이는 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공자에서 실행할 수 있는 명령 obprobe입니다.
프로그램:
이름
조사하다 — 정전기 프로브 그리드 생성
개요
조사하다 [옵션] 유형 피씨지 파일 이름
기술
Obprobe 도구는 분자 주위에 그리드를 생성하여 지정된 위치에 프로브 원자를 배치합니다.
각 지점의 원자 유형과 부분 전하를 계산하여 MMFF94 에너지를 계산할 수 있습니다. 이는
수소 결합 친화력, 정전기 퍼텐셜 등을 테스트하기 위한 도킹 실험에 사용됨
출력은 가우시안 큐브 형식을 사용하여 표준 출력으로 전송됩니다.
옵션
파일 이름이 주어지지 않으면 obprobe는 예제 프로브를 포함한 모든 옵션을 제공합니다.
-s 크기
그리드의 해상도(stepsize)를 설정합니다.
-p 메워 넣기
패딩을 설정합니다. 분자가 형성하는 상자의 각 면에 대한 추가 거리입니다.
유형 MMFF94 원자 유형
피씨지 MMFF94 부분 충전
사용 예
카르보닐 산소(수소 결합 수용체)를 사용하여 파일 pyridines.sdf를 조사합니다.
부분 전하 -0.57:
오브프로브 7 -0.57 피리딘.sdf
페닐 탄소 원자(소수성 원자)를 사용하여 파일 pyridines.sdf를 조사합니다.
부분 요금:
오브프로브 37 0.0 피리딘.sdf
onworks.net 서비스를 사용하여 obprobe를 온라인으로 사용하세요