pymol - 클라우드 온라인

프로그램:

이름

pymol - 자유롭고 유연한 분자 그래픽 및 모델링 패키지

개요

피몰 [옵션] [파일]

기술

수년에 걸쳐 PyMOL은 애니메이션을 지원하는 유능한 분자 뷰어가 되었습니다.
고품질 렌더링, 결정학 및 기타 일반적인 분자 그래픽 활동.
그것은 전 세계에 흩어져 있는 수백 명의 (아마도 수천 명의) 과학자들에 의해 채택되었습니다.
XNUMX개국. 그러나 PyMOL은 개발과 함께 여전히 진행 중인 작업입니다.
앞으로 몇 년 동안 계속 될 것으로 예상됩니다.

옵션

현재 지원되는 옵션은 다음과 같습니다.

-2 투 버튼 마우스 모드에서 시작합니다.

-c 명령줄 모드, GUI 없음. 배치 작업의 경우.

-d 현
시작 시 pymol 명령 문자열을 실행합니다.

-e 전체 화면 모드에서 시작합니다.

-f #선
OpenGL에서 명령 및 피드백 표시를 제어합니다(0=오프).

-g 파일.png
PNG 파일 작성(이전 인수 평가 후)

-i 내부 OpenGL GUI 비활성화(개체 목록, 메뉴 등)

-l 파일.py
새 스레드에서 Python 프로그램을 생성합니다.

-o 세션 파일에 대한 보안 보호를 비활성화합니다.

-p 표준 입력에서 명령을 수신합니다.

-q 조용한 발사. 스플래시 화면 및 기타 잡담을 억제합니다.

-r 파일.py
Python 프로그램을 실행합니다(in __본관__) 시작에.

-s 스크립트
이 PyMOL 스크립트 또는 프로그램 파일에 명령을 저장합니다.

-t Tcl/Tk 기반 외부 GUI 모듈 사용(pmg_tk).

-u 스크립트
이 PyMOL 스크립트 또는 프로그램 파일을 로드하고 추가합니다.

-x 외부 GUI 모듈을 비활성화합니다.

-B 파란색 라인 스테레오 신호 활성화(Mac 스테레오용)

-G 게임 모드에서 시작합니다.

-M 하드웨어 스테레오가 있는 경우에도 강제 모노입니다.

-R Greg Landrum의 XMLRPC 수신기를 시작합니다.

-S 가능한 경우 스테레오로 강제 실행합니다.

-X INT -Y INT -W INT -H INT -V INT
창 형상을 조정합니다.

All 파일 제공된 파일은 PyMOL이 시작된 후 로드되거나 실행됩니다. 그들은 다음 중 하나를 가질 수 있습니다.
다음 확장:

시작 시 실행할 .pml PyMOL 명령 스크립트
.py[cm] 시작 시 실행할 Python 프로그램
시작 시 로드되는 .pdb Protein Data Bank 형식 파일
.mmod 시작 시 로드되는 Macromodel 형식
.mol MDL 시작 시 로드되는 MOL 파일
시작 시 구문 분석 및 로드되는 .sdf MDL SD 파일
시작 시 로드되는 .xplor X-PLOR 맵 파일(ASCII)
.ccp4 시작 시 로드되는 CCP4 맵 파일(BINARY)
.cc[12] ChemDraw 3D 데카르트 좌표 파일
.pkl 절인 ChemPy 모델(클래스 "chempy.model.인덱스됨")
.r3d 래스터3D 파일
.cex CEX 파일(은유)
.top AMBER 토폴로지 파일
.crd AMBER 좌표 파일
.rst AMBER 재시작 파일
.trj AMBER 궤적
.pse PyMOL 세션 파일
.phi Delphi/Grasp 정전기 전위 맵

옵션 목록을 보려면 명령줄에 다음을 입력할 수도 있습니다. 피몰:

도움 진수

명령

다음에서 PyMols 온라인 설명서를 참조하십시오.
http://www.pymolwiki.org/index.php/Category: 명령 또는 명령에 대한 내부 도움말
참고.

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 pymol 사용