raster3d - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

Raster3D - 분자 그래픽 패키지

개요

The 래스터3D 분자 그래픽 패키지는 핵심 프로그램으로 구성됩니다. 주다 다수의
보조 프로그램(불알, 라스텝, 막대) PDB에서 렌더링을 위한 입력 파일을 생성합니다.
(Protein Data Bank) 원자 좌표의 파일. 래스터3D 구성된 이미지를 렌더링할 수도 있습니다.
다음과 같은 다른 프로그램을 사용하여 몰스크립트 [Per Kraulis(1991), J. Appl. 크리스탈. 24, 946-950].

래스터3D 자유롭게 사용할 수 있습니다. 패키지를 사용하여 출판용 그림을 준비하는 경우,
저자에게 적절한 신용을 제공하십시오. 현재 버전에 대한 적절한 인용은 다음과 같습니다.
Merritt & Bacon (1997).

베이컨 & 앤더슨(1988) J. Molec. 그래픽 6, 219-220.
Merritt & Murphy (1994) Acta Cryst. D50, 869-873.
Merritt & Bacon (1997) Meth. 효소. 277, 505-524.

기술

래스터3D 고속 Z 버퍼 알고리즘을 사용하여 하나의 특징을 갖는 고품질 픽셀 이미지를 생성합니다.
그림자 광원, 추가 비 그림자 광원, 반사 강조 표시,
투명도 및 Phong 음영 처리된 표면. 출력은 24개의 픽셀 이미지 형식입니다.
픽셀당 색상 정보 비트. 래스터3D 그래픽 하드웨어에 의존하지 않습니다.

지원되는 이미지 출력 형식은 AVS, JPEG, PNG, TIFF 및 SGI libimage입니다.
생성된 이미지를 실제로 보거나 조작하려면 이미지도 설치해야 합니다.
보기 패키지(예: John Cristy의 ImageMagick 또는 SGI libimage 유틸리티). 필터
유틸리티 avs2ps AVS 형식의 출력 스트림을 변환할 수 있는 패키지에 포함되어 있습니다.
디더링된 흑백 포스트스크립트 이미지에 직접.

Raster3D가 범용 광선 추적 패키지로 의도된 것은 아니지만
렌더링 프로세스는 분자 그래픽에만 해당됩니다.

사용 예

Raster3D 배포판에 포함된 프로그램만 사용하여 공간을 만들고 렌더링할 수 있습니다.
채우기 모델, 볼 앤 스틱 모델, 리본 모델 및 모든 구성 요소
이들의 조합. 다음 명령 세트는 다음의 합성 그림을 생성합니다.
부드럽게 음영 처리 된 리본 표현이있는 Fe 함유 금속 단백질
Fe 원자에 대해 그려진 단백질 및 구체:

#
# 기본 색 구성표 2로 부드러운 리본을 그립니다.
# Ribbon.r3d에 설명(헤더 레코드 포함)을 저장합니다.
#
고양이 protein.pdb | 리본 -d2 > 리본.r3d
#
# Fe 원자만 추출하고 구로 그립니다.
# 색상 정보는 colorfile에서 가져옵니다.
# irons.r3d에 설명 저장(헤더 레코드 없음)
#
grep "FE" protein.pdb | 고양이 컬러 파일 - | 공 -h > irons.r3d
#
# 두 설명을 결합하여 PNG 이미지로 렌더링
#
고양이 ribbon.r3d irons.r3d | 렌더링 > picture.png

MOLSCRIPT/Raster3D/ImageMagick의 통합 사용으로 설명, 렌더링 및 보기 가능
기존 MOLSCRIPT 피규어의 3D 표현:

molscript -r infile.dat | 렌더링 | png 표시:-

SOURCE

웹 URL :
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html

연락처 :
에단 에이 메리트
워싱턴 대학교, 시애틀 WA 98195
merritt@u.washington.edu

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