chemtool - 클라우드에서 온라인

프로그램:

이름

chemtool - 화학 구조 편집기

개요

화학 도구 [파일 이름]

기술

화학 도구 유기 분자를 그려 X 비트맵, PNG로 내보내는 프로그램입니다.
PicTeX, Xfig, SVG, SXD, MDL 또는 EPS 파일. GTK를 사용하여 X Window System에서 실행됩니다.
위젯 세트.

이 프로그램은 기본적으로 무제한의 실행 취소/다시 실행, 두 개의 텍스트 글꼴 및 기호, 7개를 제공합니다.
색상, 다양한 확대 배율로 그리기, 그리고 더 쉬운 정사각형 및 육각형 배경 그리드
조정.

사용 예

모든 그리기 및 편집 모드에서 마우스 버튼 1(일반적으로 왼쪽 버튼)은 다음 용도로 사용됩니다.
객체를 표시하거나 그릴 수 있으며, 버튼 3(오른쪽 버튼)은 객체를 삭제하는 데 사용할 수 있습니다.
현재 유형의. 가운데 버튼은 주로 본드 드로잉 모드에서 사용됩니다.
본드타입의 빠른 변경을 허용합니다. 버전 1.5부터 기본 저장소
데이터 파일의 디렉토리와 사용할 파일 이름 확장자는 다음을 통해 저장할 수 있습니다.
구성 대화 상자.

그림 of 채권:
결합은 4가지 각도 설정(30° 간격의 육각형, XNUMX개의
72° 간격의 오각형(다른 방향)과 45° i 팔각형). (중급
이러한 모든 모드에서 각도가 가능합니다. 이 모드에서 마커 포인트는 무시하세요.
케이스).

버튼 막대 중앙의 본드 스타일 선택기는 본드 유형을 결정합니다.
그려진 - 처음에는 단일 결합입니다. 나중에 결합 유형을 변경하려면
다음 유형으로 넘어가려면 마우스 가운데 버튼으로 클릭하거나
선택기에서 적절한 유형을 선택한 다음 bondtype 모드로 전환하여 모두 선택하십시오.
새로운 유형으로 변경하려는 채권입니다. (채권에 사용되는 색상은 다음과 같습니다.
필요한 경우 동시에 업데이트됩니다.) 결합 중에 가운데 마우스 버튼을 누릅니다.
'결합 유형' 모드는 해당 결합의 방향을 반전시킵니다.

세 번째(보통 오른쪽) 마우스 버튼을 사용하면 커서 옆의 결합이 삭제됩니다.
위치.

이용 가능한 채권 유형은 다음과 같습니다.

· 단일 결합

· 이중 결합

· 이중 결합 (반대편에 더 짧은 선)

· 중심 이중 결합

· 삼중 결합 (중앙보다 짧은 측면 선)

· 삼중 결합 (동일한 길이의 선)

· 사중결합

· 쐐기 모양의 채권

· 점선 쐐기 모양의 채권

· 물결선

· 반쪽 화살표

· 일반 화살표

· 넓은 채권

· 원

· 점선

· 겹치는 단일 결합(교차하는 모든 결합에서 세그먼트를 잘라냄)

· 빛 파이 궤도엽

· 다크 파이 궤도엽

반자동 그림 of 반지:
Ctrl 키를 누른 상태에서 그림을 그리면 3~12명의 멤버로 구성된 링을 쉽게 그릴 수 있습니다.
선. 이 선은 자동으로 그려지는 링의 첫 번째 세그먼트가 됩니다.
시계 방향으로. 링의 크기는 선택한 크기에 적합한 크기로 기본 설정됩니다.
그리기 모드(예: 5, 6 또는 8면)이지만 링별로 눌러 설정할 수 있습니다.
컨트롤- 링을 그리기 전에 3~9개의 숫자가 3~9개의 원에 대응합니다.
고리를 선택하고, 0~2는 각각 10원, 11원, 12원 고리를 선택합니다.

새로 그린 고리는 Ctrl 키와 마우스 버튼 3을 동시에 눌러 삭제할 수 있습니다.

그림 of 구부러진 윤곽:
화살표 또는 궤도엽과 같은 객체의 곡선은 스플라인 곡선 모드에서 다음을 통해 그릴 수 있습니다.
경계 다각형을 형성하는 4개의 제어점 지정(시작점, 두 점)
피크의 양쪽, 끝점). 스타일 메뉴에서 사용할 수 있는 일반적인 결합 유형 중에서
'단일선', '반화살표', 화살표 및 '점선'은 일반적인 기능을 유지하는 반면,
'넓은 선' 유형은 채워진 다각형을 나타내는 데 사용됩니다. 제어점은 다음과 같습니다.
에서 볼 수 있음 무브 곡선의 형태를 변경하기 위해 드래그할 수 있는 모드입니다.
그려집니다.

