이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 macs2_bdgpeakcall 명령입니다.
프로그램:
이름
macs2_bdgpeakcall - ChIP 시퀀싱을 위한 모델 기반 분석
기술
사용법: macs2 bdgpeakcall [-h] -i IFILE [-c 컷오프] [-l MINLEN] [-g MAXGAP]
[--컷오프-분석] [--트랙라인 없음]
[--outdir OUTDIR] (-o 오파일 | --o-접두사 O프리픽스)
optional 인수 :
-h, --도움
이 도움말 메시지를 표시하고 종료
-i 아이파일, --ifile 아이파일
bedGraph의 MACS 점수. 필수의
-c 끊다, --끊다 끊다
컷오프는 점수 추적에 사용한 방법에 따라 다릅니다. 파일에 다음이 포함된 경우
MACS2의 pvalue 점수, 점수 5는 pvalue 1e-5를 의미합니다. 기본값: 5
-l 민렌, --최소 길이 민렌
피크의 최소 길이는 d 값으로 설정하는 것이 좋습니다. 기본값: 200
-g 맥스갭, --최대 간격 MAXGAP
피크의 중요한 지점 사이의 최대 간격을 태그 크기로 설정하는 것이 좋습니다.
기본값: 30
--컷오프 분석
설정된 동안 bdgpeakcall은 가능한 피크 수 또는 총 길이를 분석합니다.
다른 컷오프로 호출한 다음 사용자가 더 나은 결정을 내리는 데 도움이 되는 요약 테이블을 출력합니다.
끊다. minlen 및 maxgap이 결과에 영향을 미칠 수 있습니다. 기본값: 거짓
--트랙라인 없음
MACS에 bedGraph 파일에 트랙라인을 포함하지 않도록 지시합니다. 트랙라인은 필수입니다
UCSC에 의해.
--outdir 아웃디어
지정하면 모든 출력 파일이 해당 디렉토리에 기록됩니다. 기본값:
현재 작업 디렉토리
-o 파일, --offile 파일
출력 파일 이름. 와 상호 배타적 --o-접두사.
--o-접두사 접두사
출력 파일 접두사. 와 상호 배타적 -o/--파일.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 macs2_bdgpeakcall을 사용하세요.