ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gmx-make_ndx ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gmx-make_ndx - ສ້າງໄຟລ໌ດັດສະນີ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
gmx make_ndx [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx> [... ]] [-o [<.ndx>]]
[- ນາໂຕ ] [-[ບໍ່]ຄູ່ແຝດ]
ລາຍລະອຽດ
ກຸ່ມດັດຊະນີແມ່ນມີຄວາມຈໍາເປັນສໍາລັບເກືອບທຸກໂຄງການ GROMACS. ບັນດາໂຄງການເຫຼົ່ານີ້ສາມາດເຮັດໄດ້
ສ້າງກຸ່ມດັດຊະນີເລີ່ມຕົ້ນ. ທ່ານພຽງແຕ່ມີການນໍາໃຊ້ gmx make_ndx ເມື່ອທ່ານຕ້ອງການພິເສດ
ກຸ່ມດັດຊະນີ. ມີກຸ່ມດັດສະນີເລີ່ມຕົ້ນສໍາລັບລະບົບທັງຫມົດ, 9 ກຸ່ມດັດສະນີເລີ່ມຕົ້ນ
ສໍາລັບທາດໂປຼຕີນ, ແລະກຸ່ມດັດຊະນີເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຖືກສ້າງຂຶ້ນສໍາລັບທຸກຊື່ residue ອື່ນໆ.
ໃນເວລາທີ່ບໍ່ມີການສະຫນອງເອກະສານດັດສະນີ, ຍັງ gmx make_ndx ຈະສ້າງກຸ່ມເລີ່ມຕົ້ນ. ກັບ
ບັນນາທິການດັດສະນີທີ່ທ່ານສາມາດເລືອກກ່ຽວກັບອະຕອມ, residue ແລະລະບົບຕ່ອງໂສ້ຊື່ແລະຕົວເລກ. ເມື່ອແລ່ນ
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນແມ່ນສະຫນອງໃຫ້ທ່ານຍັງສາມາດເລືອກເອົາປະເພດປະລໍາມະນູ. ທ່ານສາມາດໃຊ້ NOT, AND ແລະ OR, you
ສາມາດແບ່ງກຸ່ມອອກເປັນຕ່ອງໂສ້, residue ຫຼືປະລໍາມະນູ. ທ່ານສາມາດລຶບ ແລະປ່ຽນຊື່ກຸ່ມໄດ້.
ໝາຍເລກອະຕອມຢູ່ໃນຕົວແກ້ໄຂ ແລະໄຟລ໌ດັດຊະນີເລີ່ມຕົ້ນທີ່ 1.
ໄດ້ -ຄູ່ແຝດ switch duplicates ກຸ່ມດັດຊະນີທັງຫມົດທີ່ມີການຊົດເຊີຍຂອງ - ນາໂຕ, ເຊິ່ງເປັນປະໂຫຍດ
ສໍາລັບການຄິດໄລ່ Electrophysiology ການຕິດຕັ້ງເຍື່ອສອງຊັ້ນ.
OPTIONS
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:
-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ໂຄງສ້າງ: gro g96 pdb brk ent esp tpr
-n [<.ndx> [... ] (index.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:
-o [<.ndx>] (index.ndx)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ
ທາງເລືອກອື່ນ:
- ນາໂຕ (0)
ກໍານົດຈໍານວນປະລໍາມະນູ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ອ່ານຈາກເອກະສານປະສານງານຫຼືດັດຊະນີ)
-[ບໍ່]ຄູ່ແຝດ (ບໍ່ມີ)
ຊໍ້າກັນກຸ່ມດັດຊະນີທັງໝົດດ້ວຍການຊົດເຊີຍຂອງ -natoms
ໃຊ້ gmx-make_ndx ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net