환경 증서 스타일
본드 스타일 모드에서 다이어그램의 본드를 클릭하면 해당 표현이 다음과 같이 변경됩니다.
풀다운 메뉴에서 선택한 유형을 선택하십시오. 타입 버튼을 클릭합니다.

풀다운 메뉴에서 사용 가능한 추가 본드 유형

곡선 화살표

그리기에만 사용할 수 있습니다. 실제로는 곡선 그리기 중 하나에 대한 단축키입니다.
위에서 설명한 기능을 사용하면 두 번째 및 세 번째 제어점이 자동으로
생성됨. 따라서 기존의 어떤 채권 유형으로도 변환할 수 없습니다.

(그러나 다른 곡선 유형으로 변환할 수 있습니다. 예를 들어 유형을 변경하려면
화살촉). 화살표 모양은 일반적으로 화살표를 이동하여 조정해야 합니다.
'이동' 모드에서 옆에 나타나는 제어점입니다.

삽입 본문
텍스트 상자에 작성된 텍스트는 커서를 사용하여 배치할 수 있으며 왼쪽에 나타날 수 있습니다.
도면에서 가운데 ​​또는 오른쪽 정렬. 텍스트 크기와 색상은 고정된 것에서 선택할 수 있습니다.
선택 목록입니다. 하위 첨자와 상위 첨자에 사용할 수 있는 특수 문자가 두 개 있습니다.
다음 문자:

'^'를 눌러 위로 이동합니다(예: N^+)

'_'를 눌러 아래로 이동합니다(예: CH_3)

제어 문자 '|'는 |t-Bu처럼 뒤에 오는 문자를 기울임꼴로 표시하는 데 사용됩니다.

일반적으로 합성 번호 매기기에 사용되는 굵은 글꼴 유형은 앞에 다음을 입력하여 선택할 수 있습니다.
#'이 포함된 문자.

특수 문자 '@'는 표준 X11 기호를 사용하는 기호 모드로 전환됩니다.
글꼴. 모든 알파벳 키는 이 모드에서 해당 그리스 문자를 생성합니다.
표준 Latin1 동등 기호가 이미 있는 경우 다른 여러 기호도 사용할 수 있습니다.
키보드에 매핑됨:

엔 -> 무한대

하이픈 -> 위쪽 화살표

마크롱 -> 아래쪽 화살표

'플러스마이너스' 및 '등록'(상표) 기호는 이미 표준 글꼴에 들어 있습니다.
키보드에서는 일반적으로 사용할 수 없지만 다음 명령을 사용합니다(또는
선언문을 추가하세요 .xmodmaprc )을 통해 사용할 수 있도록 합니다. +
( + ):

xmodmap -e '키심 r = r R 등록됨'
-e '키심 o = o O 엔'
-e '키심 p = p P 플러스마이너스'
-e '키심 u = u U 하이픈'
-e '키심 d = d D 마크론'

(이것은 AltGr-P = 플러스마이너스, AltGr-R = 일반 모드에서 등록됨, AltGr-O =
무한대, AltGr-U = 위쪽 화살표, AltGr-D = 아래쪽 화살표(기호 글꼴).

'점과 십자가' 다이어그램의 경우 기호 글꼴에 대한 다음 매핑은 다음과 같습니다.
유용함: 급성 -> 십자가 (예: 키심 x = x X 급성) 중간 점 -> 채워진 점 (예: 키심
d = d D 주기 중심) (열린 점은 도수 기호 사용).

이온 전하를 나타내는 플러스 및 마이너스 기호의 동그라미 버전은 @+로 제공됩니다.
그리고 @- .

기호를 하위 첨자 또는 상위 첨자로 사용하려는 경우 하위 첨자 또는 상위 첨자를 배치합니다.
@ 문자 앞에 문자(예: K_@a)를 추가합니다.

텍스트 모드에서 마우스 오른쪽 버튼은 커서 위치의 라벨을 삭제합니다. 변경
라벨의 크기, 글꼴 또는 색상은 라벨을 선택한 후 왼쪽 클릭하여 조정할 수 있습니다.
원하는 설정 조합. 그리기 영역 위의 텍스트 입력 상자가 비어 있는 경우,
라벨의 내용을 변경하지 않고 설정만 업데이트합니다. 그렇지 않으면
레이블 텍스트도 바뀝니다. 기존 레이블의 텍스트를 복사하려면
텍스트 입력 상자를 마우스 가운데 버튼으로 클릭하세요.

