Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 xplor2gmx 명령입니다.
프로그램:
이름
xplor2gmx - XPLOR 거리 제한을 Gromacs 형식으로 변환합니다.
개요
xplor2gmx (잔여물 오프셋) 입력.pdb
기술
xplor2gmx 때때로 발견되는 거리 제한 데이터가 있는 XPLOR 입력 파일을 읽습니다.
pdb 데이터베이스(http://www.pdb.org). 이 입력 파일에서 XNUMX면체 제한은 다음과 같아야 합니다.
제거되어 거리 제한만 남습니다. 스크립트는 모호한 내용을 처리할 수 있습니다.
구속. 거리 제한을 GROMACS 형식으로 변환합니다.
STDIN에는 제한 파일(.dat)이 제공되어야 하며, 적합한 출력 파일(.itp)은 다음과 같습니다.
STDOUT으로 전송됩니다.
사용 예
xplor2gmx.pl 33 conf.pdb < 제한.dat > disre.itp
옵션
xplor2gmx 두 가지 명령줄 옵션이 필요합니다. 첫 번째는 잔여 오프셋(정수)입니다. 두번째,
.pdb 파일 이름. pdb 파일에는 올바른 원자 번호가 있어야 합니다.
onworks.net 서비스를 사용하여 xplor2gmx 온라인 사용