이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 autodock4 명령입니다.
프로그램:
이름
autodock - 화학적 리간드를 단백질 수용체에 도킹
개요
자동 독4 [옵션]
기술
AutoDock은 화학적 화합물을 단백질에 자동 도킹합니다.
기질 또는 약물 후보와 같은 작은 분자가 알려진 3D 수용체에 결합하는 방법
구조.
AutoDockSuite는 AutoDock이 도킹을 수행하는 두 가지 주요 프로그램으로 구성됩니다.
대상 단백질을 설명하는 그리드 세트에 대한 리간드 및 AutoGrid 사전 계산
이러한 그리드.
옵션
-p 매개변수_파일 이름
-l 로그 파일 이름
-o 이전 PDBQ 형식을 사용하고 55-61열에 q를 청구합니다.
-k 원래 잔여 번호를 유지
-i 헤더 확인 무시
-t PDBQ 파일을 구문 분석하여 비틀림을 확인한 다음 중지하십시오.
-c < command_file 명령 모드, 파일별
-c | control_program 명령 모드, control_program에 의해
예
데비안에서 /usr/share/doc/autodock 디렉토리는 실행할 예제를 제공합니다. 그것으로 변경
디렉토리로 이동하고 gzip으로 압축된 맵 파일의 압축을 푼 다음(루트로) 표시된 대로 AutoDock을 실행합니다.
아래 :
건집 *.map.gz
autodock4 -p 1pgp.dpf -l /tmp/1pgp.dlg
결과 해석은 AutoDockTools 제품군에 의해 지원됩니다. 점검도 부탁드립니다
온라인으로 제공되는 튜토리얼.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 autodock4 사용