레이블링 바로 가기
모든 결합 도면 모드에서 원자 기호를 추가하기 위해 여러 키보드 단축키를 사용할 수 있습니다.
그리기 모드를 종료하지 않고도 레이블이 현재 그리기 위치에 배치됩니다.
(마지막으로 그린 ​​선의 끝점 또는 마지막으로 클릭한 지점).

'c', 'h', 'n', 'o', 's', 'p' 및 'r' 키는 해당 대문자 'l'을 삽입합니다.
(소문자 L)은 'Cl'을 삽입하고 '1', '2', '3'은 각각 CH, CH_2 및 CH_3을 삽입합니다.
별표 키(*)는 채워진 원을 삽입합니다.

스페이스바를 한 번 누르면 임의의 레이블을 입력할 수 있으며 레이블은 다음 위치에 배치됩니다.
Return 키를 누르면 현재 위치가 표시됩니다.

그림 전자 쌍
숫자 키패드의 키를 사용하여 짧은 '전자 쌍' 선을 그을 수 있습니다.
원소 기호 - 원소 기호가 중앙의 '5' 키에 있다고 상상해 보면,
각 키는 해당 위치에 적합한 전자 쌍을 그립니다. 함께 사용할 경우
Shift 키를 누르면 선 대신 두 개의 점이 그려집니다. 다시 한 번 점 하나를 삭제하면 됩니다.
홀수의 전자가 필요합니다.

번호 원자
분자의 원자 번호를 빠르게 매기려면 텍스트 모드 중 하나로 전환하고
Control 키를 누르고 왼쪽 마우스 버튼으로 각 원자를 연속으로 선택합니다. 번호 매기기
1부터 시작하며, 마우스 오른쪽 버튼을 클릭하면 언제든지 순서를 재설정할 수 있습니다.
자체 번호 매기기 체계를 사용해야 하는 경우 가운데 버튼을 클릭합니다.
(Control 키를 누르고 있으면) 텍스트 입력 필드에 있는 숫자가 선택됩니다.

중심
분자를 위한 공간이 충분하지 않으면 시트 중앙에 놓을 수 있습니다.
중앙 버튼으로.

내보내기 에 외국의 형식 :
분자를 X 비트맵, PNG 또는 EMF 이미지, 캡슐화된 이미지로 내보낼 수 있습니다.
포스트스크립트 파일, Brian Smith의 입력 파일 그림(1) 프로그램, MDL ver. 2000 molfile
상용 패키지와의 데이터 교환을 위해 XHTML 웹 페이지용 SVG 파일 또는
LaTeX 문서에 직접 포함하기 위한 PicTeX 형식입니다. PicTeX, PNG, EMF 및
Postscript 출력 기능은 다음에 의존합니다. fig2dev81) 프로그램에서 변형하다(1) 패키지
그리고 이 프로그램이 시작 시 감지된 경우에만 사용할 수 있습니다. fig2sxd(1)
프로그램이 설치되면 OpenOffice SXD 형식에 대한 추가 내보내기 옵션을 사용할 수 있습니다.
마찬가지로 (open)babel 프로그램이 설치되어 있으면 추가 Export 메뉴가 제공됩니다.
이 도구가 지원하는 모든 파일 유형에 접근할 수 있게 됩니다.

현재 확대/축소 비율에 따라 다양한 크기로 출력을 생성할 수 있습니다.
Postscript 및 PicTeX 파일도 선택 가능한 임의의 크기로 생성할 수 있습니다.
파일 내보내기 메뉴.

구성 메뉴의 옵션을 호출하도록 설정할 수 있습니다. fig2dev 국제 언어로
이 모드는 대체(Times) 글꼴로 작성된 모든 텍스트를 자동으로 렌더링합니다.
현재 로케일에 적합한 포스트스크립트 글꼴(현재는 크로아티아어, 키릴어)
체코어, 헝가리어, 일본어, 한국어, 폴란드어). fig2dev 자세한 내용은 문서를 참조하십시오.

