ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gmx-make_edi ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gmx-make_edi - ສ້າງໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນສໍາລັບການເກັບຕົວຢ່າງນະໂຍບາຍດ້ານທີ່ສໍາຄັນ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
gmx make_edi [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-eig [<.xvg>]]
[-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[- ທາ [<.gro/.g96/...>]] [-ori [<.gro/.g96/...>]]
[-o [<.edi>]] [-xvg ] [-ຈັນ ]
[-linfix ] [-linacc ] [-radfix ]
[- radac ] [- ເຣດຄອນ ] [- ນໍ້າຖ້ວມ ]
[- outfrq ] [- ຄ້ອຍ ] [-linstep ]
[-accdir ] [-radstep ] [- ຂັ້ນຕອນສູງສຸດ ]
[-eqsteps ] [-deltaF0 ] [-deltaF ]
[-tau ] [-Eflnull ] [-T ]
[-ອັນຟາ ] [-[ບໍ່] ຍັບຍັ້ງ] [-[ບໍ່] hessian]
[-[ບໍ່]ປະສົມກົມກຽວ] [-constF ]
ລາຍລະອຽດ
gmx make_edi ສ້າງໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນແບບເຄື່ອນໄຫວທີ່ຈຳເປັນ (ED) ທີ່ຈະໃຊ້ກັບ
mdrun ອີງໃສ່ eigenvectors ຂອງ matrix covariance (gmx ໂຄວາ) ຫຼືຈາກຮູບແບບປົກກະຕິ
ການວິເຄາະ (gmx nmeig). ການເກັບຕົວຢ່າງ ED ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອຈັດການຕໍາແຫນ່ງພ້ອມກັບການລວບລວມ
ພິກັດ (eigenvectors) ຂອງ (ຊີວະສາດ) macromolecules ໃນລະຫວ່າງການຈໍາລອງ.
ໂດຍສະເພາະ, ມັນອາດຈະຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອເພີ່ມປະສິດທິພາບການເກັບຕົວຢ່າງຂອງ MD simulations ໂດຍ
ການກະຕຸ້ນລະບົບການຂຸດຄົ້ນພາກພື້ນໃຫມ່ຕາມຈຸດປະສານງານລວມເຫຼົ່ານີ້. ຈໍານວນ
ຂອງ algorithms ທີ່ແຕກຕ່າງກັນໄດ້ຖືກປະຕິບັດເພື່ອຂັບລະບົບຕາມ eigenvectors
(-linfix, -linacc, -radfix, - radac, - ເຣດຄອນ), ເພື່ອຮັກສາຕໍາແຫນ່ງຕາມສະເພາະໃດຫນຶ່ງ (ທີ່ກໍານົດໄວ້
ຂອງ) ປະສານງານ (s) ຄົງທີ່ (-linfix), ຫຼືພຽງແຕ່ຕິດຕາມກວດກາການຄາດຄະເນຂອງຕໍາແຫນ່ງ
ໄປທີ່ຈຸດປະສານງານເຫຼົ່ານີ້ (-ຈັນ).
ເອກະສານ:
A. Amadei, ABM Linssen, BL de Groot, DMF van Aalten ແລະ HJC Berendsen; ອັນ
ວິທີການປະສິດທິພາບສໍາລັບການເກັບຕົວຢ່າງ subspace ທີ່ສໍາຄັນຂອງທາດໂປຼຕີນ., J. Biomol. ໂຄງສ້າງ. ດິນ.
