Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 gmx-make_ndx 명령입니다.
프로그램:
이름
gmx-make_ndx - 색인 파일 만들기
개요
gmx make_ndx [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx> [...]]] [-o [<.ndx>]]
[-나톰 ] [-쌍둥이]
기술
인덱스 그룹은 거의 모든 GROMACS 프로그램에 필요합니다. 이 모든 프로그램은
기본 인덱스 그룹을 생성합니다. 당신은 만 사용해야합니다 gmx make_ndx SPECIAL이 필요할 때
인덱스 그룹. 전체 시스템에 대한 기본 인덱스 그룹, 9개의 기본 인덱스 그룹이 있습니다.
단백질의 경우 다른 모든 잔기 이름에 대해 기본 인덱스 그룹이 생성됩니다.
인덱스 파일이 제공되지 않은 경우에도 gmx make_ndx 기본 그룹을 생성합니다. 와 함께
원자, 잔기 및 체인 이름과 번호에서 선택할 수 있는 인덱스 편집기. 실행할 때
입력 파일이 제공되며 원자 유형을 선택할 수도 있습니다. NOT, AND 및 OR를 사용할 수 있습니다.
그룹을 사슬, 잔기 또는 원자로 나눌 수 있습니다. 그룹을 삭제하고 이름을 바꿀 수 있습니다.
편집기와 색인 파일의 원자 번호는 1부터 시작합니다.
XNUMXD덴탈의 -쌍 스위치는 오프셋이 있는 모든 인덱스 그룹을 복제합니다. -나톰, 유용한
전산 전기생리학 이중층 막 설정용.
옵션
입력 파일을 지정하는 옵션:
-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (선택 사항)
구조 파일: 그루터기 g96 pdb BRK ENT ESP tpr
-n [<.ndx> [...]] (인덱스.ndx) (선택 사항)
색인 파일
출력 파일을 지정하는 옵션:
-o [<.ndx>] (인덱스.ndx)
색인 파일
기타 옵션 :
-나톰 (0)
원자 수 설정(기본값: 좌표 또는 인덱스 파일에서 읽기)
-쌍둥이 (아니)
오프셋이 -natoms인 모든 인덱스 그룹 복제
onworks.net 서비스를 사용하여 gmx-make_ndx 온라인 사용