Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 ecoPCR 명령입니다.
프로그램:
이름
ecoPCR - 주어진 프라이머로 서열 및 분류법 혼성화 검색
개요
에코 PCR [옵션] <뉴클레오티드 패턴>
기술
ecoPCR은 LECA와 Helix-Project에서 개발한 전자 PCR 소프트웨어입니다. 그것은 도움이
바코드 프라이머 품질을 추정합니다.
옵션
-a : Tm 계산을 위한 M 단위의 염 농도(기본값 0.05M)
-c : 데이터베이스 시퀀스가 원형임을 고려하십시오.
-d : [D]atabase : 예상 형식과 일치시키기 위해 데이터베이스
먼저 형식을 지정해야 합니다. 에코PCR포맷(1) 프로그램. 에코PCR포맷(1) 생성
세 가지 파일 형식:
.sdx : 시퀀스 포함
.tdx : 분류법에 관한 정보를 포함합니다.
.rdx : 분류 순위를 포함합니다.
ecoPCR에는 모든 파일 형식이 필요합니다. 결과적으로 데이터베이스를 급진적으로 작성해야 합니다.
연장 없이. 예를 들어 /ecoPCRDB/gbmam
-D : in silico 각 면에 지정된 수의 뉴클레오티드 유지
증폭된 서열(증폭된 DNA 단편과 XNUMX개의 표적 포함)
프라이머의 서열).
-e : [E]rror : 올리고뉴클레오티드가 허용하는 최대 오류(기본값은 0)
-h : [도움말]도움말 - 인쇄 돕다
-i : [I]주어진 분류 ID를 무시합니다.
분류 ID는 ecofind 프로그램을 사용하여 사용할 수 있습니다. 도움말 입력 ecofind 참조
-h
-k : [K]ingdom mode : 왕국 모드 설정
기본적으로 슈퍼 킹덤 모드.
-l : 최소 [L]ength : 최소 증폭 길이를 정의합니다.
-L : maximum [L]ength : 최대 amplicationlength를 정의합니다.
-m : Tm 계산을 위한 소금 보정 방법(SANTALUCIA : 1
또는 OWCZARZY:2, 기본값=1)
-r : [R]주어진 분류 ID로 검색을 제한합니다.
분류 ID는 ecofind 프로그램을 사용하여 사용할 수 있습니다. 도움말 입력 ecofind 참조
-h
첫 번째 인수: 직접 가닥용 올리고뉴클레오티드
두 번째 인수: 역가닥용 올리고뉴클레오티드
테이블 결과 설명:
열 1: 수탁 번호
열 2: 시퀀스 길이
열 3: 분류학적 id
열 4: 순위
열 5: 종 분류학 id
열 6: 학명
열 7: 속 분류학 id
열 8: 속 이름
열 9: 가족 분류 ID
열 10: 성
열 11: 슈퍼 왕국 분류학 id
열 12: 슈퍼 왕국 이름
열 13: 가닥(직접 또는 역방향)
컬럼 14: 제XNUMX 올리고뉴클레오타이드
열 15: 첫 번째 가닥의 오류 수
열 16: 이 부위에서 프라이머 1의 혼성화에 대한 Tm
컬럼 17: 제XNUMX 올리고뉴클레오타이드
열 18: 두 번째 가닥의 오류 수
열 19: 이 부위에서 프라이머 1의 혼성화에 대한 Tm
열 20: 증폭 길이
열 21: 시퀀스
열 22: 정의
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 ecoPCR 사용