13: 615-626 (1996)
BL de Groot, A. Amadei, DMF van Aalten ແລະ HJC Berendsen; ໄປສູ່ຄວາມສົມບູນ
ການເກັບຕົວຢ່າງຂອງສະຖານທີ່ການຕັ້ງຄ່າຂອງສອງຮູບແບບຂອງຮໍໂມນ peptide guanylin,
J. Biomol. ໂຄງສ້າງ. ດິນ. 13: 741-751 (1996)
BL de Groot, A.Amadei, RM Scheek, NAJ van Nuland ແລະ HJC Berendsen; ຂະຫຍາຍ
ການເກັບຕົວຢ່າງພື້ນທີ່ການຕັ້ງຄ່າຂອງ HPr ຈາກ E. coli Proteins: ໂຄງສ້າງ. ໜ້າທີ່. ພົນເອກ
26:314-322 (1996)
ທ່ານຈະໄດ້ຮັບການກະຕຸ້ນເຕືອນສໍາລັບຫນຶ່ງຫຼືຫຼາຍກຸ່ມດັດຊະນີທີ່ສອດຄ້ອງກັບ eigenvectors,
ໂຄງປະກອບການອ້າງອີງ, ຕໍາແຫນ່ງເປົ້າຫມາຍ, ແລະອື່ນໆ.
-ຈັນ: ຕິດຕາມການຄາດຄະເນຂອງຈຸດປະສານງານໃສ່ eigenvectors ທີ່ເລືອກ.
-linfix: ປະຕິບັດການຂະຫຍາຍເສັ້ນຂັ້ນຄົງທີ່ຕາມ eigenvectors ທີ່ເລືອກ.
-linacc: ປະຕິບັດການຂະຫຍາຍເສັ້ນທີ່ຍອມຮັບຕາມ eigenvectors ທີ່ເລືອກ. (ຂັ້ນຕອນໃນ
ທິດທາງທີ່ຕ້ອງການຈະຖືກຍອມຮັບ, ຄົນອື່ນຈະຖືກປະຕິເສດ).
-radfix: ປະຕິບັດການຂະຫຍາຍລັດສະໝີຂັ້ນຄົງທີ່ຕາມ eigenvectors ທີ່ເລືອກ.
- radac: ປະຕິບັດການຂະຫຍາຍລັດສະໝີການຍອມຮັບຕາມ eigenvectors ທີ່ເລືອກ. (ຂັ້ນຕອນໃນ
ທິດທາງທີ່ຕ້ອງການຈະຖືກຍອມຮັບ, ຄົນອື່ນຈະຖືກປະຕິເສດ). ຫມາຍເຫດ: ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ການເລີ່ມຕົ້ນໂຄງສ້າງ MD ຈະຖືກປະຕິບັດເປັນຕົ້ນກໍາເນີດຂອງວົງຈອນການຂະຫຍາຍຕົວຄັ້ງທໍາອິດສໍາລັບລັດສະໝີ
ການຂະຫຍາຍຕົວ. ຖ້າ -ori ຖືກກໍານົດໄວ້, ທ່ານຈະສາມາດອ່ານໃນໄຟລ໌ໂຄງສ້າງທີ່ກໍານົດ
ຕົ້ນກໍາເນີດພາຍນອກ.
- ເຣດຄອນ: ປະຕິບັດການຫົດຕົວ radius ທີ່ຍອມຮັບຕາມ eigenvectors ທີ່ເລືອກໄປສູ່ a
ໂຄງສ້າງເປົ້າຫມາຍທີ່ລະບຸໄວ້ກັບ - ທາ.
ໝາຍເຫດ: ແຕ່ລະ eigenvector ສາມາດເລືອກໄດ້ພຽງຄັ້ງດຽວເທົ່ານັ້ນ.
- outfrq: frequency (ໃນຂັ້ນຕອນ) ຂອງການຂຽນອອກການຄາດຄະເນແລະອື່ນໆ .xvg ເອກະສານ
- ຄ້ອຍ: ຄວາມຊັນໜ້ອຍສຸດໃນການຂະຫຍາຍລັດສະໝີທີ່ຍອມຮັບ. ວົງຈອນການຂະຫຍາຍຕົວໃຫມ່ຈະເປັນ
ເລີ່ມຕົ້ນຖ້າຫາກວ່າການເພີ່ມຂຶ້ນ spontaneous ຂອງ radius (ໃນ nm / ຂັ້ນຕອນ) ແມ່ນຫນ້ອຍກ່ວາຄ່າ
ລະບຸ.
