이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 명령 입문서입니다.
프로그램:
이름
primers - PCR 프라이머를 선택하는 간단한 버전의 primer3
개요
프라이머 -순서 시퀄 [-대상 지역 범위] [-최소화 정수] [-최대 크기 정수]
[-maxdifftm 뜨다] [-explain플래그 부울] [-반환 횟수 정수] -아웃파일 아웃파일
프라이머 -도움
기술
프라이머 EMBOSS("유럽 분자 생물학 오픈"의 명령줄 프로그램입니다.
소프트웨어 제품군”). "Nucleic:Primers" 명령 그룹의 일부입니다.
옵션
입력 섹션에 있어야 합니다.
-순서 시퀄
프라이머를 선택할 시퀀스입니다. 순서는 5' -> 3'로 제시되어야 합니다.
추가 섹션에 있어야 합니다.
-대상 지역 범위
하나 이상의 표적이 지정된 경우 적법한 프라이머 쌍은 적어도 하나의 측면에 있어야 합니다.
그들의. 대상은 단순 시퀀스 반복 사이트(예: CA 반복)이거나
단일 염기쌍 다형성. 값은 공백으로 구분된 목록이어야 합니다.
, 여기서 쌍 타겟의 XNUMX루의 인덱스이고,
마지막 Eg 50,51은 위치 2에서 50개의 염기를 둘러싸는 프라이머가 필요합니다.
및 51.
-최소화 정수
프라이머의 최소 허용 길이. 0보다 크고 작거나 같아야 합니다.
최대 크기로. 기본값: 18
-최대 크기 정수
프라이머의 최대 허용 길이(염기). 현재 이 매개변수는
35보다 큽니다. 이 제한은 Primer3의 최대 올리고 크기에 의해 결정됩니다.
용융 온도가 유효합니다. 기본값: 27
-maxdifftm 뜨다
용융 온도 사이의 최대 허용(부호 없음) 차이
순방향 및 역방향 프라이머. 기본값: 100.0
산출 섹션에 있어야 합니다.
-explain플래그 부울
이 플래그가 0이 아닌 경우 LEFT-EXPLAIN 및 RIGHT-EXPLAIN 출력을 생성합니다.
Primer3가 검사한 프라이머 쌍의 수에 대한 정보를 제공하기 위한 것입니다.
다양한 이유로 폐기된 숫자에 대한 통계. 기본값: N
-반환 횟수 정수
반환할 프라이머 쌍의 최대 수입니다. 반환된 프라이머 쌍은 다음으로 정렬됩니다.
그들의 '품질', 즉 목적 함수의 값(더 낮은
숫자는 더 나은 프라이머 쌍을 나타냅니다). 주의: 이 매개변수를 크게 설정하면
값은 실행 시간을 증가시킵니다. 기본값: 5
-아웃파일 아웃파일
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 primerse 사용