gmx-x2top - 클라우드 온라인

프로그램:

이름

gmx-x2top - 좌표에서 기본 토폴로지 생성

개요

gmx x2top [-f [<.gro/.g96/...>]] [-o [<.톱>]] [-r [<.rtp>]]
[-ff ] [-[아니요]v] [-nexcl ] [-[없음]H14]
[-[아니]알디] [-[아니요]렘디] [-[no]쌍] [-이름 ]
[-[아니오]pbc] [-[아니요]pdbq] [-[no]매개변수] [-[아니오]라운드]
[-kb ] [-kt ] [-kp ]

기술

gmx x2top 좌표 파일에서 기본 토폴로지를 생성합니다. 프로그램은 모든
수소는 원자 이름과 수로부터 혼성화를 정의할 때 존재합니다.
채권. 이 프로그램은 또한 .rtp 다음 항목에 추가할 수 있습니다. .rtp
데이터 베이스.

인셀덤 공식 판매점인 -파라미터 가 설정되면 평형 거리와 각도 및 힘 상수가 인쇄됩니다.
모든 상호 작용에 대한 토폴로지에서. 평형 거리와 각도는
입력 좌표, 힘 상수는 명령줄 옵션으로 설정됩니다. 힘
현재 지원되는 필드는 다음과 같습니다.

G53a5 GROMOS96 53a5 Forcefield (공식 배포판)

oplsaa OPLS-AA/L all-atom force field(2001 아미노산 이면체)

해당 데이터 파일은 이름이 있는 라이브러리 디렉토리에서 찾을 수 있습니다.
원자 이름2유형.n2t. 파일 형식에 대한 자세한 내용은 설명서의 5장을 확인하십시오.
기본적으로 힘 필드 선택은 대화형이지만 다음을 사용할 수 있습니다. -ff ~에 대한 옵션
대신 명령줄에서 위의 짧은 이름 중 하나를 지정하십시오. 그 경우 gmx x2top
해당 파일을 찾습니다.

옵션

입력 파일을 지정하는 옵션:

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
구조 파일: 그루터기 g96 pdb BRK ENT ESP tpr

출력 파일을 지정하는 옵션:

-o [<.톱>] (아웃.탑) (선택 사항)
토폴로지 파일

-r [<.rtp>] (out.rtp) (선택 사항)
pdb2gmx에서 사용하는 잔류물 유형 파일

기타 옵션 :

-ff (오플사)
시뮬레이션을 위한 역장. 대화식 선택을 위해 "select"를 입력하십시오.

-[아니요]v (아니)
최상위 파일에서 자세한 정보 출력을 생성합니다.

-nexcl (3)
제외 수

-[없음]H14 (예)
수소 원자에 대해 3차 이웃 상호 작용 사용

-[아니]알디 (아니)
모든 적절한 XNUMX면체 생성

-[아니요]렘디 (아니)
부적절한 것과 동일한 본드에서 XNUMX면체를 제거합니다.

-[no]쌍 (예)
토폴로지 파일에서 1-4개의 상호 작용(쌍) 출력

-이름 (빙)
분자 이름

-[아니오]pbc (예)
주기적 경계 조건을 사용합니다.

-[아니요]pdbq (아니)
제공되는 B-factor를 사용하십시오. .pdb 원자 요금에 대한 파일

-[no]매개변수 (예)
출력에 매개변수 인쇄

-[아니오]라운드 (예)
측정값 반올림

-kb (400000)
접착력 상수(kJ/mol/nm^2)

-kt (400)
각력 상수(kJ/mol/rad^2)

-kp (5)
이면각 힘 상수(kJ/mol/rad^2)

KNOWN 문제점

· 원자 유형 선택은 원시적입니다. 화학적 지식이 거의 사용되지 않음

· 주기적인 경계 조건으로 인해 본딩이 망가짐

· 부적절한 XNUMX면체가 생성되지 않음

· 원자 유형 변환 테이블에 대한 원자가 불완전합니다(원자 이름2유형.n2t 에 파일을
데이터 디렉토리). 기간을 연장하고 결과를 GROMACS 직원에게 다시 보내주십시오.

onworks.net 서비스를 사용하여 gmx-x2top 온라인 사용