LaTeX 문서에 PicTeX 파일을 포함하려면 pictex 매크로 패키지가 필요합니다.
사용하는 버전에 따라 'color' 패키지를 로드해야 할 수도 있습니다.
LaTeX 파일의 서문입니다. 'TeX 용량 초과' 오류 메시지가 나타나면,
extra_mem_bot 매개변수를 늘리세요 texmf.cnf 파일(일반적으로
/usr/share/texmf/web2c, /usr/local/texmf or /etc/texmf). Pictex는 특이한 것으로 유명합니다.
(tex 표준에 따라) 메모리 요구 사항 및 표준 설정은 이를 고려하지 않습니다.
(pictex를 사용하는 경우 이것을 변경하세요라는 주석을 찾을 수 있지만 texmf.cnf
파일). extra_mem_bot=400000과 같은 것은 어느 정도 현대적인 것에도 해가 되지 않습니다.
시스템.

인쇄 도면
버전 1.5부터 다이어그램을 Postscript 지원 인쇄 장치(또는
일반적으로 Ghostscript를 실행하는 인쇄 대기열이 가능합니다. 용지 크기,
확대율, 프린터 이름 및 사용할 인쇄 명령(현재는 다음 중 하나) lp(1) lpr(1)
or 케이프린터(1))은 구성 대화 상자에 저장될 수 있습니다.

선택 모든 or 부품 of a 그림 을 통한 변환:
'표시' 버튼을 사용하면 현재 도면의 일부를 쉽게 선택하여 묶을 수 있습니다.
그들에게 '고무줄' 직사각형을 주세요.

직사각형 영역 외부에 있는 원자를 선택 항목에 추가해야 하는 경우 간단히 그리세요.
Ctrl 키를 누른 채로 고무줄을 하나 더 두릅니다.

선택된 부분은 파란색으로 강조 표시되며 즉시 사용할 수 있습니다.

움직이는 마우스를 사용하여 원하는 위치로 조각을 드래그하기만 하면 됩니다.
왼쪽 마우스 버튼을 아래로 누릅니다. (개별 원자만 이동해야 하는 경우 또는
채권의 경우 '이동' 모드에서 표시하지 않고도 간단히 선택하여 끌 수 있습니다.
(먼저)

회전 마우스의 수평 이동은 주변을 부드럽게 회전하는 것으로 변환됩니다.
마우스 버튼을 누를 때 선택된 피벗 포인트

플 리핑 (미러링) 수평 또는 수직 거울 평면을 중심으로 조각을 미러링합니다.
중앙: 이는 적절한 메뉴 버튼을 클릭하여 수행됩니다.

사자 '복사' 메뉴 버튼을 클릭하면 선택한 항목의 정확한 사본이 생성됩니다.
조각은 원본과 약간 오프셋되어 있습니다. 마크는 자동으로
새로운 사본으로 전송됨.

재조정 수평 마우스 움직임은 부드러운 증가 또는 감소로 변환됩니다.
표시된 조각의 크기

삭제 중 표시된 조각을 삭제하려면 세 번째(보통 오른쪽)를 클릭하기만 하면 됩니다.
강조 표시된 후 마우스 버튼을 누릅니다.

프레이밍 프레임 및 브래킷 스타일의 드롭다운 목록에서 아이콘 중 하나를 선택합니다.
예를 들어, 둥근 괄호 한 쌍과 같은 해당 객체를 그립니다.
강조된 부분.

최적화 '양동이와 빗자루' 기호를 클릭하면 제거 기능이 호출됩니다.
도면에서 중복된 결합 및 라벨을 제거하고 곧게 펴줍니다.
거의 수평 또는 수직인 선.

첨가 이전에 저장 수치:
이전에 저장된 chemtool 도면에서 다른 분자를 추가하려면 파일에서 해당 분자를 선택하십시오.
'추가' 버튼을 누르면 나오는 선택 창입니다.
목록에 있는 파일 이름은 선택을 돕기 위해 분자의 작은 미리보기를 표시합니다.
새로 추가된 분자는 자동으로 활성화되어 다시 배치될 수 있습니다.
원하는.

다른 분자의 미리 정의된 위치에 추가하려면 해당 위치를 표시할 수 있습니다.
마커 사각형을 드래그하는 대신 왼쪽 클릭하여 첨부 사이트로 이동하세요. 작은
새로운 부품의 참조 위치에 녹색 점이 나타납니다. 저장하면
이러한 마커 세트가 있는 분자는 차례로 부착 부위를 정의합니다.
다른 도면에 추가됩니다.

