이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 diffseqe 명령입니다.
프로그램:
이름
diffseq - 두 개의 유사한 시퀀스의 특징을 비교하고 보고합니다.
개요
diffseq -순서 순서 - 시퀀스 순서 -단어 크기 정수
[-글로벌 차이 부울] -아웃파일 신고 -outfeat 위업 -한판 승부 위업
diffseq -도움
기술
diffseq EMBOSS("유럽 분자 생물학 오픈"의 명령줄 프로그램입니다.
소프트웨어 제품군”). 이는 "Alignment:Differences" 명령 그룹의 일부입니다.
옵션
입력 섹션에 있어야 합니다.
-순서 순서
- 시퀀스 순서
필수 섹션에 있어야 합니다.
-단어 크기 정수
두 시퀀스 사이의 유사한 영역은 다음과 같은 해시 테이블을 생성하여 찾습니다.
'wordsize'd 하위 시퀀스. 10이 합리적인 기본값입니다. 이 값을 더 크게(20?)
프로그램 속도가 약간 빨라질 수 있지만
서로의 '단어 크기'는 단일 차이 영역으로 그룹화됩니다. 이 값
근처 차이의 해상도를 향상시키기 위해 더 작게(4?) 만들어질 수 있지만
프로그램이 훨씬 느려질 것입니다. 기본값: 10
추가 섹션에 있어야 합니다.
-글로벌 차이 부울
일반적으로 이 프로그램은 다음과 같은 길이의 동일성 영역을 찾습니다.
지정된 단어 크기 이상을 지정한 다음 두 단어 사이의 차이 영역을 보고합니다.
일치하는 지역입니다. 이것은 잘 작동하며 대부분의 사람들이 원하는 것입니다.
길게 겹치는 핵산 서열을 사용하여 작업합니다. 평소에는 관심이 없으시군요
이 시퀀스의 겹치지 않는 끝 부분에 있습니다. 단백질 서열이 있거나 짧은 경우
그러나 RNA 서열의 맨 끝 부분에 있는 차이점에 관심이 있을 것입니다. 그것
이 옵션을 true로 설정하면 끝 부분의 차이점도 보고됩니다.
기본값: N
산출 섹션에 있어야 합니다.
-아웃파일 신고
-outfeat 위업
첫 번째 시퀀스의 기능 출력용 파일 기본값: $(asequence.name).diffgff
-한판 승부 위업
두 번째 시퀀스의 기능 출력용 파일 기본값: $(bsequence.name).diffgff
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 diffseqe 사용