bp_unflatten_seqp - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

bp_unflatten_seq - unflatten ໄຟລ໌ຄຸນນະສົມບັດແບບ genbank ຫຼື genbank ເຂົ້າໄປໃນຮັງ
SeqFeature hierarchy

ສະຫຼຸບສັງລວມ

bp_unflatten_seq.PLS -e 3 -gff ~/cvs/bioperl-live/t/data/AE003644_Adh-genomic.gb

bp_unflatten_seq.PLS --ລາຍລະອຽດ ~/cvs/bioperl-live/t/data/AE003644_Adh-genomic.gb

bp_unflatten_seq.PLS -i foo.embl --from embl --to chadoxml -o out.chado.xml

bp_unflatten_seq.PLS --notypemap --detail --to asciitree -ethresh 2 AE003644_Adh-genomic.gb

ລາຍລະອຽດ

script ນີ້ຈະ unflatten ໄຟລ໌ແບບ genbank ຫຼື genbank ຂອງ SeqFeatures ເຂົ້າໄປໃນຮັງ
ລຳ ດັບຊັ້ນ.

ເບິ່ງ Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener

ໃນການເປັນຕົວແທນຂອງ GenBank/EMBL, ລັກສະນະແມ່ນ 'ຮາບພຽງ' - ຕົວຢ່າງ, ບໍ່ມີການເຊື່ອມຕໍ່
ລະຫວ່າງ mRNA ແລະ CDS, ນອກຈາກການເຊື່ອມຕໍ່ implicit (ເຊັ່ນ: ຜ່ານ tags ຫຼືຜ່ານ splice site.
coordinates) ເຊິ່ງອາດຈະຍາກທີ່ຈະຂຽນລະຫັດ.

ນີ້​ແມ່ນ​ສະ​ແດງ​ໃຫ້​ເຫັນ​ໄດ້​ງ່າຍ​ທີ່​ສຸດ​ທີ່​ມີ​ຮູບ​ແບບ​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ໃນ​ຕອນ​ຕົ້ນ​, asciitree

ຊຸດຄຸນສົມບັດ genbank ທີ່ບໍ່ແປອາດຈະມີລັກສະນະນີ້ (AB077698)

Seq: AB077698
databank_entry 1..2701[+]
gene
mRNA
CDS hCHCR-G 80..1144[+]
exon 80..1144[+]
five_prime_UTR 1..79[+]
Location_sequence_feature 137..196[+]
Location_sequence_feature 239..292[+]
Location_sequence_feature 617..676[+]
Location_sequence_feature 725..778[+]
three_prime_UTR 1145..2659[+]
polyA_site 1606..1606[+]
polyA_site 2660..2660[+]

ຫຼືແບບນີ້ (ສ່ວນຂອງ AE003734)

gene
mRNA CG3320-RA
CDS CG3320-PA 53126..54971[-]
exon 52204..53323[-]
exon 53404..53631[-]
exon 53688..53735[-]
exon 53798..53918[-]
exon 54949..55287[-]
mRNA CG3320-RB
CDS CG3320-PB 53383..54971[-]
exon 52204..53631[-]
exon 53688..53735[-]
exon 53798..53918[-]
exon 54949..55287[-]

unflattening ຍັງຈະ 'ປົກກະຕິ' ລໍາດັບຊັ້ນບັນຈຸ (ໃນຄວາມຫມາຍຂອງ
standardizing it - e.g. ໃຫ້ແນ່ໃຈວ່າມີບັນທຶກການຖ່າຍທອດຢູ່ສະເຫມີ, ເຖິງແມ່ນວ່າ genbank
ພຽງແຕ່ລະບຸ CDS ແລະ gene)

ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ປະເພດ GenBank ຈະຖືກເຮັດແຜນທີ່ເປັນປະເພດ SO

ເບິ່ງ Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper

ຄໍາສັ່ງ LINE ການໂຕ້ຖຽງ

-i|ປ້ອນ FILE
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ (ຍັງສາມາດລະບຸເປັນ argument ສຸດທ້າຍ)

- ຈາກ FORMAT
ຮູບແບບການປ້ອນຂໍ້ມູນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງ genbank)

ອາດຈະບໍ່ມີຄວາມຫມາຍຫຼາຍທີ່ຈະໃຊ້ມັນສໍາລັບຮູບແບບທີ່ບໍ່ຮາບພຽງ; ie ອື່ນນອກຈາກ
embl/genbank

- ເພື່ອ FORMAT
ຮູບແບບຜົນຜະລິດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ asciitree)