첨가 한 of 전에, 사전 정의 템플릿 :
'도구' 메뉴에서 '템플릿'을 선택하면 작은 컬렉션이 있는 두 번째 창이 열립니다.
미리 정의된 구조. 원하는 분자 이미지를 클릭하기만 하면 추가됩니다.
도면. 템플릿 창은 chemtool 세션 내내 열어 둘 수 있습니다.
다른 창에 의해 숨겨져 있는 경우 '템플릿' 메뉴를 선택하여 앞으로 이동할 수 있습니다.
다시 chemtool로.

템플릿 시스템의 데이터는 일반 chemtool 도면과 다음과 같은 점에서만 다릅니다.
프로그램 내부에 저장되며 약간 어색한 형식(x 및 y 좌표)으로 저장됩니다.
소스 파일 templates.h에 별도로 나열되어 있습니다. 이는 다음을 제공하기 위한 것입니다.
모든 사용자가 사용할 수 있는 편리한 기반 세트이지만 개별적으로 확장할 수는 없습니다.
(자신의 구조에 대한 '추가' 기능) 특정 기능이 필요한 경우 알려주십시오.
템플릿에 추가된 분자 - 이름 또는 이상적으로는 일반 chemtool 도면 파일
이것이 우리에게 필요한 전부입니다. (이메일을 보내세요 martin@ruby.chemie.uni-freiburg.de)

가져 오기 외국의 파일 형식 :
Chemtool은 Protein에서 사용하는 PDB 형식과 같은 파일을 가져오기 위한 기능을 제공합니다.
데이터베이스(대부분의 분자 모델링 패키지 포함) 및 독점적인 MDL molfile 형식
ISISdraw에서 사용되고 다른 구조 도면 패키지 및 데이터베이스에서 이해됨
프런트엔드.

둘 다 3D 파일 형식인 반면 chemtool은 2D 투영만 처리합니다.
분자는 처음에 임시 저장소에 읽혀지고 캔버스에 파란색으로 표시됩니다.
이 3D 표현은 마우스를 사용하여 회전할 수 있습니다. Return 키를 누른 후에만
키보드의 키를 누르면 편집할 수 있는 최종 2D 투영으로 변환됩니다.
이러한 3D 가져오기가 진행 중이면 모든 일반적인 그리기 및 편집 기능이 비활성화됩니다.

MDL molfile 가져오기를 사용하면 탄소 원자 라벨이 자동으로 삭제됩니다. PDB의 경우
가져오기, 레이블링의 양은 파일 선택 대화 상자에서 선택할 수 있습니다.
모든 레이블을 유지하거나, 수소가 아닌 원자의 레이블만 유지하거나, 숫자가 아닌 레이블만 유지합니다.
라벨의 일부입니다.

babel 프로그램이 설치되어 있는 경우 - Pat Walters가 작성한 원래 버전 또는
최근의 OpenBabel 노력 - chemtool은 자동으로 메뉴 옵션을 제공합니다.
지원하는 모든 파일 형식에서 가져오기.

결정하기 합 공식 그리고 분자의 중량 :
배포판에는 도우미 프로그램이 포함되어 있습니다. CHT(1), Radek Liboska(프라하)가 계산함
chemtool 도면 파일에서 합산 ​​공식과 (정확한) 분자량을 제공합니다. 또한
현재 구조 또는 다음 구조에 대한 데이터를 계산하기 위해 chemtool 내에서 사용 가능합니다.
그것의 표시된 부분입니다. CHT 중복된 결합으로 인해 오도될 수 있습니다(chemtool은 제거하지 않습니다)
(자동적으로 링 시스템을 융합함으로써 발생할 수 있는 것과 같은) 중첩된 결합 및
'방향족 고리' 기호로 표시되어 있으므로 이를 피하고 타당성을 확인해야 합니다.
가능한 경우 합계 공식을 생성합니다.

그림 기능 지원 가능 이내 켐툴:
일반 선 그리기 기능과 같이 현재 chemtool에서 지원하지 않는 기능의 경우
Brian Smith의 XFig 드로잉 패키지 받기 그림 강력히 추천합니다. 유일한
제공하지 않는 것은 '화학적' 선 유형 및 그리기 각도에 대한 지원입니다.
chemtool이 일종의 동반 프로그램으로 작성된 이유. (아마도 더 많은 것이 있을 것입니다.
시간이 지남에 따라 chemtool에 가장 절실히 필요한 그리기 옵션이 추가되었지만 복제되었습니다.
보다 일반적인 용도의 기능 그림 (별로 의미가 없는 것 같습니다.)

onworks.net 서비스를 사용하여 chemtool을 온라인으로 사용하세요