이는 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 proteinortho5 명령입니다.
프로그램:
이름
proteinortho5 - orthology 감지 도구
개요
프로틴오르토5 [옵션] 파스타1 파스타2 [파스타...]
기술
Proteinortho는 대규모 데이터 세트에 적합하고 다음을 사용하는 독립 실행형 도구입니다.
멀티 코어 하드웨어에서 실행될 때 분산 컴퓨팅 기술. 그것은 구현
상호 최적 정렬 휴리스틱의 확장 버전입니다. Proteinortho가 적용되었습니다.
사용 가능한 모든 717개의 진정세균 게놈의 전체 세트에서 직교 단백질을 계산합니다.
2009년 초에 NCBI에서. 저자는
모든 박테리아 프로테옴의 99%.
옵션
-e= 폭발에 대한 E-값[기본값: 1e-05]
-p= 폭발 프로그램 {blastn|blastp|blastn+|blastp+} [기본값: blastp+]
-프로젝트=
모든 결과 파일 이름의 접두사 [기본값: myproject]
-신테니
PoFF 확장을 활성화하여 상황에 맞는 인접성으로 유사한 시퀀스를 분리합니다.
(각 .fasta에 대해 .gff 필요)
-dup= PoFF: 중복 여부를 결정하기 위한 휴리스틱 인접성 반복 횟수
지역(기본값: 0)
-cs= PoFF: 인접 일치를 위한 최대 공통 하위 문자열(MCS)의 크기(기본값: 3)
-알파=
PoFF: 인접 항목의 가중치 대 시퀀스 유사성(기본값: 0.5)
-설명 설명 파일 쓰기(NCBI FASTA 입력 전용)
-유지하다 재사용을 위해 임시 폭발 결과 저장
-힘 어떤 경우에도 폭발 결과 강제 재계산
-cpus= 사용할 프로세서 수 [default: auto]
-자기 폭발
selfblast 적용, ortholog 없이 paralog 감지
-싱글
적중 없이 싱글톤 유전자 보고
-정체성=
최소 최고의 폭발 명중률 동일성 [기본값: 25]
-cov= 최소 최상의 폭발 정렬 적용 범위(%)[기본값: 50]
-콘= 최소 대수적 연결성 [디폴트: 0.1]
-심= 최소 추가 조회에 대한 유사도(0..1) [기본값: 0.95]
-단계= 1 -> 인덱스 생성 2 -> 폭발 실행(및 ff-adj, if -신테니 설정됨) 3 ->
클러스터링 0 -> 모두(기본값)
-블라스트 경로=
로컬 폭발 경로(전역적으로 설치되지 않은 경우)
-말 수가 많은
진행 상황에 대해 계속 알려줍니다.
-깨끗한 처리 후 불필요한 파일을 모두 제거
-그래프 .graph 파일 생성(쌍별 직교 관계)
-디버그 버그 추적에 대한 자세한 정보 제공
보다 구체적인 폭발 매개변수는 다음과 같이 정의할 수 있습니다.
-폭파 매개변수='[매개변수]'(예: -폭파 매개변수='-세그 아니오')
작업을 여러 시스템에 분산해야 하는 경우 다음을 사용하십시오.
-시작= 시작할 파일 번호(기본값: 0)
-스톱= 끝나는 파일 번호(기본값: -1)
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 proteinortho5 사용