ຄວນຈະເປັນຮູບແບບທີ່ຝັງໄວ້ SeqFeature ຮູ້; ຂ້ອຍຄິດວ່ານີ້ເທົ່ານັ້ນ
asciitree, chadoxml ແລະ gff3

-gff
ດ້ວຍການສົ່ງອອກເປັນຮູບແບບ GFF3 (ກ່ອນ 3 GFFs ບໍ່ມີຄວາມຫມາຍກັບລໍາດັບ unflattened, ເປັນ
ພວກ​ເຂົາ​ເຈົ້າ​ບໍ່​ມີ​ວິ​ທີ​ການ​ທີ່​ກໍາ​ນົດ​ໄວ້​ໃນ​ການ​ເປັນ​ຕົວ​ແທນ​ກາ​ຟ​ຄຸນ​ນະ​ສົມ​ບັດ​)

-o|ອອກ FILE
outfile ເລີ່ມຕົ້ນເປັນ STDOUT

- ລາຍ​ລະ​ອຽດ​
ສະ​ແດງ​ໃຫ້​ເຫັນ​ລາຍ​ລະ​ອຽດ​ເພີ່ມ​ເຕີມ​ກ່ຽວ​ກັບ​ຄຸນ​ສົມ​ບັດ (ຮູບ​ແບບ asciitree ເທົ່າ​ນັ້ນ​)

-e|ethresh INT
ກໍານົດຂອບເຂດຄວາມຜິດພາດກ່ຽວກັບການ unflattening

ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ script ນີ້ຈະສັ່ນສະເທືອນຖ້າມັນພົບກັບສິ່ງທີ່ແປກປະຫຼາດຢູ່ໃນ genbank
ໄຟລ໌ - ຍົກຂອບເຂດຄວາມຜິດພາດຂຶ້ນເພື່ອສົ່ງສັນຍານວ່າຈະຖືກລະເລີຍ (ແລະລາຍງານກ່ຽວກັບ
STDERR)

- ນາມມະຍົດ
ສະກັດກັ້ນ use_magic ໃນ unflattening (ເບິ່ງ Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener

- notypemap
ສະກັດກັ້ນການສ້າງແຜນທີ່ປະເພດ (ເບິ່ງ Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper

ທັງ ໝົດ

ຊີວະພາບ::SeqFeature::Tools::Unflattener ຊ່ວຍໃຫ້ການຄວບຄຸມທີ່ລະອຽດອ່ອນໃນໄລຍະການ unflattening
process - ຈໍາເປັນຕ້ອງເພີ່ມທາງເລືອກເພີ່ມເຕີມເພື່ອອະນຸຍາດໃຫ້ການຄວບຄຸມນີ້ຢູ່ໃນເສັ້ນຄໍາສັ່ງ

ການຕອບຮັບ

ທາງໄປສະນີ ລາຍການ
ຄວາມຄິດເຫັນຂອງຜູ້ໃຊ້ແມ່ນສ່ວນຫນຶ່ງທີ່ສໍາຄັນຂອງການວິວັດທະນາການນີ້ແລະໂມດູນ Bioperl ອື່ນໆ. ສົ່ງ
ຄໍາ​ເຫັນ​ແລະ​ຄໍາ​ແນະ​ນໍາ​ຂອງ​ທ່ານ​ມັກ​ກັບ​ບັນ​ຊີ​ລາຍ​ການ​ທາງ​ໄປ​ສະ​ນີ Bioperl​. ການມີສ່ວນຮ່ວມຂອງທ່ານ
ໄດ້ຮັບການຍົກຍ້ອງຫຼາຍ.

bioperl-l@bioperl.org - ສົນທະນາທົ່ວໄປ
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - ກ່ຽວກັບລາຍຊື່ທາງໄປສະນີ

ການລາຍງານ ແມງໄມ້
ລາຍງານຂໍ້ບົກພ່ອງກັບລະບົບການຕິດຕາມແມງໄມ້ Bioperl ເພື່ອຊ່ວຍໃຫ້ພວກເຮົາຕິດຕາມແມງໄມ້ແລະພວກມັນ
ຄວາມລະອຽດ. ບົດ​ລາຍ​ງານ​ຂໍ້​ຜິດ​ພາດ​ສາ​ມາດ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ສົ່ງ​ຜ່ານ​ທາງ​ອີ​ເມລ​໌​ຫຼື​ເວັບ​:

https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues

ໃຊ້ bp_unflatten_seqp ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net