ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ diffseqe ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
diffseq - ປຽບທຽບແລະລາຍງານລັກສະນະຂອງສອງລໍາດັບທີ່ຄ້າຍຄືກັນ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ຄວາມແຕກຕ່າງ - ລໍາດັບ ລໍາດັບ - ລໍາດັບ ລໍາດັບ - ຂະຫນາດຄໍາ integer
[- ຄວາມແຕກຕ່າງທົ່ວໂລກ ປຸ້ຍ] -outfile ບົດລາຍງານ -aoutfeat featout - ການແຂ່ງຂັນ featout
ຄວາມແຕກຕ່າງ -ຊ່ວຍ
ລາຍລະອຽດ
ຄວາມແຕກຕ່າງ ແມ່ນໂຄງການເສັ້ນຄໍາສັ່ງຈາກ EMBOSS ("The European Molecular Biology Open
Software Suite”). ມັນເປັນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງກຸ່ມຄໍາສັ່ງ "ຈັດຮຽງ: ຄວາມແຕກຕ່າງ".
OPTIONS
ການປ້ອນຂໍ້ມູນ ສ່ວນ
- ລໍາດັບ ລໍາດັບ
- ລໍາດັບ ລໍາດັບ
ທີ່ກໍານົດໄວ້ ສ່ວນ
- ຂະຫນາດຄໍາ integer
ພາກພື້ນທີ່ຄ້າຍຄືກັນລະຫວ່າງສອງລໍາດັບແມ່ນພົບເຫັນໂດຍການສ້າງຕາຕະລາງ hash ຂອງ
'wordsize'd ຕໍ່ມາ. 10 ເປັນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນທີ່ສົມເຫດສົມຜົນ. ເຮັດໃຫ້ຄ່ານີ້ໃຫຍ່ຂຶ້ນ (20?)
ອາດຈະເລັ່ງໂຄງການເລັກນ້ອຍ, ແຕ່ຈະຫມາຍຄວາມວ່າມີສອງຄວາມແຕກຕ່າງພາຍໃນ
'wordsize' ຂອງກັນແລະກັນຈະຖືກຈັດກຸ່ມເປັນພາກພື້ນດຽວຂອງຄວາມແຕກຕ່າງ. ມູນຄ່ານີ້
ອາດຈະເຮັດໃຫ້ນ້ອຍລົງ (4?) ເພື່ອປັບປຸງການແກ້ໄຂຄວາມແຕກຕ່າງທີ່ໃກ້ຄຽງ, ແຕ່
ໂຄງການຈະຊ້າລົງຫຼາຍ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 10
ເພີ່ມເຕີມ ສ່ວນ
- ຄວາມແຕກຕ່າງທົ່ວໂລກ ປຸ້ຍ
ໂດຍປົກກະຕິໂຄງການນີ້ຈະຊອກຫາພາກພື້ນຂອງຕົວຕົນທີ່ມີຄວາມຍາວຂອງ
ຂະຫນາດຄໍາທີ່ກໍານົດໄວ້ຫຼືຫຼາຍກວ່າແລະຫຼັງຈາກນັ້ນຈະລາຍງານພາກພື້ນຂອງຄວາມແຕກຕ່າງລະຫວ່າງ
ພາກພື້ນທີ່ກົງກັນເຫຼົ່ານີ້. ນີ້ເຮັດວຽກໄດ້ດີແລະເປັນສິ່ງທີ່ຄົນສ່ວນໃຫຍ່ຕ້ອງການຖ້າພວກເຂົາເປັນ
ເຮັດວຽກກັບລໍາດັບອາຊິດ nucleic ທີ່ຊ້ອນກັນຍາວ. ປົກກະຕິແລ້ວເຈົ້າບໍ່ສົນໃຈ
ໃນຕອນທ້າຍທີ່ບໍ່ທັບຊ້ອນກັນຂອງລໍາດັບເຫຼົ່ານີ້. ຖ້າທ່ານມີທາດໂປຼຕີນຈາກລໍາດັບຫຼືສັ້ນ
ລໍາດັບ RNA ແນວໃດກໍ່ຕາມ, ທ່ານຈະມີຄວາມສົນໃຈໃນຄວາມແຕກຕ່າງທີ່ສຸດ. ມັນ
ຕົວເລືອກນີ້ຖືກຕັ້ງໃຫ້ເປັນຄວາມຈິງຫຼັງຈາກນັ້ນຄວາມແຕກຕ່າງໃນທ້າຍຈະຖືກລາຍງານ.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N
ຜົນຜະລິດ ສ່ວນ
-outfile ບົດລາຍງານ
-aoutfeat featout
ໄຟລ໌ສໍາລັບຜົນໄດ້ຮັບຂອງລັກສະນະລໍາດັບທໍາອິດ ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: $(asequence.name).diffgff
- ການແຂ່ງຂັນ featout
ໄຟລ໌ສໍາລັບຜົນໄດ້ຮັບຂອງລັກສະນະລໍາດັບທີສອງ ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: $(bsequence.name).diffgff
ໃຊ້ diffseqe ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net