ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gmx-h2order ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gmx-h2order - ຄິດໄລ່ທິດທາງຂອງໂມເລກຸນນ້ໍາ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
gmx h2order [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-nm [<.ndx>]]
[-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ບໍ່]ວ] [-xvg ] [-d ]
[-sl ]
ລາຍລະອຽດ
gmx h2order ຄິດໄລ່ການປະຖົມນິເທດຂອງໂມເລກຸນນ້ໍາກ່ຽວກັບການປົກກະຕິຂອງ
ກ່ອງ. ໂຄງການກໍານົດ cosine ສະເລ່ຍຂອງມຸມລະຫວ່າງປັດຈຸບັນ dipole ຂອງ
ນ້ໍາແລະແກນຂອງກ່ອງ. ກ່ອງໄດ້ຖືກແບ່ງອອກເປັນຕ່ອນແລະທິດທາງສະເລ່ຍຕໍ່
slice ແມ່ນພິມອອກ. ແຕ່ລະໂມເລກຸນຂອງນ້ໍາໄດ້ຖືກມອບຫມາຍໃຫ້ຫຼັງຈາກນັ້ນນໍາ, ຕໍ່ກອບເວລາ, ໂດຍອີງໃສ່
ຕໍາແຫນ່ງຂອງອົກຊີ. ເມື່ອໃດ -nm ຖືກນໍາໃຊ້, ມຸມລະຫວ່າງ dipole ນ້ໍາແລະ
ແກນຈາກສູນກາງຂອງມະຫາຊົນກັບອົກຊີເຈນທີ່ໄດ້ຖືກຄິດໄລ່ແທນທີ່ຈະເປັນມຸມລະຫວ່າງ
dipole ແລະແກນກ່ອງ.
OPTIONS
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
ເສັ້ນທາງ: xtc tr cpt gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ
-nm [<.ndx>] (index.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ xdr ແບບພົກພາ
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:
-o [<.xvg>] (order.xvg)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr
ທາງເລືອກອື່ນ:
-b (0)
ກອບທໍາອິດ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-e (0)
ກອບສຸດທ້າຍ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-dt (0)
ໃຊ້ກອບພຽງແຕ່ເມື່ອ t MOD dt = ຄັ້ງທໍາອິດ (ps)
-[ບໍ່]ວ (ບໍ່ມີ)
ເບິ່ງຜົນຜະລິດ .xvg, .xpm, .eps ແລະ .pdb ໄຟ
-xvg
xvg ການຈັດຮູບແບບ: xmgrace, xmgr, ບໍ່ມີ
-d (Z)
ເອົາປົກກະຕິໃສ່ເຍື່ອໃນທິດທາງ X, Y ຫຼື Z.
-sl (0)
ຄິດໄລ່ຕົວກໍານົດການຄໍາສັ່ງເປັນຫນ້າທີ່ຂອງຄວາມຍາວຂອງກ່ອງ, ແບ່ງກ່ອງໃນຈໍານວນນີ້
ຂອງຫຼັງຈາກນັ້ນນໍາ.
ຮູ້ ບັນຫາ
· ໂປຣແກມມອບໂມເລກຸນນ້ຳທັງໝົດໃຫ້ກັບຕ່ອນໜຶ່ງ, ໂດຍອີງໃສ່ອະຕອມທຳອິດຂອງສາມອັນ
ຢູ່ໃນກຸ່ມໄຟລ໌ດັດສະນີ. ມັນສົມມຸດເປັນຄໍາສັ່ງ O,H,H. ຊື່ບໍ່ສໍາຄັນ, ແຕ່ຄໍາສັ່ງ
ແມ່ນ. ຖ້າຄວາມຕ້ອງການນີ້ບໍ່ໄດ້ຮັບການຕອບສະຫນອງ, ການມອບຫມາຍໂມເລກຸນໃຫ້ກັບຕ່ອນແມ່ນແຕກຕ່າງກັນ.
ໃຊ້ gmx-h2order ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net