gmx-confrms - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

gmx-confrms - ພໍດີສອງໂຄງສ້າງ ແລະຄຳນວນ RMSD

ສະຫຼຸບສັງລວມ

gmx confrms [-f1 [<.tpr/.gro/...>]] [-f2 [<.gro/.g96/...>]]
[-n1 [<.ndx>]] [-n2 [<.ndx>]] [-o [<.gro/.g96/...>]]
[-ຢູ່​ທີ່ [<.ndx>]] [-[ບໍ່]ວ] [-[ບໍ່​ມີ​ໃຜ] [-[ບໍ່]mw] [-[ບໍ່]pbc]
[-[ບໍ່]ເຫມາະ] [-[ບໍ່​ມີ​ຊື່] [-[ບໍ່]ປ້າຍ] [-[ບໍ່]bfac]

ລາຍລະອຽດ

gmx confrms ຄິດໄລ່ຄ່າ deviation square mean ຮາກ (RMSD) ຂອງສອງໂຄງສ້າງຫຼັງ
ສີ່ຫຼ່ຽມນ້ອຍທີ່ເໝາະສົມກັບໂຄງສ້າງທີສອງຢູ່ໃນອັນທຳອິດ. ໂຄງສ້າງທັງສອງບໍ່
ຈໍາ​ເປັນ​ຕ້ອງ​ມີ​ຈໍາ​ນວນ​ດຽວ​ກັນ​ຂອງ​ປະ​ລໍາ​ມະ​ນູ​, ພຽງ​ແຕ່​ສອງ​ກຸ່ມ​ດັດ​ຊະ​ນີ​ທີ່​ໃຊ້​ສໍາ​ລັບ​ການ​ເຫມາະ​ທີ່​ຈະ​
ຄືກັນ. ກັບ -yam ພຽງແຕ່ຊື່ອະຕອມທີ່ກົງກັນຈາກກຸ່ມທີ່ເລືອກຈະຖືກໃຊ້
ສໍາລັບເຫມາະແລະການຄິດໄລ່ RMSD. ນີ້ສາມາດເປັນປະໂຫຍດໃນເວລາທີ່ປຽບທຽບ mutants ຂອງທາດໂປຼຕີນ.

ໂຄງສ້າງ superimposed ແມ່ນລາຍລັກອັກສອນເພື່ອຍື່ນ. ຢູ່​ໃນ .pdb ໄຟລ໌ທັງສອງໂຄງສ້າງຈະເປັນ
ຂຽນເປັນຕົວແບບແຍກຕ່າງຫາກ (ໃຊ້ ຣາໂມນ -nmrpdb). ນອກຈາກນີ້ໃນ a .pdb ໄຟລ໌, B-ປັດໄຈທີ່ຄິດໄລ່
ຈາກຄ່າ MSD ປະລໍາມະນູສາມາດຂຽນດ້ວຍ -bfac.

OPTIONS

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:

-f1 [<.tpr/.gro/...>] (conf1.gro)
ໂຄງສ້າງ+ມະຫາຊົນ(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-f2 [<.gro/.g96/...>] (conf2.gro)
ໄຟລ໌ໂຄງສ້າງ: gro g96 pdb brk ent esp tpr

-n1 [<.ndx>] (fit1.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ

-n2 [<.ndx>] (fit2.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:

-o [<.gro/.g96/...>] (fit.pdb)
ໄຟລ໌ໂຄງສ້າງ: gro g96 pdb brk ent esp

-ຢູ່​ທີ່ [<.ndx>] (match.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ

ທາງເລືອກອື່ນ:

-[ບໍ່]ວ (ບໍ່ມີ)
ເບິ່ງຜົນຜະລິດ .xvg, .xpm, .eps ແລະ .pdb ໄຟ

-[ບໍ່​ມີ​ໃຜ (ບໍ່ມີ)
ພຽງແຕ່ຂຽນໂຄງສ້າງທີ່ເຫມາະສົມເພື່ອຍື່ນ

-[ບໍ່]mw (ແມ່ນແລ້ວ)
Fitting ທີ່ມີນ້ໍາຫນັກຫຼາຍແລະ RMSD

-[ບໍ່]pbc (ບໍ່ມີ)
ພະຍາຍາມເຮັດໃຫ້ໂມເລກຸນທັງຫມົດອີກເທື່ອຫນຶ່ງ

-[ບໍ່]ເຫມາະ (ແມ່ນແລ້ວ)
ເຮັດການ superposition ສີ່ຫຼ່ຽມຂອງໂຄງສ້າງເປົ້າໝາຍໃສ່ການອ້າງອີງ

-[ບໍ່​ມີ​ຊື່ (ບໍ່ມີ)
ພຽງແຕ່ປຽບທຽບຊື່ອະຕອມທີ່ກົງກັນ

-[ບໍ່]ປ້າຍ (ບໍ່ມີ)
ເພີ່ມລະບົບຕ່ອງໂສ້ປ້າຍ A ສໍາລັບທໍາອິດແລະ B ສໍາລັບໂຄງສ້າງທີສອງ

-[ບໍ່]bfac (ບໍ່ມີ)
ຜົນຜະລິດ B-Factors ຈາກຄ່າ MSD ປະລໍາມະນູ

ໃຊ້ gmx-confrms ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net