cd-hit-para - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

cd-hit-para.pl - ແບ່ງວຽກກຸ່ມໃຫຍ່ອອກເປັນຕ່ອນໆເພື່ອແລ່ນວຽກ cd-hit ຫຼື cd-hit-est

ສະຫຼຸບສັງລວມ

cd-hit-para.pl ທາງເລືອກໃນການ

ລາຍລະອຽດ

ສະຄຣິບນີ້ແບ່ງວຽກເປັນກຸ່ມໃຫຍ່ອອກເປັນຕ່ອນໆ ແລະສົ່ງວຽກໄປຫາໄລຍະໄກ
ຄອມພິວເຕີຜ່ານເຄືອຂ່າຍເພື່ອເຮັດໃຫ້ມັນຂະຫນານ. ຫຼັງຈາກວຽກທັງຫມົດສໍາເລັດ, ໄດ້
script merge ຜົນໄດ້ຮັບ clustering ເປັນຖ້າຫາກວ່າທ່ານພຽງແຕ່ດໍາເນີນການ cd-hit ດຽວຫຼື
cd-hit-est.

ທ່ານຍັງສາມາດໃຊ້ມັນເພື່ອແບ່ງວຽກໃຫຍ່ໃນຄອມພິວເຕີດຽວຖ້າຄອມພິວເຕີຂອງທ່ານເຮັດ
ບໍ່ມີ RAM ພຽງພໍ (ກັບ -L ທາງ​ເລືອກ).

ຕ້ອງການ:
1 ໃນ​ເວ​ລາ​ທີ່​ດໍາ​ເນີນ​ການ script ນີ້​ໃນ​ເຄືອ​ຂ່າຍ​, ລະ​ບົບ​ທີ່​ທ່ານ​

ແລ່ນສະຄຣິບ ແລະໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນຕ້ອງມີຢູ່ໃນທຸກ hosts ຫ່າງໄກສອກຫຼີກທີ່ມີ
ເສັ້ນທາງທີ່ຄືກັນ.

2 ຖ້າທ່ານເລືອກ "ssh" ເພື່ອສົ່ງວຽກ, ທ່ານຈະຕ້ອງມີ

ssh ທີ່ບໍ່ມີລະຫັດຜ່ານໄປຫາເຈົ້າພາບຫ່າງໄກສອກຫຼີກ, ເບິ່ງຄູ່ມື ssh ເພື່ອຮູ້ວິທີຕັ້ງຄ່າ
ssh ທີ່ບໍ່ມີລະຫັດຜ່ານ.

3 ຂ້ອຍແນະນໍາໃຫ້ໃຊ້ລະບົບຄິວແທນ ssh,

ໃນປັດຈຸບັນຂ້ອຍສະຫນັບສະຫນູນ PBS ແລະ SGE

4 cd-hit cd-hit-2d cd-hit-est cd-hit-est-2d

cd-hit-div cd-hit-div.pl ຈະຕ້ອງຢູ່ໃນໄດເລກະທໍລີດຽວກັນທີ່ສະຄຣິບນີ້ຢູ່ໃນ.

ທາງເລືອກໃນການ

-i ໃສ່ຊື່ໄຟລ໌ໃນຮູບແບບ fasta, ຕ້ອງການ

-o ອອກຊື່ໄຟລ໌, ຕ້ອງການ

- ປ ໂປຣແກຣມ, "cd-hit" ຫຼື "cd-hit-est", ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ "cd-hit"

- ຂ ຊື່ໄຟລ໌ຂອງລາຍຊື່ເຈົ້າພາບ,

requred ເວັ້ນເສຍແຕ່ -Q or -L ທາງເລືອກແມ່ນສະຫນອງໃຫ້

--L ຈໍານວນ CPU ໃນຄອມພິວເຕີທ້ອງຖິ່ນ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0

ໃນເວລາທີ່ທ່ານບໍ່ໄດ້ແລ່ນມັນຜ່ານກຸ່ມ, ທ່ານສາມາດນໍາໃຊ້ທາງເລືອກນີ້ເພື່ອແບ່ງຂະຫນາດໃຫຍ່
ການຈັດກຸ່ມວຽກອອກເປັນຕ່ອນນ້ອຍໆ, ຂ້ອຍແນະນຳໃຫ້ເຈົ້າໃຊ້ "--L 1" ເວັ້ນເສຍແຕ່ເຈົ້າມີ
RAM ພຽງພໍສໍາລັບແຕ່ລະ CPU

--ສ ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ພາກ​ສ່ວນ​ທີ່​ຈະ​ແບ່ງ​ປັນ​ການ​ປ້ອນ​ຂໍ້​ມູນ DB ເປັນ​, ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ 64​

-- ຖາມ ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ວຽກ​ເຮັດ​ງານ​ທໍາ​ທີ່​ຈະ​ສົ່ງ​ກັບ​ລະ​ບົບ​ຄິວ​ຄິວ​, ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ 0​

ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ໂປຣແກຣມໃຊ້ໂໝດ ssh ເພື່ອສົ່ງວຽກທາງໄກ

--T ປະເພດຂອງລະບົບຄິວ, "PBS", "SGE" ແມ່ນສະຫນັບສະຫນູນ, PBS ເລີ່ມຕົ້ນ

--R restart ໄຟລ​໌​, ນໍາ​ໃຊ້​ຫຼັງ​ຈາກ​ການ​ແລ່ນ​ຂັດ​ໄດ້​

-h ພິມການຊ່ວຍເຫຼືອນີ້

ທາງເລືອກ cd-hit/cd-hit-est ເພີ່ມເຕີມສາມາດຖືກລະບຸໄວ້ໃນເສັ້ນຄໍາສັ່ງ

ຄໍາຖາມ, ແມງໄມ້, ຕິດຕໍ່ Weizhong Li ທີ່ liwz@sdsc.edu

ໃຊ້ cd-hit-para ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net