이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 gmx-helix 명령입니다.
프로그램:
이름
gmx-helix - 알파 나선의 기본 속성 계산
개요
gmx 나선 [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-cz [<.gro/.g96/...>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[지금] [-r0 ] [-[아니요]q] [-[아니오]F]
[-[아니요]db] [-[아니요]ev] [-ahxstart ] [-ahxend ]
기술
gmx 나선 모든 종류의 나선 속성을 계산합니다. 먼저 펩타이드를 확인하여
수소 결합과 phi/psi 각도에 의해 결정되는 가장 긴 나선형 부분. 그 비트는
주변의 이상적인 나선에 장착 z-축이고 원점을 중심으로 합니다. 그런 다음
다음 속성이 계산됩니다.
· 헬릭스 반경(파일 반경.xvg). 이것은 단지 XNUMX차원의 RMS 편차일 뿐입니다.
모든 Calpha 원자에 대해. sqrt((sum_i (x^2(i)+y^2(i)))/N)으로 계산되며 여기서 N은
백본 원자의 수. 이상적인 나선의 경우 반지름은 0.23nm입니다.
· 트위스트(파일 트위스트.xvg). 잔류물당 평균 나선각이 계산됩니다. 에 대한
알파 나선 100도, 3-10 나선의 경우 더 작아지고 5 나선의 경우
그것은 더 클 것입니다.
· 잔류물당 증가(파일 상승.xvg). 잔류물당 나선형 상승은 다음과 같이 표시됩니다.
차이 z-칼파 원자 사이의 좌표. 이상적인 나선의 경우 0.15nm입니다.
· 전체 나선 길이(파일 len-ahx.xvg). 나선의 총 길이(nm). 이것은
단순히 평균 상승(위 참조)에 나선 잔기의 수(아래 참조)를 곱한 것입니다.
· 나선 쌍극자, 백본 전용(파일 딥-ahx.xvg).
· Calpha 원자에 대해서만 계산된 이상적인 나선에서 RMS 편차(파일
rms-ahx.xvg).
· Average Calpha - Calpha XNUMX면체 각도(파일 phi-ahx.xvg).
· 평균 phi 및 psi 각도(파일 phipsi.xvg).
· Hirst 및 Brooks에 따른 222nm에서의 타원율.
옵션
입력 파일을 지정하는 옵션:
-s [<.tpr>] (토폴.tpr)
휴대용 xdr 실행 입력 파일
-n [<.ndx>] (인덱스.ndx)
색인 파일
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
궤적: xtc trr CPT 그루터기 g96 pdb TNG
출력 파일을 지정하는 옵션:
-cz [<.gro/.g96/...>] (zconf.gro)
구조 파일: 그루터기 g96 pdb BRK ENT ESP
기타 옵션 :
-b (0)
궤적에서 읽을 첫 번째 프레임(ps)
-e (0)
궤적에서 읽을 마지막 프레임(ps)
-dt (0)
t MOD dt = 처음(ps)일 때만 프레임 사용
-[지금 (아니)
출력 보기 .xvg, .xpm, .주당 순 이익 및 .pdb 파일
-r0 (1)
시퀀스의 첫 번째 잔기 번호
-[아니요]q (아니)
시퀀스의 어느 부분이 나선형인지 모든 단계에서 확인하십시오.
-[아니오]F (예)
완벽한 나선에 맞춤 전환
-[아니요]db (아니)
인쇄 디버그 정보
-[아니요]ev (아니)
ED에 대한 새 '궤적' 파일 작성
-ahxstart (0)
나선의 첫 번째 잔류물
-ahxend (0)
나선의 마지막 잔류물
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 gmx-helix 사용