autogrid4 - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

autogrid - ການກະກຽມທາດໂປຼຕີນແລະ ligand ສໍາລັບການວິເຄາະ AutoDock

ສະຫຼຸບສັງລວມ

autogrid4 [ທາງເລືອກໃນການ] -p gridparameterfile

ລາຍລະອຽດ

Autogrid ກະກຽມການເປັນຕົວແທນຕາຂ່າຍໄຟຟ້າ 3 ມິຕິຂອງພະລັງງານປະຕິສໍາພັນທີ່ບໍ່ແມ່ນ covalent ທີ່
ປະເພດອະຕອມ ligand ທີ່ລະບຸໂດຍຜູ້ໃຊ້ຕ່າງໆຈະປະສົບກັບເປົ້າໝາຍທີ່ລະບຸໂດຍຜູ້ໃຊ້
macromolecule. ນອກຈາກນັ້ນ, ທ່າແຮງ electrostatic ແລະ desolvation ຟຣີຕາຂ່າຍໄຟຟ້າພະລັງງານ
ແຜນທີ່ອາດຈະຖືກຄິດໄລ່ເຊັ່ນກັນ. ແຜນ​ທີ່​ຕາ​ຂ່າຍ​ໄຟ​ຟ້າ​ໄດ້​ຖືກ​ເກັບ​ຮັກ​ສາ​ໄວ້​ໃນ​ໄຟລ​໌​ຂໍ້​ຄວາມ​ທົ່ງ​ພຽງ​ທີ່​ມີ​
ສ່ວນຂະຫຍາຍ '.map' ແລະຕ້ອງການໂດຍ AutoDock 4 ເພື່ອດໍາເນີນການ dockings. AutoGrid ເຊັ່ນກັນ
ສົ່ງໄຟລ໌ '.xyz' ທີ່ອະທິບາຍຂອບເຂດຂອງຊ່ອງຕາຂ່າຍ, ແລະ AVS.
ຊ່ອງຂໍ້ມູນ '.fld' ໄຟລ໌ທີ່ອະທິບາຍຊຸດທີ່ສອດຄ່ອງຂອງແຜນທີ່ຕາຂ່າຍໄຟຟ້າປະລໍາມະນູທີ່.
ໄດ້ຖືກຄິດໄລ່ຮ່ວມກັນສໍາລັບ macromolecule ເປົ້າຫມາຍທີ່ກໍານົດໄວ້. ຫມາຍເຫດ: ມັນເປັນສິ່ງຈໍາເປັນທີ່ຈະ
ຄິດໄລ່ແຜນທີ່ຕາຂ່າຍໄຟຟ້າສໍາລັບປະເພດອະຕອມທັງໝົດໃນ ligand ຫຼືຊຸດຂອງ ligands ທີ່ຈະເປັນ
docked, ເຊັ່ນດຽວກັນກັບແຜນທີ່ຕາຂ່າຍໄຟຟ້າທີ່ມີທ່າແຮງ electrostatic ແລະແຜນທີ່ພະລັງງານຟຣີ desolvation.
ຕົວຢ່າງ, ຖ້າ ligand ມີຄາບອນ aliphatic ແລະ hydrogen-bond-accepting oxygen
atom, ມັນເປັນສິ່ງຈໍາເປັນທີ່ຈະຄິດໄລ່ທັງແຜນທີ່ 'C' ແລະແຜນທີ່ 'OA'. ເບິ່ງ
http://autodock.scripps.edu/faqs-help/faq/where-do-i-set-the-autodock-4-force-field-
ຕົວກໍານົດການສໍາລັບຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມກ່ຽວກັບ AutoDock 4 ປະລໍາມະນູປະເພດ.

ການປ້ອນຂໍ້ມູນໃສ່ AutoGrid ແມ່ນການກະກຽມທີ່ດີທີ່ສຸດກັບຊຸດໂປຣແກຣມ AutoDockTools. ບໍ່​ມີ
ວິທີການດໍາເນີນການ autodock4 ໂດຍບໍ່ມີຕາຂ່າຍໄຟຟ້າ.

OPTIONS

-o ໃຊ້ຮູບແບບ PDBq ເກົ່າ (q ໃນຖັນ 55-61)

-u ຂໍ້ມູນການນໍາໃຊ້, ຍັງ -h ໃນ Debian.

-d ເພີ່ມທະວີການ verbosity ຂອງຂໍ້ຄວາມເພື່ອຊ່ວຍ debugging.

-l logfile

-p ຊື່ໄຟລ໌ລະບຸໄຟລ໌ພາລາມິເຕີ Grid

EXAMPLE

ໄລຍະຂອງການທົດສອບແມ່ນມີຢູ່ໃນແຫຼ່ງ AutoGrid ທີ່ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ດັ່ງຕໍ່ໄປນີ້:
$ D=/usr/share/doc/autogrid/Tests
$cd / tmp
$ ln -s $D/AD4_parameters.dat .
$ gunzip -c $D/hsg1_sm.pdbqt.gz > hsg1_sm.pdbqt
$ autogrid4 -p $D/hsg1_no_receptor_types.gpf -l hsg1_no_receptor_types.glg

ຄໍາສັ່ງນີ້ກະກຽມໄຟລ໌ແຜນທີ່ຕາຂ່າຍໄຟຟ້າສໍາລັບແຕ່ລະປະເພດອະຕອມ AutoDock ທີ່ລະບຸໄວ້ໃນ
ໄຟລ໌ພາລາມິເຕີຕາຂ່າຍ (ໃນກໍລະນີນີ້: hsg1_sm.A.map, hsg1_sm.C.map, hsg1_sm.d.map,
hsg1_sm.e.map, hsg1_sm.HD.map, hsg1_sm.NA.map, hsg1_sm.N.map, hsg1_sm.OA.map), AVS
ໄຟລ໌ພາກສະຫນາມ (hsg1_sm.maps.fld) ແລະ hsg1_sm.maps.xyz. ເພື່ອປະຕິບັດການຄິດໄລ່ cocking,
AutoDock ຄວນຖືກປະຕິບັດ, ເຖິງແມ່ນວ່າມັນຕ້ອງການໄຟລ໌ພາລາມິເຕີ docking ແຍກຕ່າງຫາກ (ກັບ
ສ່ວນຂະຫຍາຍ .dpf). 'DPF' ຫມາຍເຖິງໄຟລ໌ແຜນທີ່ຕາຂ່າຍໄຟຟ້າທີ່ຈໍາເປັນສໍາລັບການ docking
ແລະອະນຸຍາດໃຫ້ກໍານົດຕົວກໍານົດການທີ່ສໍາຄັນອື່ນໆ, ເຊັ່ນ: ວິທີການຄົ້ນຫາແລະວິທີການ
docking ຫຼາຍເພື່ອປະຕິບັດ.

ໃຊ້ autogrid4 ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net