- ຂັ້ນຕອນສູງສຸດ: ຈໍານວນຂັ້ນຕອນສູງສຸດຕໍ່ຮອບວຽນໃນການຂະຫຍາຍ radius ກ່ອນທີ່ຈະມີຮອບວຽນໃຫມ່
ເລີ່ມຕົ້ນ.
ຫມາຍເຫດກ່ຽວກັບການຈັດຕັ້ງປະຕິບັດຂະຫນານ: ນັບຕັ້ງແຕ່ການເກັບຕົວຢ່າງ ED ແມ່ນສິ່ງທີ່ 'ທົ່ວໂລກ' (ລວມ.
ການປະສານງານແລະອື່ນໆ), ຢ່າງຫນ້ອຍໃນດ້ານ 'ທາດໂປຼຕີນ', ການເກັບຕົວຢ່າງ ED ແມ່ນບໍ່ຫຼາຍ
ຂະຫນານມິດຈາກຈຸດປະຕິບັດຂອງທັດສະນະ. ເນື່ອງຈາກວ່າຂະຫນານ ED ຮຽກຮ້ອງໃຫ້ມີບາງ
ການສື່ສານພິເສດ, ຄາດວ່າການປະຕິບັດຈະຕ່ໍາໃນການ simulation MD ຟຣີ,
ໂດຍສະເພາະຢູ່ໃນຈໍານວນຂະຫນາດໃຫຍ່ຂອງການຈັດອັນດັບແລະ / ຫຼືໃນເວລາທີ່ກຸ່ມ ED ປະກອບດ້ວຍຫຼາຍປະລໍາມະນູ.
ກະລຸນາສັງເກດວ່າຖ້າຫາກວ່າກຸ່ມ ED ຂອງທ່ານມີຫຼາຍກ່ວາທາດໂປຼຕີນດຽວ, ຫຼັງຈາກນັ້ນ .tpr
ໄຟລ໌ຕ້ອງມີການເປັນຕົວແທນ PBC ທີ່ຖືກຕ້ອງຂອງກຸ່ມ ED. ລອງເບິ່ງ
RMSD ເບື້ອງຕົ້ນຈາກໂຄງສ້າງອ້າງອີງ, ເຊິ່ງພິມອອກໃນຕອນເລີ່ມຕົ້ນຂອງ
ການຈໍາລອງ; ຖ້ານີ້ແມ່ນສູງກວ່າທີ່ຄາດໄວ້ຫຼາຍ, ຫນຶ່ງໃນໂມເລກຸນ ED ອາດຈະຖືກປ່ຽນ
ໂດຍ vector ກ່ອງ.
ທັງຫມົດ ED ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຜົນຜະລິດຂອງ mdrun (ລະບຸດ້ວຍ -eo) ຖືກຂຽນເປັນ .xvg ໄຟລ໌ເປັນຫນ້າທີ່
ຂອງເວລາໃນໄລຍະເວລາຂອງຂັ້ນຕອນ OUTFRQ.
