bgzip - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

bgzip - ຕັນການບີບອັດ/ການບີບອັດຜົນປະໂຫຍດ

tabix - ຕົວດັດສະນີທົ່ວໄປສໍາລັບໄຟລ໌ຕໍາແຫນ່ງ genome ທີ່ມີຕົວຂັ້ນ TAB

ສະຫຼຸບສັງລວມ

bgzip [-cdhB] [-b virtualOffset] [-s ຂະຫນາດ] [ເອກະສານ]

tabix [-0lf] [-p gff|ຕຽງ|ຊຳ|vcf] [-s seqCol] [-b ຂໍຄຳ] [-e ທ້າຍCol] [-S ຂ້າມເສັ້ນ] [-c
metaChar] in.tab.bgz [ພາກພື້ນ 1 [ພາກພື້ນ 2 [...]]]

ລາຍລະອຽດ

Tabix ດັດສະນີໄຟລ໌ຕໍາແຫນ່ງ genome ທີ່ຂັ້ນດ້ວຍ TAB in.tab.bgz ແລະສ້າງໄຟລ໌ດັດສະນີ (
in.tab.bgz.tbi or in.tab.bgz.csi ) ເມື່ອ​ໃດ​ ພູມິພາກ ບໍ່ມີຢູ່ໃນເສັ້ນຄໍາສັ່ງ. ວັດສະດຸປ້ອນ
ໄຟລ​໌​ຂໍ້​ມູນ​ຕ້ອງ​ໄດ້​ຮັບ​ຕໍາ​ແຫນ່ງ​ຈັດ​ລຽງ​ລໍາ​ດັບ​ແລະ​ບີບ​ອັດ​ໂດຍ​ bgzip ເຊິ່ງມີ gzip(1) ມັກ
ການໂຕ້ຕອບ. ຫຼັງຈາກການສ້າງດັດສະນີ, tabix ສາມາດດຶງຂໍ້ມູນເສັ້ນຊ້ອນກັນໄດ້ໄວ
ພາກພື້ນ ລະບຸໃນຮູບແບບ "chr:beginPos-endPos". ການດຶງຂໍ້ມູນໄວຍັງເຮັດວຽກຫຼາຍກວ່າ
ເຄືອຂ່າຍຖ້າ URI ຖືກມອບໃຫ້ເປັນຊື່ໄຟລ໌ແລະໃນກໍລະນີນີ້ໄຟລ໌ດັດສະນີຈະຖືກດາວໂຫລດ
ຖ້າມັນບໍ່ມີຢູ່ໃນທ້ອງຖິ່ນ.

ດັດສະນີ OPTIONS

-0, --ສູນ-ອີງ
ລະບຸວ່າຕໍາແຫນ່ງໃນໄຟລ໌ຂໍ້ມູນແມ່ນ 0-based (ເຊັ່ນ: ໄຟລ໌ UCSC) ແທນທີ່ຈະ
ຫຼາຍກວ່າ 1-based.

-b, --ເລີ່ມຕົ້ນ INT
ຖັນຂອງຕຳແໜ່ງໂຄໂມໂຊມເລີ່ມຕົ້ນ. [4]

-c, -- ຄໍາເຫັນ ຖັງ
ຂ້າມແຖວເລີ່ມຕົ້ນດ້ວຍຕົວອັກສອນ CHAR. [#]

-C, --csi ຂ້າມແຖວເລີ່ມຕົ້ນດ້ວຍຕົວອັກສອນ CHAR. [#]

-e, --ຈົບ INT
ຖັນຂອງຕຳແໜ່ງໂຄໂມໂຊມສຸດທ້າຍ. ຖັນທ້າຍສາມາດຄືກັນກັບການເລີ່ມຕົ້ນ
ຖັນ. [5]

-f, --ກຳລັງ
ບັງຄັບໃຫ້ຂຽນທັບໄຟລ໌ດັດຊະນີຖ້າມັນມີຢູ່.

-m, --min-shiftINT
ກຳນົດຂະໜາດໄລຍະຫ່າງໜ້ອຍສຸດສຳລັບດັດຊະນີ CSI ເປັນ 2^INT [14]

-p, -- ຕັ້ງໄວ້ລ່ວງໜ້າ STR
ຮູບແບບການປ້ອນຂໍ້ມູນສໍາລັບການດັດສະນີ. ຄ່າທີ່ຖືກຕ້ອງແມ່ນ: gff, bed, sam, vcf. ທາງເລືອກນີ້
ບໍ່ຄວນໃຊ້ຮ່ວມກັນກັບອັນໃດອັນໜຶ່ງ -s, -b, -e, -c ແລະ -0; ມັນບໍ່ໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້
ສໍາລັບການດຶງຂໍ້ມູນເພາະວ່າການຕັ້ງຄ່ານີ້ຖືກເກັບໄວ້ໃນໄຟລ໌ດັດສະນີ. [gff]

- ແມ່ນແລ້ວ, --ລຳດັບ INT
ຖັນຂອງຊື່ລໍາດັບ. ທາງເລືອກ -s, -b, -e, -S, -c ແລະ -0 ທັງໝົດຖືກເກັບໄວ້ໃນ
index file ແລະດັ່ງນັ້ນຈຶ່ງບໍ່ໄດ້ໃຊ້ໃນການດຶງຂໍ້ມູນ. [1]

-S, --skip-lines INT
ຂ້າມແຖວ INT ທໍາອິດໃນໄຟລ໌ຂໍ້ມູນ. [0]

ກຳລັງສອບຖາມ ແລະ ອື່ນໆ OPTIONS

-ຊ, --print-header
ພິມຫົວ/ເສັ້ນ meta ນຳ.

