Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 kraken 명령입니다.
프로그램:
이름
kraken - 짧은 DNA 서열에 분류학적 라벨 지정
개요
크라켄 [옵션]
옵션
--db 이름
Kraken DB의 이름(기본값: 없음)
--스레드 NUM
스레드 수(기본값: 1)
--fasta-입력
입력은 FASTA 형식입니다.
--fastq-입력
입력은 FASTQ 형식입니다.
--gzip 압축
입력은 gzip 압축
--bzip2-압축
입력은 bzip2 압축
--빠른
빠른 조작 (첫 번째 히트 또는 히트 사용)
--최소 조회수 NUM
빠른 작업에서 분류에 필요한 히트 수 참고: 다음과 같은 경우 무시됩니다.
--빠른 지정되지 않음
--분류되지 않음 파일 이름
분류되지 않은 시퀀스를 파일 이름으로 인쇄
--분류 파일 이름
분류된 시퀀스를 파일 이름으로 인쇄
--산출 파일 이름
출력을 파일 이름으로 인쇄(기본값: stdout); "-"는 정상 출력을 억제합니다.
--만 분류된 출력
분류되지 않은 시퀀스에 대해 Kraken 출력을 인쇄하지 않음
--사전 로드
분류 전에 DB를 메모리에 로드
--페어링됨
제공된 두 파일 이름은 쌍방향 읽기입니다.
--체크 이름
각 읽기 쌍의 이름이 서로 일치하는지 확인하십시오. 다음과 같은 경우 무시
--페어링됨 지정되지 않음
--도움 이 메시지 인쇄
--번역
버전 정보 인쇄
*-input 또는 *-compressed 플래그가 지정되지 않고 파일이 일반
파일, 자동 형식 감지가 시도됩니다.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 크라켄 사용