ຫມາຍເຫດ ທີ່ທ່ານສາມາດກໍານົດຂໍ້ຈໍາກັດ ED ຫຼາຍແລະຄວາມສາມາດນ້ໍາຖ້ວມໃນດຽວ
ການຈໍາລອງ (ໃນໂມເລກຸນທີ່ແຕກຕ່າງກັນ) ຖ້າຫຼາຍ .edi ໄຟລ໌ໄດ້ຖືກ concatenated ທໍາອິດ. ໄດ້
ຂໍ້ຈໍາກັດແມ່ນຖືກນໍາໃຊ້ໃນຄໍາສັ່ງທີ່ພວກເຂົາປາກົດຢູ່ໃນ .edi ໄຟລ໌. ຂຶ້ນຢູ່ກັບສິ່ງທີ່ເປັນ
ລະບຸໄວ້ໃນ .edi ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ, ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດປະກອບມີສໍາລັບແຕ່ລະຊຸດຂໍ້ມູນ ED
· RMSD ຂອງໂມເລກຸນທີ່ເຫມາະກັບໂຄງສ້າງອ້າງອີງ (ສໍາລັບປະລໍາມະນູທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບ
ເຫມາະກ່ອນທີ່ຈະຄິດໄລ່ຂໍ້ຈໍາກັດ ED)
·ການຄາດຄະເນຂອງຕໍາແຫນ່ງໃສ່ eigenvectors ທີ່ເລືອກ
ນໍ້າຖ້ວມ:
ກັບ - ນໍ້າຖ້ວມ, ທ່ານສາມາດລະບຸວ່າ eigenvectors ໃດຖືກໃຊ້ເພື່ອຄິດໄລ່ທ່າແຮງນໍ້າຖ້ວມ,
ຊຶ່ງຈະນຳໄປສູ່ການເພີ່ມທະວີການຂັບໄລ່ໂຄງປະກອບການອອກຈາກພາກພື້ນດັ່ງກ່າວ
ມາຕຣິກເບື້ອງຄູ່. ຖ້າຫາກວ່າທ່ານປ່ຽນ -restrain ທ່າແຮງແມ່ນ inverted ແລະໂຄງສ້າງແມ່ນ
ເກັບໄວ້ໃນພາກພື້ນນັ້ນ.
ຕົ້ນກໍາເນີດແມ່ນປົກກະຕິແລ້ວໂຄງສ້າງສະເລ່ຍເກັບຮັກສາໄວ້ໃນ eigvec.trr ໄຟລ໌. ມັນສາມາດເປັນ
ປ່ຽນແປງດ້ວຍ -ori ກັບຕໍາແຫນ່ງທີ່ຕົນເອງມັກໃນພື້ນທີ່ການຕັ້ງຄ່າ. ກັບ -tau, -deltaF0,
ແລະ -Eflnull ເຈົ້າຄວບຄຸມພຶດຕິກຳນໍ້າຖ້ວມ. Efl ແມ່ນຄວາມເຂັ້ມແຂງຂອງນ້ໍາຖ້ວມ, ມັນແມ່ນ
ປັບປຸງຕາມກົດລະບຽບຂອງໄພນໍ້າຖ້ວມ. Tau ແມ່ນເວລາຄົງທີ່ຂອງການປັບຕົວ
ນ້ໍາຖ້ວມ, tau ສູງຫມາຍຄວາມວ່າການປັບຕົວຊ້າ (ເຊັ່ນການຂະຫຍາຍຕົວ). DeltaF0 ແມ່ນຄວາມເຂັ້ມແຂງຂອງນໍ້າຖ້ວມ
ທ່ານຕ້ອງການບັນລຸຫຼັງຈາກ tau ps ຂອງການຈໍາລອງ. ເພື່ອໃຊ້ຊຸດ Efl ຄົງທີ່ -tau ເຖິງສູນ.
-ອັນຟາ ແມ່ນຕົວກໍານົດການ fudge ເພື່ອຄວບຄຸມຄວາມກວ້າງຂອງທ່າແຮງນ້ໍາຖ້ວມ. ຄ່າຂອງ 2
ໄດ້ຖືກພົບເຫັນວ່າໃຫ້ຜົນໄດ້ຮັບທີ່ດີສໍາລັບກໍລະນີມາດຕະຖານສ່ວນໃຫຍ່ໃນນ້ໍາຖ້ວມຂອງທາດໂປຼຕີນ.
alpha ໂດຍພື້ນຖານແລ້ວບັນຊີສໍາລັບການເກັບຕົວຢ່າງບໍ່ຄົບຖ້ວນ, ຖ້າທ່ານເອົາຕົວຢ່າງຕື່ມອີກຄວາມກວ້າງຂອງ
ensemble ຈະເພີ່ມຂຶ້ນ, ນີ້ແມ່ນ mimiced ໂດຍ alpha > 1. ສໍາລັບ restraining, alpha <1 ສາມາດ
ໃຫ້ທ່ານມີຄວາມກວ້າງນ້ອຍກວ່າໃນທ່າແຮງການຍັບຍັ້ງ.