-H, --ຫົວເທົ່ານັ້ນ
ພິມສະເພາະຫົວ/ເສັ້ນເມຕາ.

-i, --file-info
ພິມຂໍ້ມູນຮູບແບບໄຟລ໌.

-l, --list-chroms
ບອກຊື່ລໍາດັບທີ່ເກັບໄວ້ໃນເອກະສານດັດສະນີ.

-r, --reheader ເອກະສານ
ແທນທີ່ສ່ວນຫົວດ້ວຍເນື້ອໃນຂອງ FILE

-R, --ພາກພື້ນ ເອກະສານ
ຈໍາ​ກັດ​ຢູ່​ໃນ​ພາກ​ພື້ນ​ທີ່​ລະ​ບຸ​ໄວ້​ໃນ FILE ໄດ້​. ໄຟລ໌ສາມາດເປັນໄຟລ໌ BED (ຕ້ອງການ .bed,
.bed.gz, .bed.bgz file extension) ຫຼືໄຟລ໌ TAB-delimited ກັບ CHROM, POS,
ແລະ, ທາງເລືອກ, ຖັນ POS_TO, ເຊິ່ງຕຳແໜ່ງແມ່ນອີງໃສ່ 1 ແລະຮວມ. ເມື່ອ​ໃດ​
ທາງ​ເລືອກ​ນີ້​ແມ່ນ​ການ​ນໍາ​ໃຊ້​, ໄຟລ​໌​ປ້ອນ​ຂໍ້​ມູນ​ອາດ​ຈະ​ບໍ່​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ຈັດ​ລຽງ​. ພາກພື້ນ.

-T, --ເປົ້າ​ຫມາຍ ເອກະສານ
ຄ້າຍ​ຄື​ກັບ -R ແຕ່​ການ​ປ້ອນ​ຂໍ້​ມູນ​ທັງ​ຫມົດ​ຈະ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ອ່ານ​ຕາມ​ລໍາ​ດັບ​ແລະ​ພາກ​ພື້ນ​ທີ່​ບໍ່​ໄດ້​ລະ​ບຸ​ໄວ້​
ໃນ FILE ຈະຖືກຂ້າມ.

EXAMPLE

(grep ^"#" in.gff; grep -v ^"#" in.gff | sort -k1,1 -k4,4n) | bgzip > sorted.gff.gz;

tabix -p gff sorted.gff.gz ;

tabix sorted.gff.gz chr1:10,000,000-20,000,000;

ຫມາຍເຫດ

ມັນກົງໄປກົງມາເພື່ອບັນລຸການສອບຖາມຊ້ອນກັນໂດຍໃຊ້ດັດຊະນີ B-tree ມາດຕະຖານ (ມີ ຫຼື
ໂດຍບໍ່ມີການ binning) ປະຕິບັດໃນຖານຂໍ້ມູນ SQL ທັງຫມົດ, ຫຼືດັດຊະນີ R-tree ໃນ PostgreSQL ແລະ
Oracle. ແຕ່ຍັງມີເຫດຜົນຫຼາຍຢ່າງທີ່ຈະໃຊ້ tabix. ກ່ອນອື່ນ ໝົດ, tabix ເຮັດວຽກໂດຍກົງກັບ
ຫຼາຍໆຮູບແບບທີ່ຂັ້ນດ້ວຍ TAB ທີ່ໃຊ້ກັນຢ່າງກວ້າງຂວາງເຊັ່ນ GFF/GTF ແລະ BED. ພວກເຮົາບໍ່ຈໍາເປັນຕ້ອງ
ການອອກແບບຖານຂໍ້ມູນ ຫຼືຮູບແບບຖານສອງສະເພາະ. ຂໍ້ມູນບໍ່ຈໍາເປັນຕ້ອງຊ້ໍາກັນ
ຮູບແບບທີ່ແຕກຕ່າງກັນ, ບໍ່ວ່າຈະ. ອັນທີສອງ, tabix ເຮັດວຽກຢູ່ໃນໄຟລ໌ຂໍ້ມູນທີ່ຖືກບີບອັດໃນຂະນະທີ່ SQL ສ່ວນໃຫຍ່
ຖານຂໍ້ມູນບໍ່ໄດ້. GenCode annotation GTF ສາມາດຖືກບີບອັດລົງເຖິງ 4%. ອັນທີສາມ, tabix
ແມ່ນໄວ. ຂັ້ນຕອນການດັດສະນີດຽວກັນແມ່ນເປັນທີ່ຮູ້ຈັກທີ່ຈະເຮັດວຽກຢ່າງມີປະສິດທິພາບສໍາລັບການສອດຄ່ອງກັບ a
ສອງສາມຕື້ອ່ານສັ້ນ. ຖານຂໍ້ມູນ SQL ອາດຈະບໍ່ສາມາດຈັດການຂໍ້ມູນໄດ້ງ່າຍໃນລະດັບນີ້.
ສຸດທ້າຍແຕ່ບໍ່ໄດ້ຢ່າງຫນ້ອຍ, tabix ສະຫນັບສະຫນູນການດຶງຂໍ້ມູນຫ່າງໄກສອກຫຼີກ. ຫນຶ່ງສາມາດໃສ່ໄຟລ໌ຂໍ້ມູນ
ແລະດັດສະນີຢູ່ທີ່ເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍ FTP ຫຼື HTTP, ແລະຜູ້ໃຊ້ອື່ນໆຫຼືແມ້ກະທັ້ງການບໍລິການເວັບຈະສາມາດ
ເພື່ອເອົາບາງສ່ວນໂດຍບໍ່ຕ້ອງດາວໂຫລດໄຟລ໌ທັງໝົດ.

ໃຊ້ bgzip ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net