UniPyRangeSuite.py로 최신 릴리스를 다운로드할 수 있는 Linux 온라인에서 실행되는 UniPyRange라는 Linux 앱입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
UniPyRange라는 이 앱을 온라인으로 다운로드하여 실행하면 OnWorks와 함께 Linux 온라인에서 무료로 실행할 수 있습니다.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
스크린샷:
Linux 온라인에서 실행되는 UniPyRange
설명 :
Uniprot 및 NCBI RefSeq 데이터베이스(1, 2)의 fasta 파일에서 아미노산/DNA 염기를 계산하는 수고를 덜어주는 매우 간단한 파이썬 스크립트.128개 아미노산 단백질에서 387-1000 범위의 아미노산 서열을 원한다고 가정해 보겠습니다. 이 스크립트는 아미노산 및 코딩 DNA 염기쌍(증폭 프라이머 디자인에 이상적)의 지정된 서열을 보여줌으로써 계산 실수를 피하는 데 도움이 됩니다 ) 지정된 Uniprot ID.
- BioPython(3) 및 Bioservices 패키지(4) 필요
(1)
UniProt 컨소시엄
UniProt: 단백질 정보 허브
핵산 해상도 43: D204-D212(2015).
(2)
RefSeq: 포유류 참조 서열에 대한 업데이트. 핵산 해상도 2014년 1월 42일;1(756):D63-XNUMX.
(3)
Cock PJ et al. 생물정보학(2009)
(4)
Cokelaer et al, 생물정보학(2013)
프로그래밍 언어
Python
이것은 https://sourceforge.net/projects/unipyrange/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 우리의 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.