ຣີສະຕາດ ແລະ ນໍ້າຖ້ວມ: ຖ້າເຈົ້າຕ້ອງການຣີສະຕາດການຈຳລອງການເກີດນໍ້າຖ້ວມກະລຸນາຊອກຫາ
ຄ່າ deltaF ແລະ Efl ໃນໄຟລ໌ຜົນຜະລິດແລະເອົາພວກມັນເຂົ້າໄປໃນຕົວກໍານົດເອງ .edi ຍື່ນພາຍໃຕ້
DELTA_F0 ແລະ EFL_NULL.
OPTIONS
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:
-f [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
ເສັ້ນທາງຄວາມແມ່ນຍໍາເຕັມ: tr cpt tng
-eig [<.xvg>] (eigenval.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
ໂຄງສ້າງ+ມະຫາຊົນ(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ
- ທາ [<.gro/.g96/...>] (target.gro) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ໂຄງສ້າງ: gro g96 pdb brk ent esp tpr
-ori [<.gro/.g96/...>] (origin.gro) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ໂຄງສ້າງ: gro g96 pdb brk ent esp tpr
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:
-o [<.edi>] (sam.edi)
ການປ້ອນຂໍ້ມູນການເກັບຕົວຢ່າງ ED
ທາງເລືອກອື່ນ:
-xvg
xvg ການຈັດຮູບແບບ: xmgrace, xmgr, ບໍ່ມີ
-ຈັນ
ຕົວຊີ້ວັດຂອງ eigenvectors ສໍາລັບການຄາດຄະເນຂອງ x (ເຊັ່ນ: 1,2-5,9) ຫຼື 1-100:10 ຫມາຍຄວາມວ່າ 1 11
21 31 ... 91
-linfix
ຕົວຊີ້ວັດຂອງ eigenvectors ສໍາລັບການເກັບຕົວຢ່າງເສັ້ນທີ່ເພີ່ມຂຶ້ນຄົງທີ່
-linacc
ຕົວຊີ້ວັດຂອງ eigenvectors ສໍາລັບການເກັບຕົວຢ່າງເສັ້ນທີ່ຍອມຮັບ
-radfix
ຕົວຊີ້ວັດຂອງ eigenvectors ສໍາລັບການຂະຫຍາຍ radius increment ຄົງທີ່
- radac
ຕົວຊີ້ວັດຂອງ eigenvectors ສໍາລັບການຂະຫຍາຍລັດສະໝີທີ່ຍອມຮັບ
- ເຣດຄອນ
ຕົວຊີ້ວັດຂອງ eigenvectors ສໍາລັບການຍອມຮັບການຫົດຕົວຂອງລັດສະໝີ
- ນໍ້າຖ້ວມ
ຕົວຊີ້ວັດຂອງ eigenvectors ສໍາລັບນໍ້າຖ້ວມ
- outfrq (100)
ຄວາມຖີ່ (ໃນຂັ້ນຕອນ) ຂອງການຂຽນຜົນຜະລິດໃນ .xvg ເອກະສານ
- ຄ້ອຍ (0)
ຄວາມຊັນໜ້ອຍສຸດໃນການຂະຫຍາຍລັດສະໝີທີ່ຍອມຮັບ
-linstep
