython (3) および Bioservices パッケージ (4) が必要です
(1)
UniProtコンソーシアム
UniProt: タンパク質情報のハブ
核酸研究所43: D204-D212 (2015)。
(2)
RefSeq: 哺乳類の参照配列に関する最新情報。 核酸研究所2014 年 1 月 42 日;1(756):D63-XNUMX。
(3)
コック PJ 他バイオインフォマティクス (2009)
(4)
Cokelaer et al、バイオインフォマティクス (2013)
プログラミング言語
Python
これは、https://sourceforge.net/projects/unipyrange/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。