Stepsizes (nm/step) ສຳລັບການເກັບຕົວຢ່າງເສັ້ນທີ່ເພີ່ມຂຶ້ນຄົງທີ່ (ໃສ່ໃນວົງຢືມ!" 1.0 2.3
5.1 -3.1")
-accdir
ທິດທາງໃນການຮັບຕົວຢ່າງເສັ້ນຊື່ - ພຽງແຕ່ການນັບເຊັນເທົ່ານັ້ນ! (ໃສ່ໃນຄໍາເວົ້າ!”—1
+1 -1.1")
-radstep (0)
ຂະໜາດຂັ້ນຕອນ (nm/ຂັ້ນຕອນ) ສຳລັບການຂະຫຍາຍລັດສະໝີທີ່ເພີ່ມຂຶ້ນຄົງທີ່
- ຂັ້ນຕອນສູງສຸດ (0)
ຈໍານວນຂັ້ນຕອນສູງສຸດຕໍ່ຮອບ
-eqsteps (0)
ຈໍານວນຂັ້ນຕອນທີ່ຈະດໍາເນີນການໂດຍບໍ່ມີການລົບກວນໃດໆ
-deltaF0 (150)
ເປົ້າໝາຍພະລັງງານທີ່ບໍ່ສະຖຽນລະພາບສຳລັບນໍ້າຖ້ວມ
-deltaF (0)
ເລີ່ມ deltaF ດ້ວຍພາລາມິເຕີນີ້ - ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0, ຄ່າທີ່ບໍ່ແມ່ນສູນພຽງແຕ່ຕ້ອງການສໍາລັບ
ເລີ່ມຕົ້ນໃຫມ່
-tau (0.1)
Coupling ຄົງທີ່ສໍາລັບການປັບຕົວຂອງນ້ໍາຖ້ວມຕາມ deltaF0, 0 =
infinity ie ຄວາມແຮງຂອງນ້ໍາຖ້ວມຄົງທີ່
-Eflnull (0)
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງຄວາມແຮງຂອງນໍ້າຖ້ວມ. ການປັບປຸງຄວາມແຮງຂອງນໍ້າຖ້ວມ
ອີງຕາມການປັບຕົວຂອງໄພນ້ໍາຖ້ວມ. ສໍາລັບນ້ໍາຖ້ວມຄົງທີ່ການນໍາໃຊ້ຄວາມເຂັ້ມແຂງ
-tau 0.
-T (300)
T ແມ່ນອຸນຫະພູມ, ມູນຄ່າແມ່ນຈໍາເປັນຖ້າຫາກວ່າທ່ານຕ້ອງການທີ່ຈະເຮັດນ້ໍາຖ້ວມ
-ອັນຟາ (1)
ຂະໜາດຄວາມກວ້າງຂອງທ່າແຮງນໍ້າຖ້ວມ gaussian ດ້ວຍ alpha^2
-[ບໍ່] ຍັບຍັ້ງ (ບໍ່ມີ)
ໃຊ້ທ່າແຮງນໍ້າຖ້ວມທີ່ມີສັນຍາລັກປີ້ນ -> ຜົນກະທົບເປັນ quasiharmonic
ການຍັບຍັ້ງທ່າແຮງ
-[ບໍ່] hessian (ບໍ່ມີ)
eigenvectors ແລະ eigenvalues ແມ່ນມາຈາກ Hessian matrix
-[ບໍ່]ປະສົມກົມກຽວ (ບໍ່ມີ)
eigenvalues ຖືກຕີຄວາມວ່າຄົງທີ່ຂອງພາກຮຽນ spring
-constF
ນ້ໍາຖ້ວມຄົງທີ່: ກໍານົດກໍາລັງດ້ວຍຕົນເອງສໍາລັບ eigenvectors ທີ່ເລືອກດ້ວຍ
-flood (ໃສ່ໃນ quotes! "1.0 2.3 5.1 -3.1"). ບໍ່ມີຕົວກໍານົດການນໍ້າຖ້ວມອື່ນໆແມ່ນຈໍາເປັນ
ໃນເວລາກໍານົດກໍາລັງໂດຍກົງ.
ໃຊ້ gmx-make_edi ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net